Conformational dynamics of heme pocket in myoglobin and hemoglobin

Bulletin of the Korean Chemical Society

Volumn 26, Issue 1, 2005, Pages 151-156

  Kim, Seongheun ^a   Heo, Jeonghee ^a   Lim, Manho ^a  

^a Pusan National University   (South Korea)

Author keywords

Conformational dynamics; Heme pocket; Hemoglobin; Myoglobin; Time resolved IR spectroscopy

Indexed keywords

CARBON MONOXIDE; DEUTERIUM OXIDE; HEME; HEMOGLOBIN; LIGAND; MYOGLOBIN;

ABSORPTION SPECTROSCOPY; ARTICLE; BINDING AFFINITY; BINDING SITE; CONFORMATIONAL TRANSITION; ELECTRIC FIELD; ENERGY; INFRARED SPECTROSCOPY; LIGAND BINDING; MOLECULAR DYNAMICS; PARAMETER; PHOTOLYSIS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN MODIFICATION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; SPECTRUM; STRUCTURE ANALYSIS; TEMPERATURE DEPENDENCE; VIBRATION;

EID: 14544296569     PISSN: 02532964     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.5012/bkcs.2005.26.1.151     Document Type: Article

References (52)

1. Springer, B. A.; Sligar, S. G.; Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. Chem. Rev. 1994, 94, 699.
2. Perutz, M. F.; Mathews, F. S. J. Mol. Biol. 1966, 21, 199.
3. Takano, T. J. Mol. Biol. 1977, 110, 569.
4. Stryer, L. Biochemistry; W. H. Freeman and Co.: San Francisco, 1988; Vol. 3rd.
5. Swiss-Prot Protein Database; National Center of Biotechnology Information: Bethesda, 1994.
6. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4355.
7. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Science 1995, 269, 962.
8. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Nature Struct. Biol. 1997, 4, 209.
9. Luisi, B.; Liddington, B.; Fermi, G.; Shibayama, N. J. Mol. Biol. 1990, 214, 7.
10. Phillips, S. E. V. J. Mol. Biol. 1980, 142, 531.
11. Shaanan, B. J. Mol. Biol. 1983, 171, 31.
12. Agmon, N.; Hopfield, J. J. J. Chem. Phys. 1983, 79, 2042.
13. Kuczera, K.; Lambry, J. C.; Martin, J. L.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5805.
14. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5801.
15. Petrich, J. W.; Lambry, J. C.; Kuczera, K.; Karplus, M.; Poyart, C.; Martin, J. L. Biochemistry 1991, 30, 3975.
16. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12008.
17. Steinbach, P. J.; Ansari, A.; Berendzen, J.; Braunstein, D.; Chu, K.; Cowen, B. R.; Ehrenstein, D.; Frauenfelder, H.; Johnson, J. B. et al. Biochemistry 1991, 30, 3988.
18. Tian, W. D.; Sage, J. T.; Srajer, V.; Champion, P. M. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 408.
19. Deak, J.; Chiu, H.; Lewis, C. M.; Miller, R. J. D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6621.
20. Genberg, L.; Richard, L.; McLendon, G.; Miller, R. J. D. Science 1991, 251, 1051.
21. Findsen, E. W.; Scott, T. W.; Chance, M. R.; Friedman, J. M.; Ondrias, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3355.
22. Causgrove, T. P.; Dyer, R. B. Biochemistry 1993, 32, 11985.
23. Causgrove, T. P.; Dyer, R. B. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3273.
24. Kim, S.; Jin, G.; Lim, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2003, 24, 1470.
25. Brunori, M.; Vallone, B.; Cutruzzola, F.; Travaglini-Allocatelli, C.; Berendzen, J.; Chu, K.; Sweet, R. M.; Schlichting, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 2058.
26. Chu, K.; Vojtchovsky, J.; McMahon, B. H.; Sweet, R. M.; Berendzen, J.; Schlichting, I. Nature 2000, 403, 921.
27. Schott, F.; Lim, M.; Jackson, T. A.; Smirnov, A.; Soman, J.; Olson, J. S.; George, N.; Phillips, J.; Wulff, M.; Anfinrud, P. A. Science 2003, 300, 1944.
28. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7946.
29. Anfinrud, P. A.; Lim, M.; Jackson, T. A. Proc. SPIE-Int. Soc. Opt. Eng. (Longer Wavelength Lasers and Applications) 1994, 2138, 107.
30. Kim, S.; Jin, G.; Lim, M. J. Phys. Chem. B 2005, ASAP.
31. Lim, M.; Wolford, M. F.; Hamm, P.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1998, 290, 355.
32. Hamm, P.; Lim, L.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
33. Hamm, P.; Kaindl, R. A.; Stenger, J. Opt. Lett. 2000, 25, 1798.
34. Lim, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2002, 23, 865.
35. Alben, J. O.; Beece, D.; Bowne, S. F.; Doster, W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Good, D.; McDonald, J. D.; Marden, M. C.; Mo, P. P.; Reinisch, L.; Reynolds, A. H.; Shyamsunder, E.; Yue, K. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 3744.
36. Anfinrud, P. A.; Han, C.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8387.
37. Petrich, J. W.; Poyart, C.; Martin, J. L. Biochemistry 1988, 27, 4049.
38. Henry, E. R.; Sommer, J. H.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Mol. Biol. 1983, 166, 443.
39. Lian, T.; Locke, B.; Kholodenko, Y.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11648.
40. Venyaminov, S. Y.; Prendergast, F. G. Anal. Biochem. 1997, 248, 234.
41. Li, P.; Champion, P. M. Biophys. J. 1994, 66, 430.
42. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12043.
43. Lingle, R., Jr.; Xu, X.; Zhu, H.; Yu, S. C.; Hopkins, J. B. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9320.
44. Lingle, R., Jr.; Xu, X.; Zhu, H.; Yu, S. C.; Hopkins, J. B.; Straub, K. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 3992.
45. Brooks, C. L., III; Karplus, M.; Pettitt, B. M. Proteins: a Theoretical Perspective of Dynamics, Structure and Thermodynamics; John Wiley & Sons: New York, 1988.
46. Jackson, T. A.; Lim, M.; Anfinrud, P. A. Chem. Phys. 1994, 180, 131.
47. Ansari, A.; Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Biochemistry 1994, 33, 5128.
48. Murray, L. P.; Hofrichter, J.; Henry, E. R.; Eaton, W. A. Biophy. Chem. 1988, 29, 63.
49. Meuwly, M.; Becker, O. M.; Stote, R.; Karplus, M. Biophys. Chem. 2002, 98, 183.
50. McMahon, M. T.; deDios, A. C.; Godbout, N.; Salzmann, R.; Laws, D. D.; Le, H.; Havlin, R. H.; Oldfield, E. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4784.
51. Rudolph, S. A.; Boyle, S. O.; Dresden, C. F.; Gill, S. J. Biochemistry 1972, 11, 1098.
52. Srajer, V.; Champion, P. M. Biochemistry 1991, 30, 7390.