Electronic excitations of glycine, alanine and cysteine conformera from first-principles calculations

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 20, 2007, Pages 4370-4377

  Maul, R ^a   Preuss, M ^b   Ortmann, F ^b   Hannewald, K ^b   Bechstedt, F ^b  

^a KARLSRUHE INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Germany)

^b NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRON AFFINITY; ELECTRONIC PROPERTIES; IONIZATION POTENTIAL; MOLECULAR STRUCTURE; OPTICAL PROPERTIES;

ALANINE; CYSTEINE; ELECTRONIC EXCITATIONS; FIRST PRINCIPLES CALCULATIONS;

AMINO ACIDS;

ALANINE; CYSTEINE; GLYCINE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION;

ALANINE; CYSTEINE; GLYCINE; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION;

EID: 34250341304     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp068294j     Document Type: Article

References (60)

1. Berg, J. M.; Tymoczko, J. L.; Stryer, L. Biochemistry, 5th ed.; Freeman: New York, 2002.
2. Pandey, R. R.; Bruque, N.; Alam, K.; Lake, R. K. Phys. Status Solidi A 2006, 203, R5.
3. Michalat, X.; Pinaud, F. F.; Bentolila, L. A.; Tsay, J. M.; Doose, S.; Li, J. J.; Sundaresan, G.; Wu, A. M.; Cambhir, S. S.; Weiss, S. Science 2005, 307, 538.
4. Alexson, D.; Chen, H.; Cho, M.; Dutta, M.; Li, Y.; Shi, P.; Raichura, A.; Ramadurai, D.; Parikh, S.; Stroscio, M. A.; Vasudev, M. J. Phys.: Condens. Matter 2005, 17, R637.
5. Mavrandonakis, A.; Farantos, S. C.; Froudakis, G. E. J. Phys. Chem B 2006, 110, 6048.
6. Roman, T.; Diño, W. A.; Nakanishi, H.; Kasai, H. Eur. Phys. J. D 2006, 38, 117.
7. Wang, Y.; Iqbal, Z.; Malhotra, S. V. Chem. Phys. Lett. 2005, 402, 96.
8. Weinkauf, R.; Schanen, P.; Yang, D.; Soukara, S.; Schlag, W. W. J. Chem. Phys. 1995, 99, 11255.
9. Baranov, L. Y.; Schlag, E. W. Z. Naturforsch. 1999, 54a, 387.
10. Fairman, R.; Åkerfeldt, K. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 453.
11. Weinkauf, R.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7702.
12. Császár, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9568.
13. Császár, A. G. J. Mol. Struct. 1995, 346, 141.
14. Gronert, S.; O'Hair, R. A. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2071.
15. Nguyen, D. T.; Scheiner, A. C.; Andzelm, J. W.; Sirois, S.; Salahub, D. R.; Hagler, A. T. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1609.
16. Kaschner, R.; Hohl, D. J. Phys. Chem. 1998, 102, 5111.
17. Pacios, L. F.; Gómez, P. C. J. Comput. Chem. 2001, 22, 702.
18. Pacios, L. F.; Gálveż, O.; Gómez, P. C. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 5232.
19. Makov, G.; Payne, M. C. Phys. Rev. B 1995, 51, 4014.
20. Neugebauer, J.; Scheffler, M. Phys. Rev. B 1992, 46, 16067.
21. Adolph, B.; Furthmüller, J.; Bechstedt, F. Phys. Rev. B 2001, 63, 125108.
22. Maul, R.; Ortmann, F.; Preuss, M.; Hannewald, K.; Bechstedt, F. J. Comput. Chem. 2007, accepted for publication.
23. Kohanoff, J. Electronic Structure Calculations for Solids and Molecules; Cambridge University Press: Cambridge, 2006.
24. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. 1964, 136, B864.
25. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 140, A1133.
26. Neville, J. J.; Zheng, Y.; Brion, C. E. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10533.
27. Lee, K. T.; Sung, J.; Lee, K. J.; Park, Y. D.; Kim, S. K. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 4114.
28. Powis, I.; Rennie, E. E.; Hergenhahn, U.; Kugeler, O.; Bussy-Socrate, R. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 25.
29. Debies, T. P.; Rabalais, J. W. J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1974, 3, 315.
30. Klasninc, L. J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1976, 8, 161.
31. Cannington, P. H.; Ham, N. S. J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1982, 32, 139.
32. Aflatooni, K.; Hitt, B.; Gallup, G. A.; Burrow, P. D. J. Chem. Phys. 2001, 115, 6489.
33. Gohlke, S.; Rosa, A.; Illenberger, E.; Brünning, F.; Huels, M. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10164.
34. Li, P.; Bu, Y.; Ai, H. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1200.
35. Herrera, B.; Dolgounitcheva, O.; Zakrezwski, V. G.; Toro-Labbe, A.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 11703.
36. Falzon, C. T.; Wang, F. J. Chem. Phys. 2005, 123, 214307.
37. Dehareng, D.; Dive, G. Int. J. Mol. Sci. 2005, 5, 301.
38. Osted, A.; Kongsted. J.; Christiansen. O. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1430.
39. Jones, R. O.; Gunnarson, O. Rev. Mod. Phys. 1989, 61, 689.
40. Godby, R. W.; White, I. D. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 3161.
41. Preuss, M.; Schmidt, W. G.; Seino, K.; Furthmüller, J.; Bechstedt, F. J. Comp. Chem. 2004, 25, 112.
42. Blöchl, P. E. Phys. Rev. B 1994, 50, 17953.
43. Kresse, G.; Joubert, D. Phys. Rev. B 1999, 59, 1758.
44. Adolph, B.; Furthmüller, J.; Bechstedt, F. Phys. Rev. B 2001, 63, 125108.
45. Kresse, G.; Furthmüller, J. Comput. Mater. Sci. 1996, 6, 15.
46. Perdew, J. P. In Electronic Structure of Solids '91; Ziesche, P., Eschrig, H., Eds.; Akademie-Verlag: Berlin, 1991.
47. Perdew, J. P.; Chevary, J. A.; Vosko, S. H.; Jackson, K. A.; Pederson, M. R.; Singh, D. J.; Fiolhais, C. Phys. Rev. B 1992, 46, 6671.
48. Burke, K.; Ernzerhof, M.; Perdew, J. P. J. Chem. Phys. 1996, 105, 9982.
49. Heyd, J.; Scuseria, G. E.; Emzerhof, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8207.
50. Perdew, J. P.; Zunger, A. Phys. Rev. B 1981, 23, 5048.
51. Hahn, P. H.; Schmidt, W. G.; Bechstedt, F. Phys. Rev. B 2005, 72, 245425.
52. Gutowski, M.; Skurski, P.; Simons, J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10159.
53. Fuchs, F.; Furthmüller, J.; Bechstedt, F.; Shiskin, M.; Kresse, G. arXiv:cond-mat/0604447, 2006.
54. Muscat, J.; Wander, A.; Harrison, N. M. Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 397.
55. Heyd, J.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 2004, 121, 1187.
56. Weissker, H.-C.; Furthmüller, J.; Bechstedt, F. Phys. Rev. B 2002, 65, 165328.
57. Fahrni, C. J.; Henary, M. M.; VanDerveer, D. G. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7655.
58. Groth, G.; Jung, W. FEBS Lett. 1995, 358, 142.
59. Nir, E.; Janzen, C.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 732.
60. Rini, M.; Magnes, B. Z.; Pines, E.; Nibbering, E. T. J. Science 2003, 301, 349.