Theoretical determination of the standard reduction potentials of pheophytin-a in N,N-dimethyl formamide and membrane

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 25, 2007, Pages 7210-7217

  Mehta, Nital ^a   Datta, Sambhu N ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY BOMBAY   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; FREE ENERGY; MEMBRANES; NEGATIVE IONS; QUANTUM THEORY; SOLVATION; SOLVENTS;

ELECTRONIC ENERGIES; N,N-DIMETHYL FORMAMIDE (DMF); STANDARD REDUCTION POTENTIALS; UNIVERSAL FORCE FIELD (UFF);

AMIDES;

EID: 34547414514     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp067383t     Document Type: Article

References (52)

1. (a) Svensson, B.; Etchebest, C.; Tuffery, P.; van Kan, P.; Smith, J.; Styring, S. Biochemistry 1996, 36, 14486.
2. (b) Olsson, M. H. M.; Ryde, U. J. Biol. Inorg. Chem. 1999, 4, 654.
3. (c) O'Malley, P. J.; Collins, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11042.
4. Ryde, U.; Olsson, M. H. M.; Pierloot, K. Theor. Comp. Chem. 2001, 9, 1.
5. (d) Sigfridsson, E.; Olsson, M. H. M.; Ryde, U. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5546.
6. (e) Torres, R. A.; Lovell, T.; Noodleman, L.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1923.
7. (f) Olsson, M. H. M.; Hong, G.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5025.
8. (a) Torres, R. A.; Lovell, T.; Noodleman, L.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1923.
9. (b) Noodleman, L. J. Chem. Phys. 1981, 7, 5737.
10. Olsson, M. H. M.; Hong, G.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5025.
11. (a) Corni, S.; Rienzo, F. D.; Felice, D. E.; Molinari, E. Theor. Biochem. Biophys. 2004, 102, 328.
12. (b) Zhang, L. Y.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16479.
13. (c) Fajer, J.; Davis, M. S.; Brune, D. C.; Spaulding, L.; Borg, D.; Forman, A. Brookhaven Symp. Biol. 1976, 28, 74.
14. (d) Davis, M. S.; Forman, A.; Hanson, L. K.; Fajer, J. J. Phys. Chem. 1979, 83, 3325.
15. (e) Heimdal, J.; Jensen, K P.; Devarajan, A.; Ryde, U. J. Biol. Inorg. Chem. 2007, 12, 49.
16. Berry, S.; Rumberg, B. Bioelectrochemistry 2000, 53, 35.
17. (a) Kornyshev, A.; Newton, M.; Ulstrup, J.; Sanderson, B. Chem. Phys. 2005, 319, 1.
18. (b) Newton, M. D. Annu. Rev. Phys. Chem. 1984, 35, 437.
19. Parson, W. W.; Warshel, A. Chem. Phys. 2004, 296, 201;
20. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10474.
21. (a) Datta, S. N.; Priyadarshy, S. Chem. Phys. Lett. 1990, 173, 360.
22. (b) Mallik, B.; Datta, S. N. Int. J. Quantum Chem. 1994, 52, 629.
23. (c) Datta, S. N.; Deshpande, R. Ind. J. Pure Appl. Phys. 1997, 35, 483.
24. (d) Datta, S. N.; Mallik, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4171.
25. Datta, S. N.; Nehra, V.; Jha, A. J. Chem. B 1999, 103, 8768.
26. (e) Datta, S. N.; Prabhakar, B. G. S.; Nehra, V. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2291.
27. (f) Datta, S. N.; Parendekar, P. V.; Lochan, R. C. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1442.
28. (g) Datta, S. N.; Sudhamsu, J.; Pandey, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 8007.
29. (h) Pandey, A.; Datta, S. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9066.
30. Datta, S. N.; Mallik, B. Int. J. Quantum Chem. 1995, 53, 37; 1997, 61, 865.
31. Klimov, V. V.; Krasnovskii, A. A. Biofizika 1982, 27, 179.
32. (a) Forman, A.; Davis., M. S.; Fujita, I.; Hanson, L. K.; Smith, K. M.; Fajer, J. Isr. J. Chem. 1981, 21, 265.
33. (b) Mantele, W. G.; Wollenweber, A. M.; Nabedryk, E.; Breton, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8468.
34. (c) Lubitz, W.; Issacson, R. A.; Okamura, M. Y.; Abresch, E. C.; Plato, M. Biochim. Biophys. Acta 1989, 977, 227.
35. (d) Naberryk, E.; Andrianambnintsoa, S.; Berger, G.; Leonhard, M.; Mantele, W.; Breton, J. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1016, 49.
36. Ernst-Walter K; Hiroshi, I.; Jacek, B.; Bernhard, L.; Wolfram, S. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 1964.
37. Kazakova, A. A.; Kisselev, B. A.; Kozlov, Y. N. Bioelectrochem. Bioenerg. 1989, 21, 367.
38. Scheer, H. Chlorophylls; CRC: London, 1990.
39. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
40. Vreven, T.; Byun, K. S.; Komáromi, I.; Dapprich, S.; Montgomery, J. A.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 815.
41. Rappé, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A., III; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.
42. Rappé, A. K.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3358.
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucei, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A.; Gaussian 03, revision C. 02; Gaussian, Inc.; Wallingford, CT, 2004.
44. Lewis, A.; Bumpus, J. A.; Truhlar, D. G.; Cramer, C. J. J. Chem. Ed. 2004, 81, 596.
45. HyperChem Professional, release 7.01 for Windows; Hypercube Inc.: Gainesville, FL, 2002.
46. Bockris, J. O'M.; Reddy, A. K. N. Modern Electrochemistry; Plenum Press: New York and London, 1998.
47. Ishikita, H.; Knapp, E. FEBS Lett. 2005, 579, 3190.
48. Ishikita, H.; Knapp, E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1963.
49. Delphi VA, release 1.0; Accelrys Inc.: Pisa, Italy, 2001.
50. Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6507.
51. Rocchia, W.; Sridharan, S.; Nicholls, A, Alexov, E.; Chiabrera, A; Honig, B. J. Comp. Chem. 2002, 23, 128.
52. Vriend, G. J. Mol. Graph. 1990, 8, 52.