Coarse-grained Brownian dynamics simulations of electrophoresis of DNA molecules from generalized reptation models

Macromolecules

Volumn 40, Issue 2, 2007, Pages 366-378

  Graham, Richard S ^a,b   Larson, Ronald G ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

^b UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONSTANT-FIELD MOBILITY; ENTANGLEMENTS; EXTERNAL ELECTRIC FIELD; STRAND FREE ENERGY;

ALGORITHMS; COMPUTER SIMULATION; DNA; ELECTRON MOBILITY; ELECTROPHORESIS; MOLECULAR DYNAMICS;

BROWNIAN MOVEMENT;

EID: 33846953153     PISSN: 00249297     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ma061912+     Document Type: Article

References (56)

1. Burns, M. A. Science 2002, 296, 1818.
2. Slater, G. W.; Desrulsseaux, C.; Hubert, S. J.; Mercier, J. F.; Labrie, J.; Boileau, J.; Tessier, F.; Pepin, M. P. Electrophoresis 2000, 21, 3873.
3. Burke, D. T.; Carle, G. F.; Olson, M. V. Science 1987, 236, 806.
4. Langer-Safer, P. R.; Levine, M.; Ward, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4381.
5. Carle, G. F.; Frank, M.; Olson, M. V. Science 1986, 232, 65.
6. Gurrieri, S.; Smith, S. B.; Wells, K. S.; Johnson, I. D.; Bustamante, C. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4759.
7. Gardiner, K. Anal. Chem. 1991, 63, 658.
8. Oana, H.; Ueda, M.; Washizu, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999, 265, 140.
9. Jing, J. P.; Reed, J.; Huang, J.; Hu, X. H.; Clarke, V.; Edington, J.; Housman, D.; Anantharaman, T. S.; Huff, E. J.; Mishra, B.; Porter, B.; Shenker, A.; Wolfson, E.; Hiort, C.; Kantor, R.; Aston, C.; Schwartz, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 8046.
10. Schwartz, D. C.; Li, X. J.; Hernandez, L. I.; Ramnarain, S. P.; Huff, E. J.; Wang, Y. K. Science 1993, 262, 110.
11. Ueda, M.; Yoshikawa, K.; Doi, M. Polym. J. 1997, 29, 1040.
12. Ueda, M. J. Biochem. Biophys. Methods 1999, 41, 153.
13. Kaji, N.; Ueda, M.; Baba, Y. Biophys. J. 2002, 82, 335.
14. Burns, M. A.; Johnson, B. N.; Brahmasandra, S. N.; Handique, K.; Webster, J. R.; Krishnan, M.; Sammarco, T. S.; Man, P. M.; Jones, D.; Heldsinger, D.; Mastrangelo, C. H.; Burke, D. T. Science 1998, 282, 484.
15. Namasivayam, V.; Larson, R. G.; Burke, D. T.; Burns, M. A. Anal. Chem. 2002, 74, 3378.
16. Olvera de la Cruz, M.; Deutsch, J. M.; Edwards, S. F. Phys. Rev. A 1986, 33, 2047.
17. Deutsch, J. M. Phys. Rev. Lett. 1987, 59, 1255.
18. Deutsch, J. M. Science 1988, 240, 922.
19. Doi, M.; Edwards, S. F. The Theory of Polymer Dynamics; Oxford University Press: Oxford, 1986.
20. McLeish, T. C. B. Adv. Phys. 2002, 51, 1379.
21. Graham, R. S.; Likhtman, A. E.; McLeish, T. C. B.; Milner, S. T. J. Rheol. 2003, 47, 1171.
22. Likhtman, A. E. Macromolecules 2005, 38, 6128.
23. Slater, G. W.; Noolandi, J. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 1579.
24. Duke, T.; Viovy, J. L.; Semenov, A. N. Biopolymers 1994, 34, 239.
25. Viovy, J. L. Rev. Mod. Phys. 2000, 72, 813.
26. Noolandi, J.; Slater, G. W.; Lim, H. A.; Viovy, J. L. Science 1989, 243, 1456.
27. Heo, Y.; Larson, R. G. J. Rheol. 2005, 49, 1117.
28. Teixeira, R. E.; Babcock, H. P.; Shaqfeh, E. S. G.; Chu, S. Macromolecules 2005, 38, 581.
29. Teixeira, R.; Shaqfeh, E.; Chu, S. In The Society of Rheology: 77th Annual Meeting Program and Abstracts, 2005.
30. Masubuchi, Y.; Takimoto, J. I.; Koyama, K.; Ianniruberto, G.; Marrucci, G.; Greco, F. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4387.
31. Tasaki, H.; Takimoto, J.; Doi, M. Comput. Phys. Commun. 2001, 142, 136.
32. Schieber, J. D.; Neergaard, J.; Gupta, S. J. Rheol. 2003, 47, 213.
33. Zimm, B. H. J. Chem. Phys. 1991, 94, 2187.
34. Zimm, B. H. Phys. Rev. Lett. 1988, 61, 2965.
35. Higgins, J. S.; Benoît, H. C. Polymer and Neutron Scattering; Clarendon Press: Oxford, 1994.
36. Milner, S. T.; McLeish, T. C. B.; Likhtman, A. E. J. Rheol. 2001, 45, 539.
37. Shanbhag, S.; Larson, R. G.; Takimoto, J.; Doi, M. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 195502.
38. Duke, T. A. J.; Semenov, A. N.; Viovy, J. L. Phys. Rev. Lett. 1992, 69, 3260.
39. Duke, T. A. J.; Viovy, J. L. J. Chem. Phys. 1992, 96, 8552.
40. Heller, C.; Duke, T.; Viovy, J. L. Biopolymers 1994, 34, 249.
41. Hutson, M. S.; Holzwarth, G.; Duke, T.; Viovy, J. L. Biopolymers 1995, 35, 297.
42. Schieber, J. D. J. Chem. Phys. 2003, 118, 5162.
43. Ermak, D.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1352.
44. Flory, P. J. Statistical Mechanics of Chain Molecules; John Wiley and Sons: New York, 1969.
45. Cohen, A. Rheol. Acta 1991, 30, 270.
46. Hur, J. S.; Shaqfeh, E. S. G.; Larson, R. G. J. Rheol. 2000, 44, 713.
47. Chasovskikh, V. V.; Frumin, L. L.; Peltek, S. E.; Zilberstein, G. V. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 2691.
48. Slater, G. W.; Drouin, G. Electrophoresis 1992, 13, 574.
49. Pluen, A.; Tinland, B.; Sturm, J.; Weill, G. Electrophoresis 1998, 19, 1548.
50. Semenov, A. N.; Duke, T. A. J.; Viovy, J. L. Phys. Rev. E 1995, 51, 1520.
51. Tinland, B.; Pernodet, N.; Weill, G. Electrophoresis 1996, 17, 1046.
52. Brahmasandra, S. N.; Burke, D. T.; Mastrangelo, C. H.; Burns, M. A. Electrophoresis 2001, 22, 1046.
53. Rubinstein, M.; Colby, R. H. J. Chem. Phys. 1988, 89, 5291.
54. Viovy, J. L.; Rubinstein, M.; Colby, R. H. Macromolecules 1991, 24, 3587.
55. Morse, D. C. Macromolecules 1998, 31, 7030.
56. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes in C: The Art of Scientific Computing; Cambridge University Press: Cambridge, 1992.