Hydration effect on interaction mode between glutamic acid and Ca 2+ and its biochemical implication: A theoretical exploration

New Journal of Chemistry

Volumn 30, Issue 6, 2006, Pages 890-900

  Xiang, Feng ^a   Li, Ping ^a   Yan, Shihai ^a   Sun, Lixiang ^a   Cukier, Robert I ^b   Bu, Yuxiang ^a,b  

^a SHANDONG UNIVERSITY   (China)

^b MICHIGAN STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CALCIUM ION; GLUTAMIC ACID; PROTEIN; RYANODINE RECEPTOR; WATER;

ACCURACY; ARTICLE; BIOCHEMISTRY; BIOLOGY; CALCIUM BINDING; CORRELATION ANALYSIS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ENERGY; ENTHALPY; GAS; GEOMETRY; HYDRATION; INFRARED SPECTROSCOPY; MATHEMATICAL COMPUTING; MOLECULAR INTERACTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DATA BANK; THERMODYNAMICS;

EID: 33744977232     PISSN: 11440546     EISSN: 13699261     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b518408h     Document Type: Article

References (35)

1. C. Toyoshima M. Nakasako H. Nomura H. Ogawa Nature 2000 405 647
2. A. G. Lee J. M. East Biochem. J. 2001 356 665
3. A. G. Lee Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 547
4. C. Xu W. J. Rice W. He D. L. Stokes J. Mol. Biol. 2002 315 201
5. T. L. Sørensen J. V. Møller P. Nissen Science 2004 304 1672
6. V. Costa P. Carloni Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003 50 104
7. T. Dudev C. Lim J. Phys. Chem. B 2004 108 4546
8. C. S. Babu T. Dudev R. Casareno J. A. Cowan C. Lim J. Am. Chem. Soc. 2003 125 9318
9. T. Dudev Y. Lin M. Dudev C. Lim J. Am. Chem. Soc. 2003 125 3168
10. T. Dudev C. Lim Chem. Rev. 2003 103 773
11. T. Dudev C. Lim J. Am. Chem. Soc. 2006 128 1553
12. F. Xiang Y. Bu H. Ai P. Li J. Phys. Chem. B 2004 108 17628
13. R. A. Jockusch A. S. Lemoff E. R. Williams J. Phys. Chem. A 2001 105 10929
14. H. Einspahr C. E. Bugg Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Crystallogr. Cryst. Chem. 1981 B37 1044
15. C. J. Carrell H. L. Carrell J. Erlebacher J. P. Glusker J. Am. Chem. Soc. 1988 110 8651
16. E. E. Abola J. L. Sussman J. Prilusky N. O. Manning Methods Enzymol. 1997 277 556
17. W. Yang L. M. Jones L. Isley Y. Ye H.-W. Lee A. Wilkins Z.-r. Liu H. W. Hellinga R. Malchow M. Ghazi J. J. Yang J. Am. Chem. Soc. 2003 125 6165
18. E. Pidcock G. R. Moore JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2001 6 479
19. Y. Sugita N. Miyashita M. Ikeguchi A. Kidera C. Toyoshima J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6150
20. M. I. Bernal-Uruchurtu I. Ortega-Blake J. Chem. Phys. 1995 103 1588
21. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
22. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785
23. P. J. Stevens F. J. Devlin C. F. Chablowski M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1994 98 11623
24. M. Peschke A. T. Blades P. Kebarle J. Am. Chem. Soc. 2000 122 10440
25. G. Tiraboschi B. Roques N. Gresh J. Comput. Chem. 1999 20 1379
26. A. C. Tsipis C. A. Tsipis V. Valla J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2003 630 81
27. H. Ai Y. Bu J. Phys. Chem. B 2004 108 1241
28. M. J. Frisch J. E. Del Bene J. S. Binkley H. F. Schaefer III J. Chem. Phys. 1986 84 2279
29. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision B.05); Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 2003
30. E. Cancès B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 107 3032
31. M. Cossi V. Barone B. Mennucci J. Tomasi Chem. Phys. Lett. 1998 286 253
32. B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 106 5151
33. M. Cossi G. Scalmani N. Rega V. Barone J. Chem. Phys. 2002 117 43
34. CRC Handbook of Chemistry and Physics, ed., D. R. Lide,, CRC Press, Cleveland, 82nd edn, 2001-2002
35. I. Corral O. Mó M. Yáñez A. P. Scott L. Radom J. Phys. Chem. A 2003 107 10456