Measuring electronic coupling in the reaction center of purple photosynthetic bacteria by two-color, three-pulse photon echo peak shift spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 25, 2007, Pages 7449-7456

  Parkinson, Dilworth Y ^a   Lee, Hohjai ^a   Fleming, Graham R ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHLOROPHYLL; COMPUTER SIMULATION; PHOTOSYNTHESIS; POPULATION DYNAMICS;

BACTERIOPHEOPHYTIN; ELECTRONIC COUPLING; RESPONSE FUNCTIONS;

BACTERIA;

EID: 34547252315     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp070029q     Document Type: Article

References (67)

1. Fleming, G. R.; van Grondelle, R. Phys. Today 1994, 47, 48.
2. Parson, W. W. Photosynthetic bacterial reaction centers. In Protein Electron Transfer; Bendall, D. S., Ed.; BIOS Scientific Publishers Ltd.: Oxford, 1996; p 125.
3. Blankenship, R. E. Molecular Mechanisms of Photosynthesis; Blackwell Science: Oxford, 2002.
4. Ermler, U.; Fritzsh, G.; Buchanan, S. K.; Michel, H. Structure 1994, 2, 925.
5. Knapp, E. W.; Fischer, S. F.; Zinth, W.; Sander, M.; Kaiser, W.; Deisenhofer, J.; Michel, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 52, 8463.
6. Knapp, E. W.; Scherer, P. O. J.; Fischer, S. F. Biochim. Biophys. Acta 1986, 852, 295.
7. Lathrop, E. J. P.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3056.
8. Scherer, P. O. J.; Fischer, S. F. Chem. Phys. 1989, 131, 115.
9. Raja, N.; Reddy, S.; Kolaczkowski, S. V.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6934.
10. Plato, M.; Mobius, K.; Michel-Beyerle, M. E.; Bixon, M.; Jortner, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7279.
11. Won, Y.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. 1988, 92, 2208.
12. Breton, J. Biochim. Biaphys. Acta 1985, 810, 235.
13. Arnett, D. C.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.: Scherer, N. F. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2014.
14. King, B. A.; Stanley, R. J.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3644.
15. Kirmaier, C.; Holten, D. Photosynth. Res. 1987, 13, 255.
16. Hasegawa, J.; Ohkawa, K.; Nakatsuji, H. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10410.
17. Thompson, M. A.; Zerner, M. C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8210.
18. Parson, W. W.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 6152.
19. Jordanides, X. J.; Seholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1652.
20. Steffen, M. A.; Lao, K.; Boxer, S. G. Science 1994, 264, 810.
21. Moore, L. J.; Boxer, S. G. Photosynth. Res. 1998, 55, 173.
22. Jonas, D. M.; Lang, M. J.; Nagasawa, Y.; Joo, T.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12660.
23. Haran, G.; Wynne, K.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5562.
24. Stanley, R. J.; King, B.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12052.
25. Prall, B. S.; Parkinson, D. Y.; Yang, M.; Ishikawa, N.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2537.
26. Yang, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2983.
27. Mancal, T.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10556.
28. Goldmsith, J. O.; Boxer, S. G. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1276, 171.
29. Joo, T.; Jia, Y.; Yu, J.-Y.; Lang, M. J.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6089.
30. Agarwal, R.; Prall, B. S.; Rizvi, A. H.; Yang, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6243.
31. Prall, B. S.; Parkinson, D. Y.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2005, 123, 054515.
32. Yang, M.: Ohta, K.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10243.
33. Yang, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1999, 111, 27.
34. Xu, Q.-H.; Seholes, G. D.; Yang, M.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 10348.
