Reactivity in Diels-Alder reactions: A computational experiment;Reatividade em reações de Diels-Alder: Uma prática computacional

Quimica Nova

Volumn 30, Issue 3, 2007, Pages 727-730

  Lacerda Jr , Valdemar ^a   De Oliveira, Kleber Thiago ^b   Silva, Rodrigo Costa ^b   Constantino, Mauricio Gomes ^b   Da Silva, Gil Valdo José ^b  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF ESPÍRITO SANTO   (Brazil)

^b UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

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Diels Alder reactivity; FMO theory; NBO analysis

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EID: 34249894230     PISSN: 01004042     EISSN: 16787064     Source Type: Journal    
DOI: 10.1590/s0100-40422007000300038     Document Type: Article

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16. Este programa é de livre acesso, no entanto, oferece algumas dificuldades de uso ou requer alguma dedicação para construir as estruturas. Alternativamente podem ser utilizados outros programas como o próprio Gauss View da Gaussian ou PCModel, que são de baixo custo e fácil uso. Para construir as estruturas no Molden copie o programa, que pode ser obtido no endereço acima, e não se esqueça de instalar um modulador para Windows (MI-X4.2) também disponível no mesmo endereço. Inicialmente ative o MI-X4.2 (abra o programa) e, em seguida, abra o Molden.exe. Note que o programa Molden não precisa ser instalado, apenas deve ser copiado em um diretório do PC. Em seguida selecione o comando "Add Line" e escolha os átomos, adicionando-os sucessivamente. Há também fragmentos de anel que podem ser prontamente selecionados. Caso necessário, os comprimentos de ligação e ângulos podem ser ajustados manualmente. Após desenhar, escolha o formato em que o arquivo será lido. Por ex., se os cálculos serão efetuados no Gaussian escrever: (nomedoarquivo.com) e salvar selecionando o comando "Write-ZMatrix". O arquivo será salvo no diretório do programa. Maiores detalhes podem ser obtidos no site do programa.
17. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A.; Gaussian 98, Revision A.6; Gaussian, Inc., Pittsburgh, 1998.
18. Para submeter os cálculos, abra o programa Gaussian, clique "File" e depois "Open". Procure o arquivo gerado no Molden ou programas equivalentes e solicite "Abrir". Este arquivo irá conter as coordenadas dos átomos. Adicione as linhas de comando conforme modelo apresentado na Figura 3. Em seguida selecione o comando "Run"; logo após será perguntado em qual diretório o resultado será salvo (nomedoarquivo.out) selecione o local e mande "Salvar".
19. Schmidt, M. W.; Baldridg, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Kosek, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A.; J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
20. Este programa pode ser obtido livremente na página: http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/pcgamess.shtml. Sua utilização é semelhante ao Gaussian, no entanto, para realização do cálculos de NBO é necessário adquirir o software "NBO" separadamente. No programa Gaussian este software já vem implementado.
21. Plükiger, P.; Lüthi, H. P.; Portmann, S.; Weber, J.; MOLEKEL 4.1, Swiss Center for Scientific Computing, Switzerland, 2000-2001.
22. Este programa pode ser obtido na página http://www.cscs.ch/ molekel/. Para visualizar as estruturas abra o programa (molekel.exe) e com o botão direito do mouse selecione a opção"Load" e depois "gaussian log". Para visualizar os orbitais de fronteira (FMO) selecionar a opção "Compute" e depois "Orbital". O processo de visualização dos NBOs é um pouco mais trabalhoso. Inicialmente abra o arquivo que contenha a estrutura. Depois abra na opção "NBO orb" o arquivo com extensão (.37) gerado pelo cálculo na pasta "Scratch" do diretório G98. Selecione as interações e gere as superfícies. Maiores detalhes podem ser obtidos no site do programa.