Free energy analysis of CDK2-inhibitor interaction

Acta Chimica Sinica

Volumn 62, Issue 18, 2004, Pages 1751-1754

  Jiang, Yong Jun ^a   Zeng, Min ^a   Zhou, Xian Bo ^a   Zou, Jian Wei ^a   Yu, Qing Sen ^a  

^a ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Binding free energy; CDK2; Inhibitor; MM PBSA GBSA; Molecular dynamics

Indexed keywords

EID: 33750455500     PISSN: 05677351     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (29)

1. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395.
2. Aqvist, J.; Medina, C.; Samuelesson, J. E. Protein Eng. 1994, 7, 385.
3. Aqvist, J.; Luzhkov, V. B.; Brandsdal, B. O. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 358.
4. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401.
5. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889.
6. Wang, W.; Donini, O.; Reyes, C.; Kollman, P. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 211.
7. Hunter, T.; Pines, J. Cell 1994, 79, 573.
8. Sherr, C. Science 1996, 274, 1672.
9. Lees, J. A.; Weinberg, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 422.
10. Knockaert, M.; Greengard, P.; Meijer, L. Trends Pharmacol. Sci. 2002, 23, 417.
11. Garrett, M. D.; Fattaey, A. Curr. Opin. Genet. Dev. 1999, 9, 104.
12. Sielecki, T. M.; Boylan, J. F.; Beneld, P. A.; Trainor, G. J. Med. Chem. 2000, 43, 1.
13. Fischer, P. M.; Gianella-Borradori, A. Expert. Opin. Investig. Drugs. 2003, 12, 955.
14. Meijer, L.; Raymond, E. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 417.
15. Clough, J. Drug. Discovery Today 2002, 7, 789.
16. Huwe, A.; Maatschek, R.; Giannis, A. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 2122.
17. Toogood, P. L. Med. Res. Rev. 2001, 21, 487.
18. Hardcastle, I. R.; Golding, B. T.; Griffin, R. J. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2002, 42, 325.
19. Davies, T. G.; Bentley, J.; Arris, C. E.; Boyle, F. T.; Curtin, N. J.; Endicott, J. A.; Gibson, A. E.; Golding, B. T.; Griffin, R. J.; Hardcastle, I. R.; Jewsbury, P.; Johnson, L. N.; Mesguiche, V.; Newell, D. R.; Noble, M.; Tucker, J. A.; Wang, L.; Whitfield, H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 745.
20. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E.; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C.; Darden, T.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R.; Duan, Y.; Pitera, J.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. AMBER, Version 7, University of California, San Francisco, 2002.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
22. Sharp, K. A.; Honig, B. Annu. Rev. Biophys. Chem. 1990, 19, 301.
23. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978.
24. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
25. Tsui, V.; Case, D. V. Biopolymers 2001, 56, 275.
26. Kottalam, J.; Case, D. A. Biopolymers 1990, 29, 1409.
27. Chong, L. T.; Duan, Y.; Wang, L.; Massova, I.; Kollman, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14330.
28. Novotny, J.; Bruccoleri, R. E.; Davis, M.; Sharp, K. A. J. Mol. Biol. 1997, 268, 401.
29. Sharp, K. A. Biophys. Chem. 1996, 61, 37.