35. Vaswani, H. M. A theoretical and femtosecond spectroscopic investigation of energy transfer in photosynthetic complexes. University of California, Berkeley, 2005.
36. Yang, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 2000, 113, 2823.
37. Breton, J.; Martin, J.-L.; Fleming, G. R.; Lambry, J.-C. Biochemistry 1988, 27, 8276.
38. Chan, C.-K.; DiMagno, T. J.; Chen, L. X.-Q.; Norris, J. R.; Fleming, G. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 11202.
39. Du, M.; Rosenthal, S. J.; Xie, X.; DiMagno, T. J.; Schmidt, M.; Hanson, D. K.; Schiffer, M.; Norris, J. R.; Fleming, G. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 1992, 89, 8517.
40. Fleming, G. R.; Martin, J.-L.; Breton, J. Nature 1988, 333, 190.
41. Jackson, J. A.; Lin, S.; Taguchi, A. K. W.; Williams, J. C.; Allen, J. P.; Woodbury, N. W. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5747.
42. Jia, Y.; DiMagno, T. J.; Chan, C.-K.; Wang, Z.; Du, M.; Hanson, D. K.; Schiffer, M.; Norris, J. R.; Fleming, G. R.; Popov, M. S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 13180.
43. Jia, Y.; Jonas, D. M.; Joo, T.; Nagasawa, Y.; Lang, M. J.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6263.
44. King, B. A.; McAnaney, T. B.; deWinter, A.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 8895.
45. Kirmaier, C.; Bautista, J. A.; Laible, P. D.; Hanson, D. K.; Holten, D. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 24160.
46. Lin, S.; Taguchi, A. K. W.; Woodbury, N. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17067.
47. Michel-Beyerle, M. E.; Plato, M.; Deisenhofer, J.; Michel, H.; Bixon, M.; Jortner, J. Biochim. Biophys. Acta 1988, 932, 52.
48. Peloquin, J. M.; Williams, J. C.; Lin, X.; Alden, R. G.; Taguchi, A. K. W.; Allen, J. P.; Woodbury, N. W. Biochemistry 1994, 33, 8089.
49. Van Brederode, M. E.; Jones, M. R.; Van Mourik, F.; Van Stokkum, I. H. M.; Van Grondelle, R. Biochemistry 1997, 36, 6855.
50. Van Brederode, M. E.; Van Mourik, F.; Van Stokkum, I. H. M.; Jones, M. R.; Van Grondelle, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2054.
51. Van Stokkum, I. H. M.; Beekman, L. M. P.; Jones, M. R.; Van Brederode, M. E.; Van Grondelle, R. Biochemistry 1997, 36, 11360.
52. Vos, M. H.; Breton, J.; Martin, J.-L. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9820.
53. Wang, Z.; Pearlstein, R. M.; Jia, Y.; Fleming, G. R.; Norris, J. R. Chem. Phys. 1993, 176, 421.
54. Woodbury, N. W.; Becker, M.; Middendorf, D.; Parson, W. W. Biochemistry 1985, 24, 7516.
55. Woodbury, N. W.; Peloquin, J. M.; Alden, R. G.; Lin, X.; Lin, S.; Taguchi, A. K. W.; Williams, J. C.; Allen, J. P. Biochemistry 1994, 33, 8101.
56. Zinth, W.; Wachtveitl, J. Chem. Phys. Chem. 2005, 6, 871.
57. Lin, S.; Jackson, J.; Taguchi, A. K. W.; Woodbury, N. W. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4016.
58. Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1997, 107, 8759.
59. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
60. Cho, M. H.; Yu, J. Y.; Joo, T. H.; Nagasawa, Y.; Passino, S. A.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11944.
61. Groot, M.-L.; Yu, J.-Y.; Agarwal, R.; Norris, J. R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5923.
62. Cherapy, N. J.; Shreve, A. P.; Moore, L. J.; Boxer, S. G.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3250.
63. Nagasawa, Y.; Passino, S. A.; Joo, T.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1996, 106, 4840.
64. De Silvestri, S.; Weiner, A. M.; Fujimoto, J. G.; Ippen, E. P. Chem. Phys. Lett. 1984, 112, 195.
65. Bardeen, C. J.; Cerullo, G.; Shank, C. V. Ultrafast Phenomena X; Springer: Berlin, 1996; p 197.
66. Johnson, S. G.; Tang, D.; Jankowiak, R.; Hayes, J. M.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5849.
67. Cheng, Y. C.; Lee, H.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. A, submitted.