Analysis of the primary photocycle reactions occurring in the light, oxygen, and voltage blue-light receptor by multiconfigurational quantum-chemical methods

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 6, 2006, Pages 1565-1574

  Domratcheva, Tatiana ^a   Fedorov, Roman ^a,b   Schlichting, Ilme ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (Germany)

^b HANNOVER MEDICAL SCHOOL   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33846200481     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct0600114     Document Type: Article

References (42)

1. Christie, J. M.; Reymond, P.; Powell, G. K.; Bernasconi, P.; Raibekas, A. A.; Liscum, E.; Briggs, W. R. Science 1998, 282, 1698-1701.
2. Christie, J. M.; Salomon, M.; Nozue, K.; Wada, M; Briggs, W. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 8779-8783.
3. Christie, J. M.; Briggs, W. R. J. Biol. Chem. 2001, 276, 11457-11460.
4. Taylor, B. L.; Zhulin, I. B. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999, 63, 479-506.
5. Salomon, M.; Christie, J. M.; Knieb, E.; Lempert, U.; Briggs, W. R. Biochemistry 2000, 39, 9401-9410.
6. Salomon, M.; Eisenreich, W.; Durr, H.; Schleicher, E.; Knieb, E.; Massey, V.; Rudiger, W.; Muller, F.; Bacher, A.; Richter, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 12357-12361.
7. Kottke, T.; Heberle, J.; Hehn, D.; Dick, B.; Hegemann, P. Biophys. J. 2003, 84, 1192-1201.
8. Swartz, T. E.; Corchnoy, S. B.; Christie, J. M.; Lewis, J. W.; Szundi, L.; Briggs, W. R.; Bogomolni, R. A. J. Biol. Chem. 2001, 276, 36493-36500.
9. Song, P. S. Photochem. Photobiol. 1968, 7, 311.
10. Miura, R. Chem. Rec. 2001, 1, 183-194.
11. Drossler, P.; Holzer, W.; Penzkofer, A.; Hegemann, P. Chem. Phys. 2002, 252, 429-439.
12. Kowalczyk, R. M.; Schleicher, E.; Bittl, R.; Weber, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11393-11399.
13. Fedorov, R.; Schlichting, I.; Hartmann, E.; Domratcheva, T.; Fuhrmann, M.; Hegemann, P. Biophys. J. 2003, 84, 2474-2482.
14. Kennis, J. T.; Crosson, S.; Gauden, M.; van Stokkum, I. H.; Moffat, K.; van Grondelle, R. Biochemistry 2003, 42, 3385-3392.
15. Ataka, K.; Hegemann, P.; Heberle, J. Biophys. J. 2003, 84, 466-474.
16. Schleicher, E.; Kowalczyk, R. M.; Kay, C. W. M.; Hegemann, P.; Bacher, A.; Fischer, M.; Bittl, R.; Richter, G.; Weber, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11067-11076.
17. Kay, C. W.; Schleicher, E.; Kuppig, A.; Hofner, H.; Rudiger, W.; Schleicher, M.; Fischer, M.; Bacher, A.; Weber, S.; Richter, G. J. Biol. Chem. 2003, 278, 10973-10982.
18. Heelis, P. F.; Parsons, B. J.; Phillips, G. O.; McKellar, J. F. Photochem. Photobiol. 1979, 30, 343-347.
19. Bittl, R.; Kay, C. W.; Weber, S.; Hegemann, P. Biochemistry 2003, 42, 8506-8512.
20. Kottke, T.; Dick, B.; Fedorov, R.; Schlichting, I.; Deutzmann, R.; Hegemann, P. Biochemistry 2003, 42, 9854-9862.
21. Richter, G.; Weber, S.; Romisch, W.; Bacher, A.; Fischer, M.; Eisenreich, W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17245-17252.
22. Crosson, S.; Moffat, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2995-3000.
23. Crosson, S.; Moffat, K. Plant Cell 2002, 14, 1067-1075.
24. Neiss, C.; Saalfrank, P. Photochem. Photobiol. 2003, 77, 101-109.
25. Dittrich, M.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13006-13013.
26. Losi, A.; Kottke, T.; Hegemann, P. Biophys. J. 2004, 86, 1051-1060.
27. Pulay, P.; Fogarasi, G. J. Chem. Phys. 1992, 96, 2856-2860.
28. Schmidt, M. W.; Gordon, M. S. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 233-266.
29. Nakano, H. J. Chem. Phys. 1993, 99, 7983-7992.
30. Lowdin, P. O. Phys. Rev. 1955, 97, 1474-1489.
31. Mulliken, R. S. J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833-1840.
32. Granovsky, A. A. PC Gamess. http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index. html (accessed Mar 2004).
33. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
34. Flükiger, H. P.; Lüthi, S.; Portmann, J. MOLEKEL 4.2; Weber and Swiss Center for Scientific Computing: Manno, Switzerland, 2003.
35. Sikorska, E.; Khmelinskii, I. V.; Koput, J.; Sikorski, M. THEOCHEM 2004, 676, 155-160.
36. Sakai, M.; Takahashi, H. J. Mol. Struct. 1996, 379, 9-18.
37. Neiss, C.; Saalfrank, P.; Parac, M.; Grimme, S. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 140-147.
38. Sikorska, E.; Khmelinskii, I.; Komasa, A.; Koput, J.; Ferreira, L. F. V.; Herance, J. R.; Bourdelande, J. L.; Williams, S. L.; Worrall, D. R.; Insinska-Rak, M.; Sikorski, M. Chem. Phys. 2005, 314, 239-247.
39. Ghisla, S.; Massey, V.; Lhoste, J. M.; Mayhew, S. G. Biochemistry 1974, 13, 589-597.
40. Insinska-Rak, M.; Sikorska, E.; Herance, J. R.; Bourdelande, J. L.; Khmelinskii, I. V.; Kubicki, M.; Prukala, W.; Machado, I. F.; Komasa, A.; Ferreira, L. F. V.; Sikorski, M. Photochem. Photobiol. Sci. 2005, 4, 463-468.
41. Corchnoy, S. B.; Swartz, T. E.; Lewis, J. W.; Szundi, I.; Briggs, W. R.; Bogomolni, R. A. J. Biol. Chem. 2003, 278, 724-731.
42. Guo, H.; Kottke, T.; Hegemann, P.; Dick, B. Biophys. J. 2005, 89, 402-412.