An experimentalist's reply to "what is an atom in a molecule?"

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 19, 2006, Pages 6365-6371

  Matta, Chérif F ^a   Bader, Richard F W ^b  

^a DALHOUSIE UNIVERSITY   (Canada)

^b MCMASTER UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULES;

EXPERIMENTAL CHEMISTRY;

ATOMS;

EID: 33745444250     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp060761     Document Type: Review

References (107)

1. Parr, R. G.; Ayers, P. W.; Nalewajski, R. F. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3957-3959.
2. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules: A Quantum Theory, Oxford University Press: Oxford, U.K., 1990.
3. Bethe, H. New York Times Obituary, March 18, 2005.
4. Bader, R. F. W. Monatsh Chem 2005, 136, 819-854.
5. Bader, R. F. W.; Nguyen-Dang, T. T. Adv. Quantum Chem. 1981, 14, 63-124.
6. Bader, R. F. W.; Nguyen-Dang, T. T.; Tal, Y. Rep. Prog. Phys. 1981, 44, 893-948.
7. Fradera, X.; Austen, M. A.; Bader, R. F. W. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 304-314.
8. Bader, R. F. W.; MacDougall, P. J.; Lau, C. D. H. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 1594-1605.
9. Prosen, E. J.; Johnson, W. H.; Rossini, F. D. J. Res. Nat. Bur. Stand. 1946, 57, 51.
10. Benson, S. W.; Buss, J. H. J. Chem. Phys. 1958, 29, 546-572.
11. Benson, S. W.; Cruickshank, F. R.; Golden, D. M.; Haugen, G. R.; O'Neal, H. E.; Rodgers, A. S.; Shaw, R.; Walsh, R. Chem. Rev. 1969, 69, 279-324.
12. Cohen, N.; Benson, S. W. Chem. Rev. 1993, 93, 2419-2438.
13. Cohen, N.; Benson, S. W. In The Chemistry of Alkanes and Cycloalkanes; Patai, S., Rappoport, Z., Eds.; John Wiley: New York, 1992; Chapter 6, pp 215-287.
14. Baeyer, A. v. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 1885, 18, 2278.
15. Pascal, P. Ann. Chim. Phys. 1910, 19, 5.
16. Le Fevre, R. J. W. Adv. Phys. Org. Chem. 1965, 3, 1.
17. Keith, T. A.; Bader, R. F. W. J. Chem. Phys. 1993, 99, 3669-3682.
18. Bader, R. F. W.; Keith, T. A. J. Chem. Phys. 1993, 99, 3683-3693.
19. Bellamy, L. J. The Infra-Red Spectra of Complex Molecules; John Wiley and Sons: New York, 1958.
20. Person, W. B.; Newton, J. H. J. Chem. Phys. 1974, 61, 1040.
21. de Oliveira, A. E.; Guadagnini, P. H.; Haiduke, R. L. A.; Bruns, R. E. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4918-4924.
22. Bader, R. F. W. J. Chem. Phys. 1980, 73, 2871-2883.
23. Coppens, P. X-ray Charge Densities and Chemical Bonding; Oxford University Press: New York, 1997.
24. Bader, R. F. W. Phys. Rev. B 2000, 61, 7795-7802.
25. Schwinger, J. Phys. Rev. 1951, 82, 914-927.
26. Bader, R. F. W. Phys. Rev. B 1994, 49, 13348-13356.
27. Hirshfeld, F. L. Theor. Chim. Acta 1977, 44, 129.
28. Bader, R. F. W.; Popelier, P. L. A.; Keith, T. A. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 620-631.
29. Bader, R. F. W. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R., Ed.; John Wley and Sons: Chichester, U.K., 1998; Vol. 1, pp 64-86.
30. Bader, R. F. W. Can. J. Chem. 1999, 77, 86-93.
31. Martin, R. M. Phys. Rev. B 1974, 9, 1998-1999.
32. Bader, R. F. W. Mol. Phys. 2002, 100, 3333-3344.
33. Gatti, C.; Saunders: V. R.; Roetti, C. J. Chem. Phys. 1994, 101, 10686-10696.
34. Gatti, C.; Silvi, B.; Colonna, F. Chem. Phys. Lett. 1995, 247, 135-141.
35. Volkov, A.; Gatti, C.; Abramov, Y.; Coppens, P. Acta Crystallogr. 2000, A56, 252-258.
36. Wiberg, K. B.; Bader, R. F. W.; Lau, C. D. H. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 1001-1012.
