Charge transfer in polypeptides: Effect of secondary structures on charge-transfer integral and site energies

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 40, 2006, Pages 11551-11556

  Santhanamoorthi, N ^a   Kolandaivel, P ^a   Senthilkumar, K ^b  

^a BHARATHIAR UNIVERSITY   (India)

^b UNIVERSITY OF BRISTOL   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CHARGE TRANSFER; HAMILTONIANS; QUANTUM THEORY; STRUCTURE (COMPOSITION);

GLYCINE POLYPEPTIDE; KOHN SHAM HAMILTONIAN; OLIGOPEPTIDES; SECONDARY STRUCTURES;

POLYPEPTIDES;

GLYCINE; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ELECTRON; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

ELECTRONS; GLYCINE; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 33750310539     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp063069n     Document Type: Article

References (45)

1. Gray, H. B.; Winkler, J. R. Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 341.
2. Sheu, S.-Y.; Yang, D.-Y.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 557.
3. Schlag, E. W.; Sheu, S.-Y.; Yang, D.-Y.: Selzle, H. L.; Lin, S. H. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7790.
4. Sheu, S.-Y.; Yang, D.-Y.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9390.
5. Lehr, L. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8074.
6. Sheu, S.-Y.; Schlag, E. W.; Yang, D.-Y.; Selzle, H. L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 6353.
7. Kulhanek, P.; Schlag, E. W.; Koca, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13678.
8. Schlag, E. W.; Sheu, S.-Y.; Yang, D.-Y.; Selzle, H. L.; Lin, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 1068.
9. Winkler, J. R.; Gray, H. B. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 399.
10. Mayo, S. L.; Ellis, W. R. J.; Crutchley, R. J.; Gray, H. B. Science 1986, 233, 948.
11. Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Science 1992, 258, 1740.
12. Remacle, F.; Ratner, M. A.; Levine, R. D. Chem. Phys. Lett. 1998, 25, 285.
13. Jones, G., II; Lu, L. N.; Fu, H.; Farahat, C. W.; Oh, C.; Greenfield, S. R.; Gosztola, D. J.; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 572.
14. Prutz, W. A.; Land, E. J. Int. J. Radiat. Biol. 1979, 36, 513.
15. Improta, R.; Antonello, S.; Formaggio, F.; Maran, F.; Rega, N.; Barone, V. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1023.
16. Prytkova, T. R.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1618.
17. Ramachandran, G. N.; Sasisekharan, V. Adv. Protein Chem. 1968, 23, 283.
18. Senthilkumar, K.; Grozema, F. C.; Bickelhaupt, F. M.; Siebbeles, L. D. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 9809.
19. Senthilkumar, K.; Grozema, F. C.; Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Lewis, F. D.; Berlin, Y. A.; Ratner, M. A.; Siebbeles, L. D. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14894.
20. Stuchebrukhov, A. A. Theor. Chem. Acc. 2003, 110, 291.
21. Newton, M. D. Chem. Rev. 1991, 91, 767.
22. van Eijck, L.; Senthilkumar, K.; Siebbeles, L. D. A.; Kearley, G. J. Physica B 2004, 350, 220.
23. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta Rev. Bioenerg. 1985, 811, 265.
24. Mikkelsen, K. V.; Ratner, M. A. Chem. Rev. 1987, 87, 113.
25. Bixon, M.; Jortner, J. Chem. Phys. 2002, 281, 393.
26. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.: Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
27. Csaszar, A. G.; Perczel, A. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1999, 71, 243.
28. Silinsh, E. A. Organic molecular crystals; Springer-Verlag: Berlin, 1980.
29. te Velde, G.; Bickelhaupt, F. M.; Baerends, E. J.; Fonseca Guerra, C.; van Gisbergen, S. J. A.; Snijders, J. G.; Ziegler, T. J. Comput. Chem. 2001, 22, 931.
30. Tavernier, H. L.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11541.
31. Dreuw, A.; Head-Gordon, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4007.
32. Chong, D. P.; Gritsenko, O. V.; Baerends, E. J. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1760.
33. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
34. Perdew, J. P. Phys. Rev. B 1986, 33, 8822.
35. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200.
36. Senthilkumar, K.; Grozema, F. C.; Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Siebbeles, L. D. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13658.
37. Snijders, J. G.; Vernooijs, P.; Baerends, E. J. At. Data Nucl. Data Tables 1981, 26, 483.
38. Chothia, C. Annu. Rev. Biochem. 1984, 53, 537.
39. Hoi, W. G. J.; van Duijnen, P. T.; Berendsen, H. J. C. Nature 1978, 273, 443.
40. Hol, W. G. J. Adv. Biophys. 1985, 19, 133.
41. MORPHY98, a program written by P. L. A. Popelier with a contribution from R. G. A. Bone; UMIST: Manchester, U.K., 1998.
42. Improta, R.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2541.
43. Wu, Q.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2002, 116, 515.
44. Improta, R.; Barone, V.; Kudin, K.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2541.
45. Baranov, L. Ya; Schlag, E. W. Z. Naturforsch., A: Phys. Sci. 1999, 54, 387.