Factors determining the deriving force of DNA formation: Geometrical differences of base pairs, dehydration of bases, and the arginine assisting

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 7, 2007, Pages 1802-1808

  Sun, Lixiang ^a   Cukier, Robert I ^b   Bu, Yuxiang ^a,b  

^a SHANDONG UNIVERSITY   (China)

^b MICHIGAN STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DEHYDRATION; GIBBS FREE ENERGY; SYNTHESIS (CHEMICAL); WATER TREATMENT;

FIDELITY SYNTHESIS; WATER DETACHMENT; WATER MOLECULES;

DNA SEQUENCES;

EID: 33847732630     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp063645f     Document Type: Article

References (57)

1. Duncan, B. K.; Miller, J. H. Nature 1980, 287, 560.
2. Wiebauer, K.; Jiricny, J. Nature 1989, 339, 234.
3. Wiebauer, K.; Jiricny, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 5842.
4. Rideout, W. M., III; Coetzee, G. A.; Olumi, A. F.; Jones, P. A. Science 1990, 249, 1288.
5. Coulondre, C.; Miller, J. H.; Farabaugh, P. J.; Gilbert, W. Nature 1978, 274, 775.
6. Jones, P. A. Cancer Res. 1996, 56, 2463.
7. Kan, L. S.; Chandrasegaran, S.; Pulford, S. M.; Miller, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 4263.
8. Patel, D. J.; Kozlowski, S. A.; Ikuta, S.; Itakura, K. Biochemistry 1984, 23, 3207.
9. Waters, S. B.; Akman, S. A. Mutat. Res. 2001, 487, 109.
10. Lari, S.-U.; Al-Khodairy, F.; Paterson, M. C. Biochemistry 2002, 41, 9248.
11. Hunter, W. N.; Brown, T.; Kennard, O. J. Biomol. Struct. Dyn. 1986, 4, 173.
12. Keepers, J. W.; Schmidt, P.; James, T. L.; Jollman, P. A. Biopolymers 1984, 23, 2901.
13. Chuprina, V. P.; Poltev, V. I. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 5205.
14. Prive, G. G.; Heinemann, U.; Chandrasegaran, S.; Kan, L. S.; Kopka, M. L.; Dickerson, R. E. Science 1987, 238, 498.
15. Prive, G. G.; Heinemann, U.; Chandrasegaran, S.; Kan, L. S.; Kopka, M. L.; Dickerson, R. E. Struct. Expression 1988, 2, 27.
16. Nikonowicz, E. P.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 8845.
17. Nikonowicz, E. P.; Meadows, R. P.; Fagan, P.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1991, 30, 1323.
18. Li, Y.; Zon, G.; Wilson, W. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 26.
19. Greene, K. L.; Jones, R. L.; Li, Y.; Robinson, H.; Wang, A. H.; Zon, G.; Wilson, W. D. Biochemistry 1994, 33, 1053.
20. Maskos, K.; Gunn, B. M.; LeBlanc, D. A.; Morden, K. M. Biochemistry 1993, 32, 3583.
21. Gao, X. L.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 5178.
22. Zharkov, D. O.; Gilboa, R.; Yagil, I.; Kycia, J. H.; Gerchman, S. E.; Shoham, G.; Grollman, A. P. Biochemistry 2000, 39, 14768.
23. Scholdberg, T. A.; Nechev, L. V.; Merritt, W. K.; Harris, T. M.; Harris, C. M.; Lloyd, R. S.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 2005, 18, 145.
24. Petruska, J.; Goodman, M. F.; Boosalis, M. S.; Sowers, L. C.; Cheong, C.; Tinoco, I., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 6252.
25. Echols, H.; Goodman, M. F. Annu. Rev. Biochem. 1991, 60, 477.
26. Goodman, M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10493.
27. Petruska, J.; Sowers, L. C.; Goodman, M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 1559.
28. Kool, E. T. Annu. Rev. Biochem. 2002, 71, 191.
29. McCain, M. D.; Meyer, A. S.; Schultz, S. S.; Glekas, A.; Epratt, T. E. Biochemistry 2005, 44, 5647.
30. Kiefer, J. R.; Mao, C.; Braman, J. C.; Beese, L. S. Nature 1998, 391, 304.
31. Li, Y.; Korolev, S.; Waksman, G. EMBO J. 1998, 17, 7514.
32. Doublie, S.; Tabor, S.; Long, A. M.; Richardson, C. C.; Ellenberger, T. Nature 1998, 391, 251.
33. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
34. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988, 37, 785.
35. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
36. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
37. Galbraith, J. M.; Schaefer, H. F., III. J. Chem. Phys. 1996, 105, 862.
38. Roesch, N.; Trickey, S. B. J. Chem. Phys. 1997, 106, 8940.
39. Wesolowski, S. S.; Leininger, M. L.; Pentchew, P. N.; Schaefer, H. F., III. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4023.
40. Rienstra-Kiracofe, J. C.; Barden, C. J.; Brown, S. T.; Schaefer, H. F., III. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 524.
41. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
42. Colson, A. O.; Besler, B.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 9787.
43. Colson, A. O.; Besler, B.; Close, D. M.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 661.
44. Radisic, D.; Bowen, K. H., Jr.; Dabkowska, I.; Storoniak, P.; Zak, J.; Gutowski, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6443.
45. Cubero, M.; Sherer, E. C.; Luque, F. J.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8653.
46. Kennard, O.; Salisbury, S. A. J. Biol. Chem. 1993, 268, 10701-10704.
47. Seeman, N. C.; Rosenberg, J. M.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1976, 73, 804.
48. Brown, T.; Kennard, O. Curr. Opin. Struct. Biol. 1992, 2, 354.
49. Sun, L. X.; Bu, Y. X. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 593.
50. Kan, L. S.; Chandrasegaran, S.; Pulford, S. M.; Miller, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1983, 80, 4263.
51. Prive, G. G.; Heinemann, U.; Chandrasegaran, S.; Kan, L. S.; Kopka, M. L.; Dickerson, R. E. Science 1987, 238, 498.
52. Webster, G. D.; Sanderson, M. R.; Skelley, J. V.; Neidle, S.; Swann, P. F.; Li, B. F. L.; Tickle, I. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 6693.
53. Hunter, W. N.; Brown, T.; Kennard, O. J. Biomol. Struct. Dyn. 1986, 4, 173.
54. Brown, T.; Hunter, W. N.; Kneale, G.; Kennard, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 2402.
55. Skelly, J. V.; Edwards, K. J.; Jenkins, T. C.; Neidle, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 804.
56. Johnson, S. J.; Beese, L. S. Cell 2004, 116, 803.
57. Minnick, D. T.; Bebenek, K.; Osheroff, W. P.; Turner, R. M., Jr.; Astatke, M.; Liu, L.; Kunkel, T. A.; Joyce, C. M. J. Biol. Chem. 1999, 274, 3067.