37. Bader, R. F. W.; Bayles, D. J. Phys. Chem. A. 2000, 104, 5579-5589.
38. Cortés-Guzmán, F.; Bader, R. F. W. Chem. Phys. Lett. 2003, 379, 183-192.
39. Cortés-Guzmán, F.; Bader, R. F. W. J. Phys. Org. Chem. 2004, 17, 95-99.
40. Bader, R. F. W.; Gough, K. M.; Laidig, K. E.; Keith, T. A. Mol. Phys. 1992, 75, 1167-1189.
41. Bader, R. F. W.; Martín, F. J. Can. J. Chem. 1998, 76, 284-291.
42. Bader, R. F. W.; Carroll, M. T.; Cheeseman, J. R.; Chang, C. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7968-7979.
43. Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1984, 5, 197.
44. Fliszar, S. Charge Distributions and Chemical Effects; Springer-Verlag: Berlin, 1983.
45. Pascal, P.; Gallais, F.; Labarre, J.-F. Compt. Rend. Acad. Sci. 1961, 252, 2644-2649.
46. Keith, T. A.; Bader, R. F. W. Chem. Phys. Lett. 1992, 194, 1-8.
47. Keith, T. A.; Bader, R. F. W. Chem. Phys. Lett. 1993, 270, 223-231.
48. Keith, T. A.; Bader, R. F. W. Can. J. Chem. 1996, 74, 185-200.
49. Bader, R. F. W.; Zou, P. F. Chem. Phys. Lett. 1992, 191, 54-58.
50. Bader, R. F. W.; Matta, C. F. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 8385-8394.
51. Bader, R. F. W.; Bayles, D.; Heard, G. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 10095-10105.
52. Bader, R. F. W.; Larouche, A.; Gatti, C.; Carroll, M. T.; MacDougall, P. J.; Wiberg, K. B. J. Chem. Phys. 1987, 87, 1142-1152.
53. Haiduke, R. L. A.; Bruns, R. E. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2680-2688.
54. Gough, K. M.; Srivastava, H. K.; Belohorcová, K. J. Chem. Phys. 1993, 98, 9669-9677.
55. Gough, K. M.; Srivastava, H. K.; Belohorcová, K. J. Phys. Chem. 1994, 98, 771-776.
56. Gough, K. M.; Srivastava, H. K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5210-5216.
57. Bader, R. F. W.; Matta, C. F. Int. J. Quantum Chem. 2001, 85, 592-607.
58. César, P. H.; Faria, S. H. D. M.; da Silva, J. V., Jr.; Haiduke, R. L. A.; Bruns, R. E. Chem. Phys. 2005, 317, 35-42.
59. Dittrich, B.; Scheins, S.; Paulmann, C.; Luger, P. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7471-7474.
60. Benabicha, F.; Pichon-Pesme, V.; Jelsch, C.; Lecomte, C.; Khmou, A. Acta Crystallogr. 2000, B56, 155-165.
61. Flaig, R.; Koritsanszky, T.; Dittrich, B.; Wagner, A.; Luger, P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3407-3417.
62. Kingsford-Adaboh, R.; Dittrich, B.; Wagner, A.; Messerschmidt, M.; Flaig, R.; Luger, P. Z. Kristallogr. 2002, 217, 168-173.
63. Flaig, R.; Koritsanszky, D.; Zobel, D.; Luger, P. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2227-2238.
64. Dittrich, B. K. T.; Grosche, M.; Scherer, W.; Flaig, R.; Wagner, A.; Krane, H. G.; Kessler H.; Riemer, C.; Schreurs. A. M. M.; Luger, P. Acta Crystallogr. B 2002, 58, 721-727.
65. Matta, C. F.; Bader, R. F. W. Proteins: Struct. Funct. Genet. 2003, 52, 360-399.
66. Matta, C. F. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 11088-11101.
67. Martín, F. J. Theorelical Synthesis of Macromolecules From Transferable Functional Groups. Ph.D. Thesis, McMaster University, 2001.
68. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. B 1964, 136, 864-871.
69. Bader, R. F. W.; Becker, P. Chem. Phys. Lett. 1988, 148, 452-458.
70. Riess, I.; Münch, W. Theor. Chim. Acta 1981, 58, 295.
71. Bader, R. F. W. Int. J. Quantum Chem. 1995, 56, 409-419.
72. Keith, T. A.; Bader, R. F. W. Int. J. Quantum Chem. 1996, 60, 373-379.
73. Bader, R. F. W.; Keith, T. A.; Gough, K. M.; Laidig, K. E. Mol. Phys. 1992, 75, 1167-1189.
74. Laidig, K. E. Can. J. Chem. 1996, 74, 1131-1138.
