Coupling of protein HPLC to MALDI-TOF MS using an on-target device for fraction collection, concentration, digestion, desalting, and matrix/analyte cocrystallization

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 5, 2007, Pages 2058-2066

  Perlman, David H ^a   Huang, Hua ^a,b   Dauly, Claire ^a   Costello, Catherine E ^a   McComb, Mark E ^a  

^a BOSTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b ALLERGAN INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CRYSTALLIZATION; GELS; MIXTURES; PEPTIDES; PROTEINS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

BUFFER EXCHANGE; COCRYSTALLIZATION; MASS FINGERPRINTING; SAMPLE CONCENTRATION;

HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY;

ELASTOMER; PROTEIN;

ARTICLE; CRYSTALLIZATION; DESALINATION; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; PROTEIN ANALYSIS; ROBOTICS; SAMPLE;

ANIMALS; CATTLE; CHEMICAL FRACTIONATION; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; CRYSTALLIZATION; INSULIN; PROTEINS; PROTEOMICS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 33847674959     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac061919p     Document Type: Article

References (63)

1. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
2. Jensen, O. N. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 391-403.
3. Nielsen, P. F.; Roepstorff, P. Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1989, 18, 131-137.
4. O'Farrell, P. H. J. Biol. Chem. 1975, 250, 4007-4021.
5. Gorg, A.; Obermaier, C.; Boguth, G.; Harder, A.; Scheibe, B.; Wildgruber, R.; Weiss, W. Electrophoresis 2000, 21, 1037-1053.
6. Gorg, A.; Weiss, W.; Dunn, M. J. Proteomics 2004, 4, 3665-3685.
7. Dauly, C.; Odhiambo, A.; Perlman, D. H.; Huang, H.; Steinberg, M. H.; Farber, H. W.; Klings, E. S.; McComb, M. E.; Costello, C. E. Proc. 53rd ASMS Conference, 2005.
8. Neverova, I.; Van Eyk, J. E. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2005, 815, 51-63.
9. Wang, H.; Hanash, S. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2003, 787, 11-18.
10. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
11. Chen, E. I.; Hewel, J.; Felding-Habermann, B.; Yates, J. R. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 53-56.
12. Lubman, D. M.; Kachman, M. T.; Wang, H.; Gong, S.; Yan, F.; Hamler, R. L.; O'Neil, K. A.; Zhu, K.; Buchanan, N. S.; Barder, T. J. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2002, 782, 183-196.
13. Wall, D. B.; Kachman, M. T.; Gong, S.; Hinderer, R; Parus, S.; Misek, D. E.; Hanash, S. M.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 2000, 72, 1099-1111.
14. Vollmer, M.; Hörth, P.; Y., C.; Grimm, R; Hochstrasser, D.; Sanchez, J. Proc. 53rd ASMS Conference, 2005.
15. Whitehouse, C. M.; Dreyer, R. N.; Yamashita, M.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1985, 57, 675-679.
16. McLafferty, F. W.; Kelleher, N. L.; Begley, T. P.; Fridriksson, E. K.; Zubarev, R. A.; Horn, D. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 571-578.
17. Bogdanov, B.; Smith, R. D. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 168-200.
18. Laskin, J.; Futrell, J. H. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 135-167.
19. Murray, K. K. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 283-299.
20. Orsnes, H.; Zenobi, R. Chem. Soc. Rev. 2001, 30, 104-112.
21. Wall, D. B.; Berger, S. J.; Finch, J. W.; Cohen, S. A.; Richardson, K.; Chapman, R.; Drabble, D.; Brown, J.; Gostick, D. Electrophoresis 2002, 23, 3193-3204.
22. Zhang, X.; Narcisse, D. A.; Murray, K. K. J. Amer. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1471-1477.
23. Tegeler, T. J.; Mechref, Y.; Boraas, K.; Reilly, J. P.; Novotny, M. V. Anal. Chem. 2004, 76, 6698-6706.
24. Orsnes, H.; Graf, T.; Degn, H.; Murray, K. K. Anal. Chem. 2000, 72, 251-254.
25. Nagele, E.; Vollmer, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 3008-3014.
