Effects of solvent viscosity on conformational dynamics of heme-pocket in myoglobin and hemoglobin

Bulletin of the Korean Chemical Society

Volumn 27, Issue 11, 2006, Pages 1825-1831

  Kim, Seongheun ^a   Lim, Manho ^a  

^a Pusan National University   (South Korea)

Author keywords

Conformational dynamics; Heme pocket; Heme proteins; Time resolved IR spectroscopy; Trehalose

Indexed keywords

CONFORMATIONS; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR VIBRATIONS; PHOTODISSOCIATION; REACTION KINETICS; VISCOSITY;

CONFORMATIONAL DYNAMICS; HEME POCKET; HEME PROTEINS; TIME-RESOLVED IR SPECTROSCOPY; TREHALOSE;

PROTEINS;

EID: 33751379080     PISSN: 02532964     EISSN: 12295949     Source Type: Journal    
DOI: 10.5012/bkcs.2006.27.11.1825     Document Type: Article

References (50)

1. Ansari, A.; Berendzen, J.; Braunstein, D. K.; Cowen, B. R.; Frauenfelder, H.; Hong, M. K.; Iben, I. E. T.; Johnson, J. B.; Ormos, P. et al. Biophys. Chem. 1987, 26, 337-355.
2. Vitkup, D.; Ringel, D.; Petsko, G. A.; Karplus, M. Nature Struct. Biol. 2000, 7, 34-38.
3. Beece, D.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Good, D.; Marden, M. C.; Reinisch, L.; Reynolds, A. H.; Sorensen, L. B.; Yue, K. T. Biochem. 1980, 19, 5147-5157.
4. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12008-12021.
5. Gottfried, D. S.; Peterson, E. S.; Sheikh, A. G.; Wang, J.; Yang, M.; Friedman, J. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12034-12042.
6. Springer, B. A.; Sligar, S. G.; Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. Chem. Rev. 1994, 94, 699-714.
7. Dantsker, D.; Samuni, U.; Friedman, J. M.; Agmon, N. Biochim. Biophys. Acta, Proteins and Proteomics 2005, 1749, 234-251.
8. Quillin, M. L.; Arduini, R. M.; Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. J. Mol. Biol. 1993, 234, 140-155.
9. Barrick, D. Biochem. 1994, 33, 6546-6554.
10. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Prog. Nucl. Mag. Res. Spec. 1991, 23, 43-92.
11. Braunstein, D. P.; Chu, K.; Egeberg, K. D.; Frauenfelder, H.; Mourant, J. R.; Nienhaus, G. U.; Ormos, P.; Sligar, S. G.; Springer, B. A.; Young, R. D. Biophys. J. 1993, 65, 2447-2454.
12. Jackson, T. A.; Lim, M.; Anfinrud, P. A. Chem. Phys. 1994, 180, 131-140.
13. Janes, S. M.; Dalickas, G. A.; Eaton, W. A.; Hochstrasser, R. M. Biophys. J. 1988, 54, 545-549.
14. Oldfield, E.; Guo, K.; Augspurger, J. D.; Dykstra, C. E. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7537-7541.
15. Elber, R.; Karplus, M. Science 1987, 235, 318-321.
16. Perutz, M. F.; Mathews, F. S. J. Mol. Biol. 1966, 21, 199-202.
17. Takano, T. J. Mol. Biol. 1977, 110, 569-584.
18. Stryer, L. Biochemistry; San Francisco, 1988; Vol. 3.
19. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4355-4366.
20. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Science 1995, 269, 962-966.
21. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Nature Struct. Biol. 1997, 4, 209-214.
22. Ansari, A.; Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Science 1992, 256, 1796-1798.
23. McClain, B. L.; Finkelstein, I. J.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15702-15710.
24. Librizzi, F.; Viappiani, C.; Abbruzzetti, S.; Cordone, L. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1193-1200.
25. Green, J. L.; Angell, C. A. J. Phys. Chem. 1989, 93, 2880-2882.
26. Crowe, L. M.; Reid, D. S.; Crowe, J. H. Biophys. J. 1996, 71, 2087-2093.
27. Kim, S.; Heo, J.; Lim, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2005, 26, 151-156.
28. Kim, S.; Jin, G.; Lim, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20366-20375.
29. Park, J.; Kim, S.; Lim, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2005, 26, 995-997.
30. Lim, M.; Wolford, M. F.; Hamm, P.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1998, 290, 355-362.
31. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123-6138.
32. Hamm, P.; Kaindl, R. A.; Stenger, J. Opt. Lett. 2000, 25, 1798-1800.
33. Lim, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2002, 23, 865-871.
34. Venyaminov, S. Y.; Prendergast, F. G. Anal. Biochem. 1997, 248, 234-245.
35. Lian, T.; Locke, B.; Kholodenko, Y.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11648-11656.
36. Li, P.; Champion, P. M. Biophys. J. 1994, 66, 430-436.
37. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12043-12051.
38. Lingle, R., Jr.; Xu, X.; Zhu, H.; Yu, S. C.; Hopkins, J. B. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9320-9331.
39. Lingle, R., Jr.; Xu, X.; Zhu, H.; Yu, S. C.; Hopkins, J. B.; Straub, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 3992-3994.
40. Sagnella, D. E.; Straub, J. E.; Jackson, T. A.; Lim, M.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14324-14329.
41. Alben, J. O.; Beece, D.; Bowne, S. F.; Doster, W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Good, D.; McDonald, J. D.; Marden, M. C. et al. Proc. Nat. Acad. Sci. 1982, 79, 3744-3748.
42. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7946-7957.
43. Kim, S.; Lim, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5786-5787.
44. Anfinrud, P. A.; Han, C.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8387-8391.
45. Petrich, J. W.; Poyart, C.; Martin, J. L. Biochem. 1988, 27, 4049-4060.
46. Kim, S.; Heo, J.; Lim, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2810-2811.
47. Henry, E. R.; Sommer, J. H.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Mol. Biol. 1983, 166, 443-451.
48. Anfinrud, P. A.; Lim, M.; Jackson, T. A. Proc. of SPIE- Internat. Soc. Opt. Eng. 1994, 2138, 107-115.
49. Kuczera, K.; Lambry, J. C.; Martin, J. L.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5805-5807.
50. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5801-5804.