PIGOK: Linking protein identity to gene ontology and function

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 12, 2006, Pages 3429-3432

  Jacob, Richard J ^a,b   Cramer, Rainer ^c  

^a UNIVERSITY COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^b LUDWIG INSTITUTE FOR CANCER RESEARCH   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY OF READING   (United Kingdom)

Author keywords

Bioinformatics; Codon adaptation index; Data analysis; Database; Gene ontology; Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes; Mass spectrometry; Proteomics; Software

Indexed keywords

ARTICLE; BIOINFORMATICS; CODON; COMPUTER PROGRAM; DATA BASE; GENE FUNCTION; KYOTO ENCYCLOPEDIA OF GENE AND GENOME; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; OXIDATIVE STRESS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN INTERROGATION OF GENE ONTOLOGY AND KEGG DATABASE; PROTEOMICS; SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, GENETIC; INTERNET; OXIDATIVE STRESS; PROTEINS; PROTEOMICS; SCHIZOSACCHAROMYCES; SOFTWARE;

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE;

EID: 33845398969     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0601537     Document Type: Article

References (21)

1. Ogata, H.; Goto, S.; Sato, K.; Fujibuchi, W.; Bono, H.; Kanehisa, M. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 29-34.
2. Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G. Nat. Genet. 2000, 25, 25-29.
3. Wood, V.; Gwilliam, R.; Rajandream, M. A.; Lyne, M.; Lyne, R.; Stewart, A.; Sgouros, J.; Peat, N.; Hayles, J.; Baker, S.; Basham, D.; Bowman, S.; Brooks, K.; Brown, D.; Brown, S.; Chillingworth, T.; Churcher, C.; Collins, M.; Connor, R.; Cronin, A.; Davis, P.; Feltwell, T.; Fraser, A.; Gentles, S.; Goble, A.; Hamlin, N.; Harris, D.; Hidalgo, J.; Hodgson, G.; Holroyd, S.; Hornsby, T.; Howarth, S.; Huckle, E. J.; Hunt, S.; Jagels, K.; James, K.; Jones, L.; Jones, M.; Leather, S.; McDonald, S.; McLean, J.; Mooney, P.; Moule, S.; Mungall, K.; Murphy, L.; Niblett, D.; Odell, C.; Oliver, K.; O'Neil, S.; Pearson, D.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Rutherford, K.; Rutter, S.; Saunders, D.; Seeger, K.; Sharp, S.; Skelton, J.; Simmonds, M.; Squares, R.; Squares, S.; Stevens, K.; Taylor, K.; Taylor, R. G.; Tivey, A.; Walsh, S.; Warren, T.; Whitehead, S.; Woodward, J.; Volckaert, G.; Aert, R.; Robben, J.; Grymonprez, B.; Weltjens, L; Vanstreels, E.; Rieger, M.; Schafer, M.; Muller-Auer, S.; Gabel, C.; Fuchs, M.; Dusterhoft, A.; Fritzc, C.; Holzer, E.; Moestl, D.; Hubert, H.; Borzym, K.; Langer, I.; Beck, A.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; Pohl, T. M.; Eger, P.; Zimmermann, W.; Wedler, H.; Wambutt, R.; Purnelle, B.; Goffeau, A.; Cadieu, E.; Dreano, S.; Gloux, S.; Lelaure, V.; Mottier, S.; Galibert, F.; Aves, S. J.; Xiang, Z.; Hunt, C.; Moore, K.; Hurst, S. M.; Lucas, M.; Rochet, M.; Gaillardin, C.; Tallada, V. A.; Garzon, A.; Thode, G.; Daga, R. R.; Cruzado, L.; Jimenez, J.; Sanchez, M.; del Rey, F.; Benito, J.; Dominguez, A.; Revuelta, J. L.; Moreno, S.; Armstrong, J.; Forsburg, S. L.; Cerutti, L.; Lowe, T.; McCombie, W. R.; Paulsen, I.; Potashkin, I.; Shpakovski, G. V.; Ussery, D.; Barrell, B. G.; Nurse, P. Nature 2002, 415, 871-880.