26. Fung, K. Y. C.; Askovic, S.; Basile, F.; Duncan, M. W. Proteomics 2004, 4, 3121-3127.
27. Miliotis, T.; Kjellstrom, S.; Nilsson, J.; Laurell, T.; Edholm, L. E.; Marko-Varga, G. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 369-377.
28. Zhang, B. Y.; McDonald, C.; Li, L. Anal. Chem. 2004, 76, 992-1001.
29. Ericson, C.; Phung, Q. T.; Horn, D. M.; Peters, E. C.; Fitchett, J. R.; Ficarro, S. B.; Salomon, A. R.; Brill, L. M.; Brock, A. Anal. Chem. 2003, 75, 2309-2315.
30. Bogan, M. J.; Agnes, G. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2673-2681.
31. Chen, V. C.; Cheng, K.; Ens, W.; Standing, K. G.; Nagy, J. I.; Perreault, H. Anal. Chem. 2004, 76, 1189-1196.
32. Preisler, J.; Hu, P.; Rejtar, T.; Moskovets, E.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2002, 74, 17-25.
33. Mirgorodskaya, E.; Braeuer, C.; Fucini, P.; Lehrach, H.; Gobom, J. Proteomics 2005, 5, 399-408.
34. Basile, F.; Kassalainen, G. E.; Williams, S. K. R. Anal. Chem. 2005, 77, 3008-3012.
35. Young, J. B.; Li, L. J. Amer. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 325-334.
36. McComb, M. E.; Perlman, D. H.; Huang, H.; Costello, C. E. Proc. 53rd ASMS Conference, 2005.
37. McComb, M. E.; Perlman, D. H.; Huang, H.; Costello, C. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 44-58.
38. Dauly, C.; Perlman, D. H.; Costello, C. E.; McComb, M. E. J. Proteome Res. 2006, 5, 1688-1700.
39. Chen, K.; Murawski, T.; Kuang, G.; Sexton, D.; Shanler, M.; Galbraith, W.; Crespi, C. L. Proc. 53rd ASMS Conference, 2005.
40. Chen, X.; Murawski, A.; Kuang, G.; Sexton, D. J.; Galbraith, W. Anal. Chem. 2006, 78, 6160-6168.
41. http://bioinformatics.genomicsolutions.com/MoverZ.html.
42. http://www.matrixscience.com.
43. http://prospector.ucsf.edu.
44. Clauser, K. R.; Baker, P.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1999, 71, 2871-2882.
45. Snovida, S. I.; Chen, V. C.; Krokhin, O.; Perreault, H. Anal. Chem. 2006, 78, 6556-6563.
46. McComb, M. E.; Oleschuk, R. D.; Manley, D. M.; Donald, L.; Chow, A.; Oneil, J. D. J.; Ens, W.; Standing, K. G.; Perreault, H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1716-1722.
47. McComb, M. E.; Oleschuk, R. D.; Chow, A.; Perreault, H.; Dworschak, R. G.; Znamirowski, M.; Ens, W.; Standing, K. G.; Preston, K. R. Can. J. Chem.-Rev. Can. Chim. 2001, 79, 437-447.
48. Oehlers, L. P.; Perez, A. N.; Walter, R. B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 752-758.
49. Klene, T. G.; Andreasen, C. M.; Kjeldal, H. O.; Leonardsen, L. R.; Krogh, T. N.; Nielsen, P. F.; Sorensen, M. V.; Jensen, O. N. Anal. Chem. 2004, 76, 3576-3583.
50. Redeby, T.; Roeraade, J.; Emmer, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 1161-1166.
51. Schuerenbeg, M.; Luebbert, C.; Eickhoff, H.; Kalkum, M.; Lehrach, H.; Nordhoff, E. Anal. Chem. 2000, 72, 3436-3442.
52. Nordhoff, E.; Schurenberg, M.; Thiele, G.; Lubbert, C.; Hoeppel, K. D.; Theiss, D.; Lehrach, H.; Gobom, J. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 226, 163-180.
53. Tannu, N. S.; Wu, J.; Rao, V. K.; Gadgil, H. S.; Pabst, M. J.; Gerling, I. C.; Raghow, R. Anal. Biochem. 2004, 327, 222-232.
54. Li, X. P.; Wilm, M.; Franz, T. Proteomics 2005, 5, 1460-1471.
55. Zhang, L.; Orlando, R. Anal. Chem. 1999, 71, 4753-4757.
56. Muck, A.; Nesnerova, P.; Pichova, I.; Svatos, A Electrophoresis 2005, 26, 2835-2842.
57. Hung, K. C.; Ding, H.; Guo, B. C. Anal. Chem. 1999, 71, 518-521.
58. Xu, Y. D.; Bruening, M. L.; Watson, J. T. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 429-440.
59. Xu, Y. D.; Bruening, M. L.; Watson, J. T. Anal. Chem. 2004, 76, 3106-3111.
60. Blackledge, J. A.; Alexander, A J. Anal. Chem. 1995, 67, 843-848.
61. Eckerskorn, C.; Strupat, K.; Karas, M.; Hillenkamp, F.; Lottspeich, F. Electrophoresis 1992, 13, 664-665.
62. Strupat, K.; Karas, M.; Hillenkamp, F.; Eckerskorn, C.; Lottspeich, F. Anal. Chem. 1994, 66, 464-470.
63. Vestling, M. M.; Fenselau, C. Mass Spectrom. Rev. 1995, 14, 169-178.