Automated target preparation for microarray-based gene expression analysis

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 18, 2006, Pages 6299-6305

  Raymond, Frédéric ^a   Metairon, Sylviane ^a   Borner, Roland ^b   Hofmann, Markus ^b   Kussmann, Martin ^a  

^a NESTLÉ RESEARCH CENTER   (Switzerland)

^b Hamilton Bonaduz AG   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GENE EXPRESSION ANALYSIS; LIQUID HANDLING SYSTEM; MICROARRAYS; THERMOCYCLERS;

ARRAYS; AUTOMATION; DATA PROCESSING; DNA; GENES; RNA; STANDARDIZATION; THERMAL CYCLING;

GENETIC ENGINEERING;

BIOTIN; COMPLEMENTARY DNA; COMPLEMENTARY RNA; DNA; NUCLEIC ACID; RNA;

ANALYZER; ARTICLE; AUTOMATION; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; DNA MICROARRAY; GENE EXPRESSION; LABORATORY; MICROARRAY ANALYSIS; MICROFLUIDIC ANALYSIS; NUCLEIC ACID ANALYSIS; QUALITY CONTROL; RNA HYBRIDIZATION; ROBOTICS;

ANIMALS; DOGS; GENE EXPRESSION PROFILING; MICE; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; RNA, COMPLEMENTARY;

EID: 33748806064     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac060097t     Document Type: Article

References (17)

1. Affolter, M.; Bergonzelli, G. E.; Fay, L. B.; Garcia-Rodenas, C.; Lopes, L. V.; Marvin-Guy, L.; Mutch, D. M.; Panchaud, A.; Raymond, F.; Schumann, A.; Williamson, G.; Kussmann, M. J. Biotechnol. 2005, 118, S136-7.
2. Allain, L. R.; Askari, M.; Stokes, D. L.; Vo-Dinh, T. Fresenius J. Anal. Chem. 2001, 371, 146-50.
3. Woo, Y.; Affourtit, J.; Daigle, S.; Viale, A.; Johnson, K.; Naggert, J.; Churchill, G. J. Biomol. Technol. 2004, 15, 276-84.
4. Jarvinen, A. K.; Hautaniemi, S.; Edgren, H.; Auvinen, P.; Saarela, J.; Kallioniemi, O. P.; Monni, O. Genomics 2004, 83, 1164-8.
5. Nimgaonkar, A.; Sanoudou, D.; Butte, A. J.; Haslett, J. N.; Kunkel, L. M.; Beggs, A. H.; Kohane, I. S. BMC. Bioinformatics 2003, 4, 27.
6. Reid, L.; Jones, W.; McPhail, S. J. Clin. Oncol. 2005, 23, 3120 (Meeting Abstracts).
7. Shippy, R.; Sendera, T. J.; Lockner, R.; Palaniappan, C.; Kaysser-Kranich, T.; Watts, G.; Alsobrook, J. Bmc Genomics 2004, 5.
8. Bammler, T.; Beyer, R. P.; Bhattacharya, S.; Boorman, G. A.; Boyles, A.; Bradford, B. U.; Bumgarner, R. E.; Bushel, P. R.; Chaturvedi, K.; Choi, D.; Cunningham, M. L.; Deng, S.; Dressman, H. K.; Fannin, R. D.; Farin, F. M.; Freedman, J. H.; Fry, R. C.; Harper, A.; Humble, M. C.; Hurban, P.; Kavanagh, T. J.; Kaufmann, W. K.; Kerr, K. F.; Jing, L.; Lapidus, J. A.; Lasarev, M. R.; Li, J.; Li, Y. J.; Lobenhofer, E. K.; Lu, X.; Malek, R. L.; Milton, S.; Nagalla, S. R.; O'malley, J. P.; Palmer, V. S.; Pattee, P.; Paules, R. S.; Perou, C. M.; Phillips, K.; Qin, L. X.; Qiu, Y.; Quigley, S. D.; Rodland, M.; Rusyn, I.; Samson, L. D.; Schwartz, D. A.; Shi, Y.; Shin, J. L.; Sieber, S. O.; Slifer, S.; Speer, M. C.; Spencer, P. S.; Sproles, D. I.; Swenberg, J. A.; Suk, W. A.; Sullivan, R. C.; Tian, R.; Tennant, R. W.; Todd, S. A.; Tucker, C. J.; Van Houten, B.; Weis, B. K.; Xuan, S.; Zarbl, H. Nat. Methods 2005, 2, 351-6.
9. Brazma, A.; Hingamp, P.; Quackenbush, J.; Sherlock, G.; Spellman, P.; Stoeckert, C.; Aach, J.; Ansorge, W.; Ball, C. A.; Causton, H. C.; Gaasterland, T.; Glenisson, P.; Holstege, F. C.; Kim, I. F.; Markowitz, V.; Matese, J. C.; Parkinson, H.; Robinson, A.; Sarkans, U.; Schulze-Kremer, S.; Stewart, J.; Taylor, R.; Vilo, J.; Vingron, M. Nat. Genet. 2001, 29, 365-71.
10. Kussmann, M.; Raymond, F.; Affolter, M. J. Biotechnol. In press.
11. McGall, G. H.; Fidanza, J. A. Methods Mol. Biol. 2001, 170, 71-101.
12. Dorris, D. R.; Ramakrishnan, R.; Trakas, D.; Dudzik, F.; Belval, R.; Zhao, C.; Nguyen, A.; Domanus, M.; Mazumder, A. Genome Res. 2002, 12, 976-84.
13. Van Gelder, R. N.; von Zastrow, M. E.; Yool, A.; Dement, W. C.; Barchas, J. D.; Eberwine, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990, 87, 1663-7.
14. Jones, L. J.; Yue, S. T.; Cheung, C. Y.; Singer, V. L. Anal. Biochem. 1998, 265, 368-74.
15. Mueller, O.; Hahnenberger, K.; Dittmann, M.; Yee, H.; Dubrow, R.; Nagle, R; Ilsley, D. Electrophoresis 2000, 21, 128-34.
16. Holzwarth, J. A.; Middleton, R. P.; Roberts, M.; Mansourian, R.; Raymond, F.; Hannah, S. S. J. Hered. In press.
17. Irizarry, R. A.; Hobbs, B.; Collin, F.; Beazer-Barclay, Y. D.; Antonellis, K. J.; Scherf, U.; Speed, T. P. Biostatistics 2003, 4, 249-64.