4. Drysdale, R. A.; Crosby, M. A. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D390-395.
5. Diehn, M.; Sherlock, G.; Binkley, G.; Jin, H.; Matese, J. C.; Hernandez-Boussard, T.; Rees, C. A.; Cherry, J. M.; Botstein, D.; Brown, P. O.; Alizadeh, A. A. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 219-223.
6. Dennis, G., Jr.; Sherman, B. T.; Hosack, D. A.; Yang, J.; Gao, W.; Lane, H. C.; Lempicki, R. A. Genome Biol. 2003, 4, P3.
7. Kersey, P.; Bower, L.; Morris, L.; Horne, A.; Petryszak, R.; Kanz, C.; Kanapin, A.; Das, U.; Michoud, K.; Phan, I.; Gattiker, A.; Kulikova, T.; Faruque, N.; Duggan, K.; McLaren, P.; Reimholz, B.; Duret, L.; Penel, S.; Reuter, I.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D297-302.
8. Hao, P.; He, W. Z.; Huang, Y.; Ma, L. X.; Xu, Y.; Xi, H.; Wang, C.; Liu, B. S.; Wang, J. M.; Li, Y. X.; Zhong, Y. Bioinformatics 2005, 21, 2142-2143.
9. Grantham, R.; Gautier, C.; Gouy, M.; Mercier, R.; Pave, A. Nucleic Acids Res. 1980, 8, r49-r62.
10. Stajich, J. E.; Block, D.; Boulez, K.; Brenner, S. E.; Chervitz, S. A.; Dagdigian, C.; Fuellen, G.; Gilbert, J. G.; Korf, I.; Lapp, H.; Lehvaslaiho, H.; Matsalla, C.; Mungall, C. J.; Osborne, B. I.; Pocock, M. R.; Schattner, P.; Senger, M.; Stein, L. D.; Stupka, E.; Wilkinson, M. D.; Birney, E. Genome Res. 2002, 12, 1611-1618.
11. Rice, P.; Longden, I.; Bleasby, A. Trends Genet. 2000, 16, 276-277.
12. Biswas, M.; O'Rourke, J. F.; Camon, E.; Fraser, G.; Kanapin, A.; Karavidopoulou, Y.; Kersey, P.; Kriventseva, E.; Mittard, V.; Mulder, N.; Phan, I.; Servant, F.; Apweiler, R. Brief Bioinform. 2002, 3, 285-295.
13. Kersey, P. J.; Duarte, J.; Williams, A.; Karavidopoulou, Y.; Birney, E.; Apweiler, R. Proteomics 2004, 4, 1985-1988.
14. O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. Brief Bioinform. 2002, 3, 275-284.
15. Maglott, D.; Ostell, J.; Pruitt, K. D.; Tatusova, T. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D54-58.
16. Weeks, M. E.; Sinclair, J.; Jacob, R. J.; Saxton, M. J.; Kirby, S.; Jones, J.; Waterfield, M. D.; Cramer, R.; Timms, J. F. Proteomics 2005, 5, 1669-1685.
17. Unlu, M.; Morgan, M. E.; Minden, J. S. Electrophoresis 1997, 18, 2071-2077.
18. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
19. Gygi, S. P.; Corthals, G. L.; Zhang, Y.; Rochon, Y.; Aebersold, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9390-9395.
20. Salusjarvi, L.; Poutanen, M.; Pitkanen, J. P.; Koivistoinen, H.; Aristidou, A.; Kalkkinen, N.; Ruohonen, L.; Penttila, M. Yeast 2003, 20, 295-314.
21. Trabalzini, L.; Paffetti, A.; Scaloni, A.; Talamo, F.; Ferro, E.; Coratza, G.; Bovalini, L.; Lusini, P.; Martelli, P.; Santucci, A. Biochem. J. 2003, 370, 35-46.