Investigation of the influence of spacer arm on the structural evolution of affinity ligands supported on agarose

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 46, 2006, Pages 23564-23577

  Busini, Valentina ^a   Moiani, Davide ^a   Moscatelli, Davide ^a   Zamolo, Laura ^a   Cavallotti, Carlo ^a  

^a POLITECNICO DI MILANO   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPOSITION; COMPUTER SIMULATION; ETHERS; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE;

AGAROSE; CONFORMATIONAL CHANGE; GLYCAM FORCE FIELD; LIGANDS;

POLYSACCHARIDES;

EID: 33846053173     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0622278     Document Type: Article

References (36)

1. Van Emon, J. M.; Gerlach, C. L.; Bowman, K. J. Chromatogr. B 1998, 715, 211.
2. Leonard, M. J. Chromatogr. B 1997, 699, 3.
3. Tamura, T.; Terada, T.; Tanaka, A. Bioconjugate Chem. 2003, 14, 1222.
4. Zhang, X.; Wang, J. C.; Lacki, K. M.; Liapis, A. I. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 21028.
5. O'Carra, P.; Barry, S.; Griffin, T. FEBS Lett. 1974, 43, 169.
6. O'Flaherty, M.; McMahon, M.; Mulcahy, P. Protein Expr. Purif. 1999, 15, 127.
7. Massoulié, J.; Bon, S. Eur. J. Biochem. 1976, 68, 531.
8. McCourt, P. A. G.: Gustafson, S. Int. J. Biochem. Cell Biol. 1997, 29, 1179.
9. Lowe, C. R. Eur. J. Biochem. 1977, 73, 265.
10. DePhillips, P.; Lagerlund, I.; Farenmark, J.; Lenhoff, A. M. Anal. Chem. 2004, 76, 5816.
11. Berna, P. P.; Porath, J. J. Chromatogr. A 1996, 753, 57.
12. Liapis, A. I.; Grimes, B. A. J. Sep. Sci. 2005, 28, 1909.
13. Newcombe, A. R.; Cresswell, C.; Davies, S.; Watson, K.; Harris, G.; O'Donovan, K.; Francis, R. J. Chromatogr. B 2005, 814, 209.
14. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2001, 98, 10541.
15. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. F., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, H.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.: Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8, 8.0 ed.; University of California: San Francisco, 2004.
16. Basma, M.; Sundara, S.; Calgan, D.; Vernali, T.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1125.
17. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4150.
18. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
19. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
20. Arnott, S.; Fulmer, A.; Scott, W. E.; Dea, I. C. M.; Moorhouse, R.; Rees, D. A. J. Mol. Biol. 1974, 90, 269.
21. Ramzi, M.; Rochas, C.; Guenet, J. M. Macromolecules 1996, 29, 4668.
22. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
23. Jorgensen, W. L.; Chandraskhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Phys. Chem. 1983, 79, 926.
24. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
25. Hunenberger, P. H.; McCammon, J. A. Biophys. Chem. 1999, 78, 69.
26. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 320.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.: Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochtersk, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.01; Gaussian, Ine: Pittsburgh, PA, 2003.
28. Schaftenaar, G.; Noordik, J. H. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2000, 14, 123.
29. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
30. Bosco, M.; Segre, A.; Miertus, S.; Cesaro, A.; Paoletti, S. Carbohydr. Res. 2005, 340, 943.
31. Anderson, N. S.; Campbell, J. W.; Harding, M. M.; Rees, D. A.; Samuel, J. W. B. J. Mol. Biol. 1969, 45, 85.
32. Xiong, J. Y.; Narayanan, J.; Liu, X. Y.; Chong, T. K.; Chen, S. B.; Chung, T. S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5638.
33. Rochas, C.; Brulet, A.; Guenet, J. M. Macromolecules 1994, 27, 3830.
34. Kouwijzer, M.; Perez, S. Biopolymers 1998, 46, 11.
35. Ramzi, M.; Rochas, C.; Guenet, J. M. Macromolecules 1998, 31, 6106.
36. Cances, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3032.