Protonation of the chromophore in the photoactive yellow protein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 14, 2007, Pages 3765-3773

  Leenders, Elske J M ^a   Guidoni, Leonardo ^b   Röthlisberger, Ursula ^c   Vreede, Jocelyne ^a   Bolhuis, Peter G ^a   Meijer, Evert Jan ^a  

^a UNIVERSITY OF AMSTERDAM   (Netherlands)

^b SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

^c SWISS FEDERAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA; HYDROGEN BONDS; ISOMERIZATION; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; PROTON TRANSFER; PROTONATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

AB INITIO SIMULATION; PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN (PYP); PHOTOCYCLE; PROTONATION STATES;

CHROMOPHORES;

EID: 34248135998     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp067158b     Document Type: Article

References (42)

1. Meyer, T. E.; Yakali, E.; Cusanovich, M. A.; Tollin, G. Biochemistry 1987, 26, 418.
2. Cusanovich, M. A.; Meyer, T. E. Biochemistry 2003, 42, 4759.
3. Vreede, J.; Crielaard, W.; Hellingwerf, K. J.; Bolhuis, P. G. Biophys. J. 2005, 88, 3525.
4. Hendriks, J.; Hoff, W. D.; Crielaard, W.; Hellingwerf, K. J. J. Biol. Chem. 1999, 274, 17655.
5. Getzoff, E. D.; Gutwin, K. N.; Genick, U. K. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 663.
6. Anderson, S.; Crosson, S.; Moffat, K. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2004, 60, 1008.
7. Groenhof, G.; Lensink, M. F.; Berendsen, H. J. C.; Snijders, J. G.; Mark, A. E. Proteins 2002, 48, 202.
8. Groenhof, G.; Lensink, M. F.; Berendsen, H. J. C.; Mark, A. E. Proteins 2002, 48, 212.
9. Groenhof, G. M.; Bouxin-Cademartory, M; Hess, B.; de Visser, S. P.; Berendsen, H. J. C.; Olivucci, M.; Mark, A. E.; Robb, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4228.
10. Sergi, A.; Griming, M.; Ferrario, M.; Buda, F. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4386.
11. Dux, P.; Rubinstenn, G.; Vuister, G. W.; Boelens, R.; Mulder, F. A.; Hard, K.; Hoff, W. D.; Kroon, A. R.; Crielaard, W.; Hellingwerf, K. J.; Kaptein, R. Biochemistry 1998, 37, 12689.
12. Ihee, H.; Rajagopal, S.; Srajer, V.; Pahl, R.; Anderson, S.; Schmidt, M.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A.; Wulff, M.; Moffat, K. PNAS 2005, 102, 7145.
13. Rajagopal, S.; Moffat, K. PNAS 2003, 100, 1649.
14. Kort, R.; Hellingwerf, K. J.; Ravelli, R. B. G. J. Biol. Chem. 2004, 279, 26417.
15. Perman, B.; Srajer, V.; Ren, Z.; Teng, T.; Pradervand, C.; Ursby, T.; Bourgeois, D.; Schotte, F.; Wulff, M.; Kort, R.; Hellingwerf, K. J.; Moffat, K. Science 1998, 279, 1946.
16. Anderson, S.; Srajer, V.; Pahl, R.; Rajagopal, S.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A.; Wulff, M.; Moffat, K. Structure 2004, 12, 1039.
17. Xie, A.; Hoff, W. D.; Kroon, A. R.; Hellingwerf, K. J. Biochemistry 1996, 35, 14671.
18. Imamoto, Y.; Mihara, K.; Hisatomi, O.; Kataoka, M.; Tokunaga, F.; Bojkova, N.; Yoshihara, K. J. Biol. Chem. 1997, 272, 12905.
19. Röhrig, U.; Guidoni, L.; Laio, A.; Frank, I.; Röthlisberger, U. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15328.
20. Thompson, M. J.; Bashford, D.; Noodleman, L.; Getzoff, E. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8186.
21. Yoda, M.; Inoue, Y.; Sakurai, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14569.
22. Antes, I.; Thiel, W.; Van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2002, 31, 504.
23. Genick, U. K.; Borgstahl, G. E. O.; Ng, K.; Ren, Z.; Pradervand, C.; Burke, P. M.; Srajer, V.; Teng, T.; Schildkamp, W.; McRee, D. E.; Moffat, K.; Getzoff, E. D. Science 1997, 275, 1471.
24. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
25. Laio, A.; VandeVondele, J.; Röthlisberger, U. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6941.
26. Laio, A.; VandeVondele, J.; Röthlisberger, U. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7300.
27. Lindahl, E.; Hess, B.; Van der Spoel, D. J. Mol. Model 2001, 7, 306.
28. Van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hünenberger, P. H.; Krüger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular simulation: the GROMOS96 manual and user guide; vdf Hochschulverlag AG an der ETH: Zürich. Switzerland; and Biomos B.V.: Zürich/Groningen, Switzerland, 1996.
29. Scott, W. R. P.; Hünenberger, P. H.; Tironi, I. G.; Mark, A. E.; Billeter, S. R.; Fennen, J.; Torda, A. E.; Huber, T.; Krüger, P.; Van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3596.
30. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695.
31. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H.; Fraaije, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
32. Miyamoto, S.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952.
33. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
34. CPMD V3.9; Copyright IBM Corp 1990-2004; MPI für Festkörperforschung Stuttgart, 1997-2001.
35. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
36. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
37. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993.
38. http://lcbcpc21.epfl.ch.
39. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2810.
40. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
41. Li, Q.-S.; Fang, W.-H. Chem. Phys. 2005, 313, 71.
42. Frenkel, D.; Smit, B. Understanding molecular simulation, 2nd ed.; Academic Press: San Diego, CA, 2002.