75. Gough, K. M.; Yacowar, M. M.; Cleve, R. H.; Dwyer, J. R. Can. J. Chem. 1996, 74, 1139-1144.
76. Haiduke, R. L. A.; de Oliveira, A. E.; Bruns, R. E. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6788-6796.
77. da Silva, J. V.; Haiduke, R. L. A.; Bruns, R. E. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4839-4845.
78. Laidig, K. E. Chem. Phys. Lett. 1991, 185, 483-489.
79. Zou, P. F.; Bader, R. F. W. Acta Crystallogr. A 1994, 50, 714-725.
80. Bader, R. F. W.; Stephens, M. E. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 7391-7399.
81. Bader, R. F. W.; Streitwieser, A.; Neuhaus, A.; Laidig, K. E.; Speers, P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4959-4965.
82. Bader, R. F. W.; Johnson, S.; Tang, T.-H.; Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15398-15415.
83. Adam, K. R. J. Phys. Chem. A. 2002, 106, 11963-11972.
84. Song, M.; Breneman, C. M.; Bi, J.; Sukumar, N.; Bennett, K. P.; Cramer, S.; Tugcu, N. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1347-1357.
85. Breneman, C. M.; Rhem, M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 182-197.
86. Matta, C. F.; Hernandez-Trujillo, J.; Bader, R. F. W. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7369-7375.
87. Castillo, N.; Matta, C. F.; Boyd, R. J. J. Chem. Inf. Mod. 2005, 45, 354-359.
88. Liem, S. Y.; Popelier, P. L. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 4560-4566.
89. Bohóquez, H. J.; Obregón, M.; Cárdenas, C.; Llanos, E.; Suárez, C.; Villaveces, J. L.; Patarroyo, M. E. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10090-10097.
90. Popelier, P. L. A.; Aicken, F. M. ChemPhysChem 2003, 4, 824-829.
91. Popelier, P. L. A.; Aicken, F. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1284-1292.
92. Chang, C.; Bader, R. F. W. J. Phys. Chem. 1992, 96, 1654-1662.
93. Breneman, C. M.; Thompson, T. R.; Rhem, M.; Dung, M. Comput. Chem. 1995, 19, 161-179.
94. Breneman, C. M.; Weber, L. W. In NATO ASI Series: The Application of Charge Density Research to Chemistry and Drug Design; Jeffrey, G. A., Piniella, J. F. E., Eds.; Plenum Press: New York, 1991; pp 357-358.
95. Matta, C. F.; Bader, R. F. W. Proteins: Struct. Funct. Genet. 2000, 40, 310-329.
96. Matta, C. F.; Bader, R. F. W. Proteins: Struct. Funct. Genet. 2002, 48, 519-538.
97. Bader, R. F. W.; Matta, C. F.; Martin, F. J. In Medicinal Quantum Chemistry; Alber, F., Carloni, P., Eds.; Wiley-VCH: Weinheim, 2003; pp 201-231.
98. Pichon-Pesme, V.; Lecomte, C.; Wiest, R.; Bénard, M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 2713-2715.
99. Wiest, R.; Pichon-Pesme, V.; Bénard, M.; Lecomte, C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1351-1362.
100. Pichon-Pesme, V.; Lecomte, C.; Lachekar, H. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6242-6250.
101. Jelsch, C.; Pichon-Pesme, V.; Lecomte, C.; Aubry, A. Acta Crystallogr. 1998, D54, 1306-1318.
102. Dittrich, B.; Koritsánszky, T.; Grosche, M.; Scherer, W.; Flaig, R.; Wagner, A.; Krane, H. G.; Kessler, H.; Riemer, C.; Schreurs, A. M. M.; Luger, P. Acta Crystallogr. B 2002, 58, 721-727.
103. Scheins, S.; Messerschmidt, M.; Luger, P. Acta Crystallogr. B 2005, 61, 443-448.
104. Kosov, D. S.; Popelier, P. L. A. J. Chem. Phys. 2000, 113, 3969-3974.
105. Kosov, D. S.; Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7339-7345.
106. Popelier, P. L. A.; Joubert, L.; Kosov, D. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8254-8261.
107. Dumitrica, T.; Landis, C. M.; Yakobson, B. I. Chem. Phys. Lett. 2002, 360, 182-188.