Backbone motions of free and pheromone-bound major urinary protein I studied by molecular dynamics simulation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 20, 2007, Pages 5731-5739

  Macek, Pavel ^a   Novák, Petr ^a   Žídek, Lukáš ^a   Sklenář, Vladimír ^a  

^a MASARYK UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; CORRELATION METHODS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; RELAXATION PROCESSES;

BACKBONE FLEXIBILITY; MOLECULAR MOTIONS; URINARY PROTEIN;

PROTEINS;

EID: 34250361486     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0700940     Document Type: Article

References (44)

1. Finlayson, J. S.; Baumann, C. A. Am. J. Physiol. 1958, 192, 69-72.
2. Finlayson, J. S.; Asofsky, R.; Potter, M.; Runner, C. C. Science 1965, 149, 981-982.
3. Shahan, K.; Gilmartin, M.; Derman, E. Mol. Cell. Biol. 1987, 7, 1938-1946.
4. Shahan, K.; Denaro, M.; Gilmartin, M.; Shi, Y.; Derman, E. Mol. Cell. Biol. 1987, 7, 1947-1954.
5. Hurst, J. L.; Robertson, D. H. L.; Beynon, R. J. Anim. Behav. 1998, 55, 1289-1297.
6. Beynon, R.; Robertson, D.; Hubbard, S. J.; Gaskell, S. J.; Hurst, J. L. The Role of Protein Binding in Chemical Communication: Major Urinary Proteins in the House Mouse. In Advances in Chemical Communications in Vertebrates', Johnston, R. E., Ed.; Plenum Press: New York, 1999.
7. Robertson, D. H. L.; Hurst, J. L.; Bolgar, M. S.; Gaskell, S. J.; Beynon, R. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 786-790.
8. Hurst, J. L.; Payne, C. E.; Nevison, C. M.; Marie, A. D.; Humphries, R. E.; Robertson, D. H. L.; Cavaggioni, A.; Beynon, R. J. Nature 2001, 414, 631-634.
9. Robertson, D. H. L.; Beynon, R. J.; Evershed, R. P. J. Chem. Ecol 1993, 19, 1405-1416.
10. Bacchini, A.; Gaetani, E.; Cavaggioni, A. Experientia 1992, 48, 419-421.
11. Žídek, L.; Stone, M. J.; Lato, S. M.; Pagel, M. D.; Miao, Z. S.; Ellington, A. D.; Novotny, M. V. Biochemistry 1999, 38, 9850-9861.
12. Sharrow, S. D.; Novotny, M. V.; Stone, M. J. Biochemistry 2003, 42, 6302-6309.
13. Sharrow, S. D.; Vaughn, J. L.; Žídek, L.; Novotny, M. V.; Stone, M. J. Protein Sci. 2002, 11, 2247-2256.
14. Bingham, R. J.; Findlay, J. B. C.; Hsieh, S. Y.; Kalverda, A. P.; Kjeliberg, A.; Perazzolo, C.; Phillips, S. E. V.; Seshadri, K.; Trinh, C. H.; Turnbull, W. B.; Bodenhausen, G.; Homans, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1675-1681.
15. Malham, R.; Johnstone, S.; Bingham, R. J.; Barratt, E.; Phillips, S. E. V.; Laughton, C. A.; Homans, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17061-17067.
16. Barratt, E.; Bingham, R. J.; Warner, D. J.; Laughton, C. A.; Phillips, S. E. V.; Homans, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11827-11834.
17. Böcskei, Z.; Groom, C. R.; Flower, D. R.; Wright, C. E.; Phillips, S. E. V.; Cavaggioni, A.; Findlay, J. B. C.; North, A. C. T. Nature 1992, 360, 186-188.
18. Timm, D. E.; Baker, L. J.; Mueller, H.; Žídek, L.; Novotny, M. V. Protein Sci. 2001, 10, 997-1004.
19. Kuser, P. R.; Franzoni, L.; Ferrari, E.; Spisni, A.; Polikarpov, I. Acta Crystallogr., Sect. D 2001, 57, 1863-1869.
20. Žídek, L.; Novotny, M. V.; Stone, M. J. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 1118-1121.
21. Křížová, H.; Žídek, L.; Stone, M. J.; Novotny, M. V.; Sklenář, V. J. Biomol. NMR 2004, 28, 369-384.
22. Robertson, D. H. L.; Cox, K. A.; Gaskell, S.J.; Evershed, R. P.; Beynon, R. J. Biochem. J. 1996, 316, 265-272.
23. Case, D. A. Acc.Chem. Res. 2002, 35, 325-331.
24. Nederveen, A. J.; Bonvin, A. M. J. J. J. Chem. Theory Comput. 2005, 7, 363-374.
25. Best, R. B.; Clarke, J.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2005, 549, 185-203.
26. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
27. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Flower, D. R.; Caldwell, J. W.; Cheatham, J. W., III; Ross, W. S.; Simmering, C. L.; Darden, T. A.; Metz, K. M.; Cheng, R. V.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. I.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 6; University of California: San Francisco, CA, 1999.
28. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 27, 1049-1074.
29. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
30. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
31. Cheatham, T. E.; Miller, J. L.; Fox, T.: Darden, T. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4193-4194.
32. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1977, 23, 327-341.
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81. 3684-3690.
34. Harvey, S. C.; Tan, R. K. Z.; Cheatham, T. E. J. Comput. Chem. 1998, 19, 726-740.
35. Korzhnev, D. M.; Billeter, M.; Arseniev, A. S.; Orekhov, V. Y. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2001. 38, 197-266.
36. Macek, P.; Novak, P.; Křížová. H.: Žídek, L.; Sklenář, V. FEBS Lett. 2006, 580, 682-684.
37. Pfeiffer, S.; Fushman, D.; Cowburn, D. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3021-3036.
38. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4559.
39. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4559-4570.
40. Clore, G. M.; Szabo, A.; Bax, A.; Kay, L. E.; Driscoll, P. C.; Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4989-4991.
41. Idiyatullin, D.; Daragan, V. A.; Mayo, K. H. J. Magn. Reson. 2003, 161, 118-125.
42. Mandel, A. M.; Akke, M.; Palmer, A. G. J. Mol. Biol. 1995, 246, 144-163.
43. Mandel, A. M.; Akke, M.; Palmer, A. G. J. Cell. Biochem. 1995, 29-29.
44. Chen, J. H.; Brooks, C. L.; Wright, P. E. J. Biomol. NMR 2004, 29, 243-257.