Structure and folding dynamics of a DNA hairpin with a stabilising d(GNA) trinucleotide loop: Influence of base pair mis-matches and point mutations on conformational equilibria

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 5, Issue 5, 2007, Pages 832-839

  Balkwill, Graham D ^a   Williams, Huw E L ^a   Searle, Mark S ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISEASES; MAGNETIZATION; MOLECULAR STRUCTURE; MUTAGENESIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEINS;

GENETIC DISORDERS; MAGNETISATION TRANSFER; MUTATIONS; PROTEIN RECOGNITION;

DNA;

EID: 33847201464     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b616820e     Document Type: Article

References (35)

1. D. B. Roth J. P. Menetski P. B. Nakajima M. J. Bosma M. Gellert Cell 1992 70 983
2. A. Bhasin I. Y. Goryshin W. S. Reznikoff J. Biol. Chem. 1999 274 37021
3. A. K. Kennedy A. Guhathakurta N. Kleckner D. B. Haniford Cell 1998 95 125
4. I. Tinoco, Jr. C. Bustamante J. Mol. Biol. 1999 293 271
5. D. J. Williams K. B. Hall J. Mol. Biol. 2000 297 1045
6. J. Pan D. Thirumalai S. Woodson J. Mol. Biol. 1997 273 7
7. C. T. Ashley, Jr. S. T. Warren Annu. Rev. Genet. 1995 29 703
8. G. R. Sutherland R. J. Richards Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 3636
9. T. A. Kunkel Nature 1993 365 207
10. J.-L. Mandel Nat. Genet. 1994 7 453
11. J. Petruska N. Arnheim M. F. Goodman Nucleic Acids Res. 1996 24 1992
12. M. I. Wallace L. Ying S. Balasubramanian D. Klenerman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 5584
13. A. Ansari Kuznetsov Y. Shen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 7771
14. G. Bonnet O. Krichevsky A. Libchaber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 8602
15. Y. Shen S. V. Kuznetsov A. Ansari J. Phys. Chem. B 2001 105 12202
16. D. J. Proctor H. Ma E. Kierzek R. Kierzek M. Gruebele P. C. Bevilacqua Biochemistry 2004 43 14004
17. S. Yoshizawa K. Kawai K. Watanabe K. Miura I. Hirao Biochemistry 1997 36 4761
18. I. Hirao G. Kawai S. Yoshizawa Y. Nishimura K. Ishido K. Watanabe K. Miura Nucleic Acids Res. 1994 22 576
19. K. Arai R. Low J. Kobori J. Shlomai A. Kornberg J. Biol. Chem. 1981 256 5273
20. M. A. Glucksmann P. Markiewicz C. Malone L. B. Rothman-Denes Cell 1992 70 491
21. E. Moody P. C. Bevilacqua J. Am. Chem. Soc. 2003 125 2032
22. E. Moody P. C. Bevilacqua J. Am. Chem. Soc. 2003 125 16285
23. M. L. Colgrave H. E. L. Williams M. S. Searle Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 4754
24. C. T. Gallagher M. S. Searle Chem. Commun. 2003 1824
25. H. E. L. Williams M. L. Colgrave M. S. Searle Eur. J. Biochem. 2002 269 1726
26. J. D. Hirst C. L. Brooks Biochemistry 1995 34 7614
27. J. J. Led H. Gesmar F. Abildgaard Methods Enzymol. 1989 176 311
28. L.-Y. Lian and G. C. K. Roberts, NMR of Macromolecules, ed., G. C. K. Roberts, IRL Press, Oxford, 1993
29. D. Thirumalai N. Lee S. A. Woodson D. K. Klimov Annu. Rev. Phys. Chem. 2001 52 751 762
30. P. Wenter B. Furtig A. Hainard H. Schwalbe S. Pitsch ChemBioChem 2006 7 417 420
31. J. Buchner and T. Kiefhaber, Protein Folding Handbook, Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2005
32. A. T. Phan D. J. Parel J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15021 15027
33. D. T. Clarke A. J. Doig B. J. Stapley G. R. Jones Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 7232
34. L. J. Rinkel C. Altona J. Biomol. Struct. Dyn. 1987 4 621
35. R. Koradi M. Billeter K. Wuthrich J. Mol. Graphics 1996 14 51