Substrate mimicry in an activity-based probe that targets the nitrilase family of enzymes

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 45, Issue 44, 2006, Pages 7408-7411

  Barglow, Katherine T ^a   Cravatt, Benjamin F ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

Amino acids; Biological activity; Nitrilases; Proteomics; Screening

Indexed keywords

AMINO ACIDS; REACTION KINETICS; SCREENING; SUBSTRATES;

BIOLOGICAL ACTIVITY; NITRILASES; PROTEOMICS; SUBSTRATE MIMICRY;

ENZYMES;

ACETAMIDE DERIVATIVE; CHLOROACETAMIDE; HYDROLASE; NITRILASE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENZYME SPECIFICITY; METABOLISM; METHODOLOGY; PROTEOMICS; STAINING;

ACETAMIDES; AMINO ACID SEQUENCE; AMINOHYDROLASES; BINDING SITES; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEOMICS; STAINING AND LABELING; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 33751248759     PISSN: 14337851     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.200603187     Document Type: Article

References (21)

1. P. C. Babbitt, Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 230.
2. A. Saghatelian, B. F. Cravatt, Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 130.
3. Y. Liu, M. P. Patricelli, B. F. Cravatt, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 14 694.
4. A. E. Speers, B. F. Cravatt, ChemBioChem 2004, 5, 41.
5. A. B. Berger, P. M. Vitorino, M. Bogyo, Am. J. Pharmacogenomics 2004, 4, 371.
6. N. Jessani, Y. Liu, M. Humphrey, B. F. Cravatt, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 10 335.
7. N. Jessani, M. Humphrey, W. H. McDonald, S. Niessen, K. Masuda, B. Gangadharan, J. R. Yates, 3rd, B. M. Mueller, B. F. Cravatt, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 13 756.
8. J. A. Joyce, A. Baruch, K. Chehade, N. Meyer-Morse, E. Giraudo, F. Y. Tsai, D. C. Greenbaum, J. H. Hager, M. Bogyo, D. Hanahan, Cancer Cell 2004, 5, 443.
9. D. C. Greenbaum, A. Baruch, M. Grainger, Z. Bozdech, K. F. Medzihradszky, J. Engel, J. DeRisi, A. A. Holder, M. Bogyo, Science 2002, 298, 2002.
10. K. T. Barglow, B. F. Cravatt, Chem. Biol. 2004, 11, 1523.
11. P. Bork, E. V. Koonin, Protein Sci. 1994, 3, 1344.
12. C. Brenner, Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 775.
13. A. B. van Kuilenburg, R. Meinsma, E. Beke, B. Assmann, A. Ribes, I. Lorente, R. Busch, E. Mayatepek, N. G. Abeling, A. van Cruchten, A. E. Stroomer, H. van Lenthe, L. Zoetekouw, W. Kulik, G. F. Hoffmann, T. Voit, R. A. Wevers, F. Rutsch, A. H. van Gennip, Hum. Mol. Genet. 2004, 13, 2793.
14. D. Leung, C. Hardouin, D. L. Boger, B. F. Cravatt, Nat. Biotechnol. 2003, 21, 687.
15. A. E. Speers, G. C. Adam, B. F. Cravatt, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4686.
16. A. E. Speers, B. F. Cravatt, Chem. Biol. 2004, 11, 535.
17. N. Jessani, S. Niessen, B. Q. Wei, M. Nicolau, M. Humphrey, Y. Ji, W. Han, D. Y. Noh, J. R. Yates III, S. S. Jeffrey, B. F. Cravatt, Nat. Methods 2005, 2, 691.
18. S. Semba, S. Y. Han, H. R. Qin, K. A. McCorkell, D. Iliopoulos, Y. Pekarsky, T. Druck, F. Trapasso, C. M. Croce, K. Huebner, J. Biol. Chem. 2006, 281, 28244.
19. D. Kato, K. M. Boatright, A. B. Berger, T. Nazif, G. Blum, C. Ryan, K. Chehade, G. S. Salvensen, M. Bogyo, Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 33.
20. G. C. Adam, J. J. Burbaum, J. W. Kozarich, M. P. Patricelli, B. F. Cravatt, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1363.
21. E. S. Okerberg, J. Wu, B. Zhang, B. Samii, K. Blackford, D. T. Winn, K. R. Shreder, J. J. Burbaum, M. P. Patricelli, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 4996.