Diversity of DIS, SD and Ψ hairpins in HIV-1 isolates of group M: In silico study

Ukrain'skyi Biokhimichnyi Zhurnal

Volumn 79, Issue 1, 2007, Pages 68-84

  Zarudnaya, M I ^a   Potyahaylo, A L ^a   Kolomiets, I N ^a   Hovorun, D M ^a  

^a INSTITUTE OF MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS   (Ukraine)

Author keywords

hairpin; DIS hairpin; Genome dimerization; HIV 1; HIV 1 packaging; Phylogenetic analysis; RNA folding; SD hairpin

Indexed keywords

VIRUS RNA;

ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION; GENETIC DATABASE; GENETICS; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; ISOLATION AND PURIFICATION; MOLECULAR GENETICS; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PHYLOGENY; VIRUS GENOME;

BASE SEQUENCE; DATABASES, GENETIC; GENOME, VIRAL; HIV-1; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEIC ACID CONFORMATION; PHYLOGENY; RNA, VIRAL;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1;

EID: 34547614261     PISSN: 02018470     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (56)

1. Russell R. S., Liang C., Wainberg M. A. // Retrovirology. - 2004. - 1. - P. 23.
2. Paillart J.-C., Shehu-Xhilaga M., Marquet R., Mak J. // Nat. Rev. Microbiol. - 2004. - 2, N 6. - P. 461-472.
3. Greatorex J., Gallego J., Varani G., Lever A. // J. Mol. Biol. - 2002. - 322, N 3. - P. 543-557.
4. Abbink T. E. M., Berkhout B. // J. Biol. Chem. -2003. - 278, N 13. - P. 11601-11611.
5. Damgaard C. K., Andersen E. S., Knudsen B. et al. // J. Mol. Biol. - 2004. - 336, N 2. -P. 369-379.
6. Kasprzak W., Bindewald E., Shapiro B. A. // Nucl. Acids Res. - 2005. - 33, N 22. -P. 7151-7163.
7. Zarudnaya M. L, Kolomiets I. M., Potyahaylo A. L., Hovorun D. M. // Trends in RNA Research / Ed. P. A. McNamara. -New York: Nova Science Publishers, 2006. - P. 159-189.
8. Yuan Y., Kerwood D. J., Paoletti A. C. et al. // Biochemistry. - 2003. - 42, N 18. - P. 5259-5269.
9. Zuker M. // Nucleic Acids Res. - 2003. - 31, N 13. - P. 3406-3415.
10. Ashe M. P., Pearson L. H., Proudfoot N. J. // EMBO J. - 1997. - 16, N 18. - P. 5752-5763.
11. Anderson J. P., Rodrigo A. G., Learn G. H. et al. // J. Virol. - 2000. - 74, N 22. - P. 10752-10765.
12. Amarasinghe G. K., De Guzman R. N., Turner R. B., Summers M. F. // J. Mol. Biol. -2000. - 299, N 1.- P. 145-156.
13. Laughrea M., Shen N., Jette L., Wainberg M. A. // Biochemistry. - 1999. - 38, N 1. - P. 226-234.
14. Skripkin E., Paillart J.-C., Marquet R. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1994. - 91, N 11. - P. 4945-4949.
15. Laughrea M., Jetté L. // Biochemistry. -1994. - 33, N 45. - P. 13464-13474.
16. Muriaux D., De Rocquigny H., Roques B.-P., Paoletti J. // J. Biol. Chem. - 1996. - 271, N 52. - P. 33686-33692.
17. Laughrea M. and Jetté L. // Biochemistry. -1996. - 35, N 5. - P. 1589-1598.
18. Muriaux D., Fossé P., Paoletti J. // Ibid. -N 15. - P. 5075-5082.
19. Ulyanov N. B., Mujeeb A., Du Z. et al. // J. Biol. Chem. - 2006. - 281, N 23. - P. 16168-16177.
20. Marquet R., Paillart J.-C., Skripkin E. et al. // Nucleic Acids Res. - 1994. - 22, N 2. - P. 145-151.
21. MuriauxD., Girard P.-M., Bonnet-Mathonière B., Paoletti J. // J. Biol. Chem. - 1995. - 270, N 14. - P. 8209-8216.
22. Laughrea M., Jette L. // Biochemistry. -1997. - 36, N 31. - P. 9501-9508.
