Insights into protein compressibility from molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 105, Issue 3, 2001, Pages 715-724

  Dadarlat, Voichita M ^a   Post, Carol Beth ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPRESSIBILITY; COMPUTER SIMULATION; HYDRATION; MOLECULAR DYNAMICS;

GLOBULAR PROTEINS; PROTEIN COMPRESSIBILITY;

PROTEINS;

EID: 20644465398     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0024118     Document Type: Article

References (41)

1. Hill T. L. An Introduction to Statistical Thermodynamics; AddisonWesley: Reading, MA, 1960; pp 37-38.
2. Richards, F. M.; Lim, W. A. Quart. Rev. Biophys. 1994, 26, 423.
3. Lee, B. Pmc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1983, 80, 622.
4. Phelps, D.; Post, C. B. J. Mol. Biol. 1995, 254, 544.
5. Eden, D.; Matthew, J. B.; Rosa, J. J.; Richards, F. M. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1982, 79, 815.
6. Chalikian, T. V.; Gindikin, V. S.; Breslauer, K. J. J. Mol. Biol. 1995, 250, 291.
7. Gekko, K.; Tamura, Y.; Ohmae, E.; Hayashi, H.; Kagamiyama, H.; Ueno, H. Protein Sei. 1996, 5(3), 542.
8. Phelps, D.; Rossky, P.; Post, C. B. J. Mol. Biol. 1998, 270, 331.
9. Tsang, S. K.; Danthi, P.; Chow, M.; Hogle, J. M. J. Mol. Biol. 2000, 296, 335.
10. Gekko, K.; Hasegawa, Y. Biochemistry 1986, 25, 6563.
11. Kharakoz, D. P.; Sarvazyan, A. P. Biopolymers 1993, 33, 11.
12. Paci, E.; Marchi, M. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1996, 93, 11609.
13. Kitchen, D. B.; Reed, L. H.; Levy, R. M. Biochemistry 1992, 31, 10083.
14. Chalikian, T. V.; Totrov, M.; Abagyan, R.; Breslauer, K. J. J. Mol. Biol. 1996, 260, 588.
15. Jorgensen, W. L.; Chandarsekhar, J.; Medura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
16. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminatha, S.; Karplus, M. it J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
17. Nose, S. J. Chem. Phys. 1984, 81(1), 511.
18. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31(3), 1695.
19. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 2384.
20. Nose, S.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1983, 50, 1055.
21. Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103(11), 4613.
22. Zhang, Y. H.; Feller, S. E.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 1995, 103(23), 10252.
23. Ryckaert, J. P.; Cicotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
24. Essmann, E.; Ferrera, L.; Berkovitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
25. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993,98, 100S9.
26. Lee, B. J. Phys. Chem. 1983, 87, 112.
27. (27) Parkin, S.; Rupp, B.; Hope, H., unpublished results.
28. Walter, J.; Steigemann, W.; Singh, T. P.; Bartunik, H.; Bode, W.; Huber, R. Acta Crystallogr. B 1982, 38, 1982.
29. Wlodawer, A.; Borkakoti, N.; Moss, D. S.; Howlin, B. Acta Crystallogr. B 1986, 42, 379.
30. Hodsgon, J. M.; Brown, G. M.; Sicker, L. C.; Jensen, L. H. Acta Crystallogr. B 1990, 46(5), 54.
31. Pike, A. C.; Brew, K.; Acharya, K. R. Structure 1996, 4, 691.
32. Richards, F. M. Anna. Rev. Biophys. Bioeng. 1977, 6, 151.
33. Gerstein, M.; Tsai, J.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1995, 249, 955.
34. Lockwood, D. M.; Rossky P. J. J. Phys. Chem. B 1999,103, 1982.
35. Dorsey, N. E. Properties of Ordinary Water Substances; Rheinhold: New York, 1940.
36. Chalikian, T. V.; Breslauer, K. J. Proc. Natl. Acad. Sei. US.A. 1996, 93, 1012.
37. Cooper, A. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1976, 92, 2740.
38. Akasaka, K.; Li, H.; Yamada, H.; Li, R.; Thorensen, T.; Woodward, C. K. Protein Sei. 1999, 8, 1946.
39. Kundrot, C. E.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1987, 193, 157.
40. Chalikian, T. V.; Sarvazyan, A. P.; Breslauer, K. J. Biophys. Chem. 1994, 51, 89.
41. Lockwood, D. M.; Rossky P. J.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2000,704,4210.