Free energy landscape of receptor-mediated cell adhesion

Journal of Chemical Physics

Volumn 126, Issue 4, 2007, Pages

  Yang, Tianyi ^a   Zaman, Muhammad H ^a,b  

^a UNIVERSITY OF TEXAS AT AUSTIN   (United States)

^b The University of Texas at Austin   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMATERIALS; CONFORMATIONS; DISEASES; FREE ENERGY; ONCOLOGY; TISSUE CULTURE;

COMPUTATIONAL MODELS; MULTICOMPONENT SYSTEM;

CELL ADHESION;

CELL ADHESION MOLECULE; CELL SURFACE RECEPTOR; SCLEROPROTEIN;

ADHESION; ARTICLE; BIOLOGICAL MODEL; CELL MEMBRANE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; ENERGY TRANSFER; EXTRACELLULAR MATRIX; PHYSIOLOGY;

ADHESIVENESS; CELL ADHESION MOLECULES; CELL MEMBRANE; COMPUTER SIMULATION; ENERGY TRANSFER; EXTRACELLULAR MATRIX; EXTRACELLULAR MATRIX PROTEINS; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; RECEPTORS, CELL SURFACE;

EID: 33847733984     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.2424985     Document Type: Article

References (31)

1. R. O. Hynes, Cell 110, 673 (2002).
2. R. O. Hynes, J. C. Lively, J. H. McCarty, D. Taverna, S. E. Francis, K. Hodivala-Dilke, and Q. Xiao, Cold Spring Harb Symp. Quant Biol. 67, 143 (2002).
3. M. P. Lutolf, J. L. Lauer-Fields, H. G. Schmoekel, A. T. Metters, F. E. Weber, G. B. Fields, and J. A. Hubbell, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 0027-8424 10.1073/pnas.0737381100 100, 5413 (2003); G. P. Raeber, M. P. Lutolf, and J. A. Hubbell, Biophys. J. 89, 1374 (2005).
4. M. P. Lutolf, J. L. Lauer-Fields, H. G. Schmoekel, A. T. Metters, F. E. Weber, G. B. Fields, and J. A. Hubbell, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 0027-8424 10.1073/pnas.0737381100 100, 5413 (2003); G. P. Raeber, M. P. Lutolf, and J. A. Hubbell, Biophys. J. 89, 1374 (2005).
5. R. O. Hynes and Q. Zhao, J. Cell Biol. 0021-9525 150, F89 (2000); R. O. Hynes, Matrix Biol. 0945-053X 23, 333 (2004); D. W. DeSimone, M. A. Stepp, R. S. Patel, and R. O. Hynes, Biochem. Soc. Trans. 0300-5127 15, 789 (1987); R. O. Hynes, Cell 48, 549 (1987).
6. R. O. Hynes and Q. Zhao, J. Cell Biol. 0021-9525 150, F89 (2000); R. O. Hynes, Matrix Biol. 0945-053X 23, 333 (2004); D. W. DeSimone, M. A. Stepp, R. S. Patel, and R. O. Hynes, Biochem. Soc. Trans. 0300-5127 15, 789 (1987); R. O. Hynes, Cell 48, 549 (1987).
7. R. O. Hynes and Q. Zhao, J. Cell Biol. 0021-9525 150, F89 (2000); R. O. Hynes, Matrix Biol. 0945-053X 23, 333 (2004); D. W. DeSimone, M. A. Stepp, R. S. Patel, and R. O. Hynes, Biochem. Soc. Trans. 0300-5127 15, 789 (1987); R. O. Hynes, Cell 48, 549 (1987).
8. R. O. Hynes and Q. Zhao, J. Cell Biol. 0021-9525 150, F89 (2000); R. O. Hynes, Matrix Biol. 0945-053X 23, 333 (2004); D. W. DeSimone, M. A. Stepp, R. S. Patel, and R. O. Hynes, Biochem. Soc. Trans. 0300-5127 15, 789 (1987); R. O. Hynes, Cell 48, 549 (1987).
9. E. F. Krasik, K. L. Yee, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 91, 1145 (2006); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Ann. Biomed. Eng. 0090-6964 23, 322 (1995); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 67, 2522 (1994); M. D. Ward and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 64, 936 (1993); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Cell Biophys. 0163-4992 14, 139 (1989); M. Dembo, D. C. Torney, K. Saxman, and D. Hammer, Proc. R. Soc. London, Ser. B 0962-8452 234, 55 (1988); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Biophys. J. 52, 475 (1987).
10. E. F. Krasik, K. L. Yee, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 91, 1145 (2006); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Ann. Biomed. Eng. 0090-6964 23, 322 (1995); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 67, 2522 (1994); M. D. Ward and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 64, 936 (1993); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Cell Biophys. 0163-4992 14, 139 (1989); M. Dembo, D. C. Torney, K. Saxman, and D. Hammer, Proc. R. Soc. London, Ser. B 0962-8452 234, 55 (1988); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Biophys. J. 52, 475 (1987).
11. E. F. Krasik, K. L. Yee, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 91, 1145 (2006); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Ann. Biomed. Eng. 0090-6964 23, 322 (1995); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 67, 2522 (1994); M. D. Ward and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 64, 936 (1993); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Cell Biophys. 0163-4992 14, 139 (1989); M. Dembo, D. C. Torney, K. Saxman, and D. Hammer, Proc. R. Soc. London, Ser. B 0962-8452 234, 55 (1988); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Biophys. J. 52, 475 (1987).