23. Mujeeb A., Clever J. L., Billed T. M. et al. // Nat. Struct. Biol. - 1998. - 5, N 6. - P. 432-436.
24. Jossinet F., Paillart J.-C., Westhof E. et al. // RNA - 1999. - 5, N 9. - P. 1222-1234.
25. Takahashi K.-I., Baba S., Chattopadhyay P. et al. // Ibid. - 2000. - 6, N 1. - P. 96-102.
26. Ennifar E., Walter P., Ehresmann B. et al. // Nat. Struct. Biol. - 2001. - 8, N 12. -P. 1064-1068.
27. Pattabiraman N., Martinez H. M., Shapiro B. A. // J. Biomol. Struct. Dyn. - 2002. - 20, N 3. -P. 397-411.
28. Réblová K., Špačková N., Šponer J. E. et al. // Nucleic Acids Res. - 2003. - 31, Ns 23. -P. 6942-6952.
29. Windbichler N., Werner M., Schroeder R. // Ibid. - N 22. - P. 6419-6427.
30. Aci S., Ramstein J., Genest D. // J. Biomol. Struct. Dyn. - 2004. - 21, N 6. - P. 833-840.
31. Mihailescu M.-R., Marino J. P. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - 101, N 5. -P. 1189-1194.
32. Kieken F., Paquet F., Brulé F. et al. // Nucleic Acids Res. - 2006. - 34, N 1. - P. 343-352.
33. Ennifar E., Dumas P. // J. Mol. Biol. - 2006. -356, N 3. - P. 771-782.
34. Esparza J., Bhamarapravati N. // Lancet. -2000. - 355, N 9220. - P. 2061-2066.
35. Andersen E. S., Jeeninga R. E., Damgaard C. K. et al. // J. Virol. - 2003. - 77, N 5. - P. 3020-3030.
36. Lodmell J. S., Ehresmann C., Ehresmann B., Marquet R. // J. Mol. Biol. - 2001. - 311, N 3. - P. 475-490.
37. Kieken F., Arnoult E., Barbault F. et al. // Eur. Bioph. J. - 2002. - 31, N 7. - P. 521-531.
38. Chen X., McDowell J. A., Kierzek R. et al. // Biochemistry. - 2000. - 39, N 30. - P. 8970-8982.
39. Huthoff H., Das A. T., Vink M. et al. // J. Virol. - 2004. - 78, N 9. - P. 4907-4913.
40. Kim C.-H., Tinoco I., Jr. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2000. - 97, N 17. - P. 9396-9401.
41. Shubsda M. F., Paoletti A. C., Hudson B. S., Borer P. N. // Biochemistry. - 2002. - 41, N 16. - P. 5276-5282.
42. Chin M. P. S., Rhodes T. D., Chen J. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2005. - 102, N 25. -P. 9002-9007.
43. Baba S., Takahashi K.-i., Noguchi S. et al. // J. Biochem. - 2005. - 138, N 5. - P. 583-592.
44. Clever J. L., Miranda D. Jr., Parslow T. G. // J. Virol. - 2002. - 76, N 23. - P. 12381-12387.
45. Amarasinghe G. K., De Guzman R. N, Turner R. B. et al. // J. Mol. Biol. - 2000. - 301, N 2. -P. 491-511.
46. De Guzman R. N., Wu Z. R., Stalling C. C. et al. // Science. - 1998. - 279, N 5349. -P. 384-388.
47. Khandogin J., Musier-Forsyth K., York D. M. // J. Mol. Biol. - 2003. - 330, N 5. - P. 993-1004.
48. Henriet S., Richer D., Bernacchi S. et al. // Ibid. - 2005. - 354, N 1. - P. 55-72.
49. Paillart J.-C., DettenhoferM., Yu X.-f. et al. // J. Biol. Chem. - 2004. - 279, N 46. - P. 48397-48403.
50. Mathews D. H., Disney M. D., Childs J. L. et al. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 2004. - 101, N 19. - P. 7287-7292.
51. Paoletti A. C., Shubsda M. F., Hudson B. S., Borer P. N. // Biochemistry. - 2002. - 41, N 51. - P. 15423-15428.
52. Damgaard C. K., Dyhr-Mikkelsen H., Kjems J. // Nucleic Acids Res. - 1998. - 26, N 16. -P. 3667-3676.
53. Russian source
54. Zarudnaya M. L, Kolomiets I. M., Potyahaylo A. L., Hovorun D. M. // - 2005. - 77, No 2. - P. 5-15. (in Engl.)
55. Berkhout B., van Wamel J. L. B. // J. Virol. -1996. - 70, N 10. - P. 6723-6732.
56. Laughrea M., Jette L., Mak J. et al. // Ibid. -1997. - 71, N 5. - P. 3397-3406.