Parameterization of AZT - A widely used nucleoside inhibitor of HIV-1 reverse transcriptase

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 107, Issue 2, 2007, Pages 292-298

  Carvalho, Alexandra T P ^a   Fernandes, Pedro A ^a   Ramos, Maria J ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

AZT; HIV 1; Molecular dynamics; Parameters

Indexed keywords

BIOMEDICAL ENGINEERING; IMMUNOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; PATIENT TREATMENT; POTENTIAL ENERGY; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

ACQUIRED IMMUNODEFICIENCY SYNDROME (AIDS); AZIDE GROUP; MOLECULAR MECHANICS (MM); NUCLEOSIDE REVERSE TRANSCRIPTASE INHIBITORS;

ENZYME INHIBITION;

EID: 33845967151     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.21192     Document Type: Conference Paper

References (25)

1. Telesnitsky, A.; Goff, S. P. In Retroviruses; Coffin, J. M.; Hughes, S. H.; Varmus, H. E., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 1997; p 121.
2. De Clercq, E. Nat Rev Drug Discov 2002, 1, 13.
3. Parniak, M. A.; Sluis-Cremer, N. Adv Pharmacol 2000, 48, 67.
4. Pauwels, R. Curr Opin Pharmacol 2004, 4, 437.
5. Balzarini, J. Curr Top Med Chem 2004, 4, 921.
6. Tronehet, J. M.; Seman, M. Curr Top Med Chem 2003, 3, 1496.
7. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L., III; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
8. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Revision B.04; Gaussian: Pittsburgh, PA, 2003.
9. Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Barone, V. J Chem Phys 2002, 117, 43.
10. Cammi, R.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J Phys Chem A 2000, 104, 5631.
11. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J Comp Chem 1984, 5, 129.
12. Besler, B. H.; Merz, K. H.; Kollman, P. A. J Comp Chem 1990, 11, 431.
13. Costa Cabrai, B. J.; Costa, M. L.; Almoster Ferreira, M. A. J Mol Struct (Theochem) 1993, 281, 185.
14. Costa Cabrai, B. J.; Costa, M. L. J Mol Struct (Theochem) 1995, 343, 31.
15. Winnewisser, B. P. J Mol Spectrosc 1980, 82, 220.
16. Lee, T. H.; Colton, R. J.; White, M. G.; Rabelais, J. W. J Am Chem Soc 1975, 97, 4845.
17. Anderson, D. W. W.; Rankin, D. W. H.; Robertson, A. J Mol Struct 1972, 14, 385.
18. Sklenak, S.; Gatial, A.; Bikupic, S. J Mol Struct (Theochem) 1997, 397, 249.
19. Dows, D. A.; Pimentel, G. C. J Chem Phys 1955, 23, 1258.
20. Levine, D. M.; Dows, D. A. J Chem Phys 1967, 46, 1168.
21. Nielsen, C. J.; Kosa, K.; Priebe, H.; Sjogren, C. E. Spectrochim Acta Part A 1988, 44, 409.
22. McQuaid, M. J.; Sun, H.; Rigby, D. J Comp Chem 2004, 25, 61.
23. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
24. Meagher, K. L.; Redman, L. T.; Carlson, H. A. J Comp Chem 2002, 24, 1016.
25. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J Comp Chem 2004, 25, 1157.