12. E. F. Krasik, K. L. Yee, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 91, 1145 (2006); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Ann. Biomed. Eng. 0090-6964 23, 322 (1995); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 67, 2522 (1994); M. D. Ward and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 64, 936 (1993); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Cell Biophys. 0163-4992 14, 139 (1989); M. Dembo, D. C. Torney, K. Saxman, and D. Hammer, Proc. R. Soc. London, Ser. B 0962-8452 234, 55 (1988); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Biophys. J. 52, 475 (1987).
13. E. F. Krasik, K. L. Yee, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 91, 1145 (2006); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Ann. Biomed. Eng. 0090-6964 23, 322 (1995); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 67, 2522 (1994); M. D. Ward and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 64, 936 (1993); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Cell Biophys. 0163-4992 14, 139 (1989); M. Dembo, D. C. Torney, K. Saxman, and D. Hammer, Proc. R. Soc. London, Ser. B 0962-8452 234, 55 (1988); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Biophys. J. 52, 475 (1987).
14. E. F. Krasik, K. L. Yee, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 91, 1145 (2006); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Ann. Biomed. Eng. 0090-6964 23, 322 (1995); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 67, 2522 (1994); M. D. Ward and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 64, 936 (1993); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Cell Biophys. 0163-4992 14, 139 (1989); M. Dembo, D. C. Torney, K. Saxman, and D. Hammer, Proc. R. Soc. London, Ser. B 0962-8452 234, 55 (1988); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Biophys. J. 52, 475 (1987).
15. E. F. Krasik, K. L. Yee, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 91, 1145 (2006); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Ann. Biomed. Eng. 0090-6964 23, 322 (1995); M. D. Ward, M. Dembo, and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 67, 2522 (1994); M. D. Ward and D. A. Hammer, Biophys. J. 0006-3495 64, 936 (1993); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Cell Biophys. 0163-4992 14, 139 (1989); M. Dembo, D. C. Torney, K. Saxman, and D. Hammer, Proc. R. Soc. London, Ser. B 0962-8452 234, 55 (1988); D. A. Hammer and D. A. Lauffenburger, Biophys. J. 52, 475 (1987).
16. I. Szleifer and M. A. Carignano, Adv. Chem. Phys. 94, 165 (1996).
17. I. Szleifer and M. A. Carignano, Macromol. Rapid Commun. 1022-1336 10.1002/(SICI)1521-3927(20000501)21:8<423::AID-MARC4233.3.CO;2-A 21, 423 (2000); P. Gong and I. Szleifer, Ind. Eng. Chem. Res. 45, 5466 (2006).
18. I. Szleifer and M. A. Carignano, Macromol. Rapid Commun. 1022-1336 10.1002/(SICI)1521-3927(20000501)21:8<423::AID-MARC4233.3.CO;2-A 21, 423 (2000); P. Gong and I. Szleifer, Ind. Eng. Chem. Res. 45, 5466 (2006).
19. Y. B. Huang, I. Szleifer, and N. A. Peppas, J. Chem. Phys. 114, 3809 (2001).
20. Y. B. Huang, I. Szleifer, and N. A. Peppas, Macromolecules 35, 1373 (2002).
21. G. Longo and I. Szleifer, Langmuir 21, 11342 (2005).
22. M. A. Carignano and I. Szleifer, J. Chem. Phys. 98, 5006 (1993).
23. M. H. Zaman, M. Y. Shen, R. S. Berry, K. F. Freed, and T. R. Sosnick, J. Mol. Biol. 331, 693 (2003).
24. J. I. Martin, C. Z. Zhang, and Z. G. Wang, J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 44, 2621 (2006).
25. A. V. Persikov, J. A. Ramshaw, A. Kirkpatrick, and B. Brodsky, Biochemistry 0006-2960 39, 14960 (2000); R. Z. Kramer, J. Bella, P. Mayville, B. Brodsky, and H. M. Berman, Nat. Struct. Biol. 1072-8368 6, 454 (1999); J. Bella, M. Eaton, B. Brodsky, and H. M. Berman, Science 266, 75 (1994).
26. A. V. Persikov, J. A. Ramshaw, A. Kirkpatrick, and B. Brodsky, Biochemistry 0006-2960 39, 14960 (2000); R. Z. Kramer, J. Bella, P. Mayville, B. Brodsky, and H. M. Berman, Nat. Struct. Biol. 1072-8368 6, 454 (1999); J. Bella, M. Eaton, B. Brodsky, and H. M. Berman, Science 266, 75 (1994).
27. A. V. Persikov, J. A. Ramshaw, A. Kirkpatrick, and B. Brodsky, Biochemistry 0006-2960 39, 14960 (2000); R. Z. Kramer, J. Bella, P. Mayville, B. Brodsky, and H. M. Berman, Nat. Struct. Biol. 1072-8368 6, 454 (1999); J. Bella, M. Eaton, B. Brodsky, and H. M. Berman, Science 266, 75 (1994).
28. A. Chilkoti and P. S. Stayton, J. Am. Chem. Soc. 0002-7863 10.1021/ja00148a003 117, 10622 (1995); P. C. Weber, D. H. Ohlendorf, J. J. Wendoloski, and F. R. Salemme, Science 243, 85 (1989).
29. A. Chilkoti and P. S. Stayton, J. Am. Chem. Soc. 0002-7863 10.1021/ja00148a003 117, 10622 (1995); P. C. Weber, D. H. Ohlendorf, J. J. Wendoloski, and F. R. Salemme, Science 243, 85 (1989).
30. J. Emsley, C. G. Knight, R. W. Farndale, M. J. Barnes, and R. C. Liddington, Cell 101, 47 (2000).
31. C. C. Chen and E. Dormidontova, Langmuir 21, 5605 (2005).