Combination of polarized TIRF and ATR spectroscopies for determination of the second and fourth order parameters of molecular orientation in thin films and construction of an orientation distribution based on the maximum entropy method

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 13, 2006, Pages 6721-6731

  Runge, Anne F ^a   Saavedra, S Scott ^a   Mendes, Sergio B ^a,b  

^a University of Arizona   (United States)

^b UNIVERSITY OF ARIZONA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTROMAGNETIC WAVE EMISSION; ELECTROMAGNETIC WAVE POLARIZATION; ENTROPY; MOLECULAR ORIENTATION; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; SURFACE ROUGHNESS;

ATTENUATED TOTAL REFLECTANCE (ATR); EMISSION DIPOLES; MOLECULAR FILMS; OPTICAL SPECTROSCOPY;

THIN FILMS;

EID: 33646365367     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp056048m     Document Type: Article

References (68)

1. Breton, J.; Vermeglio, A. Orientation of Photosynthetic Pigments in Vivo. In Photosynthesis; Govindjee, Ed.; Academic Press: New York, 1982; Vol. 1, pp 153.
2. Lafrance, C.; Chabot, P.; Pigeon, M.; Prudhomme, R. E.; Pezolet, M. Polymer 1993, 34, 5029.
3. Runge, A. F.; Rasmussen, N. C.; Saavedra, S. S.; Mendes, S. B. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 424.
4. Bauman, D.; Schulze, H.; Kuball, H. G. Liq. Cryst. 2000, 27, 1357.
5. Johansson, L. B. A. Chem. Phys. 1985, 118, 516.
6. Johansson, L. B. A.; Lindblom, G. Q. Rev. Biophys. 1980, 13, 63.
7. van Gurp, M.; van Ginkel, G.; Levine, Y. K. J. Theor. Biol. 1988, 131, 333.
8. Ge, J. J.; Li, C. Y.; Xue, G.; Mann, I. K.; Zhang, D.; Wang, S.-Y.; Harris, F. W.; Cheng, S. Z. D.; Hong, S.-C.; Zhuang, X.; Shen, Y. R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5768.
9. Oh-e, M.; Hong, S.-C.; Shen, Y. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7455.
10. Labarthet, F. L.; Buffeteau, T.; Sourisseau, C. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5754.
11. Labarthet, F. L.; Buffeteau, T.; Sourisseau, C. Appl. Spectrosc. 2000, 54, 699.
12. Labarthet, F. L.; Bruneel, J. L.; Buffeteau, T.; Sourisseau, C. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6949.
13. Rousseau, M.; Lefevre, T.; Beaulieu, L.; Asakura, T.; Pezolet, M. Biomacromolecules 2004, 5, 2247.
14. Chapoy, L. L.; DuPrè, D. B. J. Chem. Phys. 1978, 69, 519.
15. Chapoy, L. L.; DuPrè, D. B. J. Chem. Phys. 1979, 70, 2550.
16. Kooyman, R. P. H.; Levine, Y. K.; Van der Meer, B. W. Chem. Phys. 1981, 60, 317.
17. van der Meer, B. W.; Kooyman, R. P. H.; Levine; Y. K. Chem. Phys. 1982, 66, 39.
18. Mulders, F.; van Langen, H.; van Ginkel, G.; Levine, Y. K. Biochim. Biophys. Acta 1986, 859, 209.
19. van Langen, H.; Engelen, D.; van Ginkel, G.; Levine, Y. K. Chem. Phys. Lett. 1987, 138, 99.
20. van Langen, H.; Schrama, C. A.; van Ginkel, G.; Ranke, G.; Levine, Y. K. Biophys. J. 1989, 55, 937.
21. van Langen, H.; van Ginkel, G.; Levine, Y. K. Chem. Phys. 1989, 130, 271.
22. van Gurp, M.; Levine, Y. K. Chem. Phys. Lett. 1991, 180, 349.
23. van Zandvoort, M. A. M. J.; Gerritsen, H. C.; van Ginkel, G.; Levine, Y. K.; Tarroni, R.; Zannoni, C. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 4149.
24. LeGrange, J. D.; Riegler, H. E.; Zurawsky, W. P.; Scarlata, S. F. Thin Solid Films 1988, 159, 101.
25. LeGrange, J. D.; Riegler, H. E.; Zurawsky, W. P.; Scarlata, S. F. J. Chem. Phys. 1989, 90, 3838.
26. Fraaije, J. G. E. M.; Kleijn, J. M.; van der Graaf, M.; Dijt, J. C. Biophys. J. 1990, 57, 965.
27. Bos, M. A.; Kleijn, J. M. Biophys. J. 1995, 68, 2566.
28. Bos, M. A.; Kleijn, J. M. Biophys. J. 1995, 68, 2573.
29. Bos, M. A.; Werkhoven, T. M.; Kleijn, J. M. Langmuir 1996, 12, 3980.
30. Zhai, X.; Kleijn, J. M. Biophys. J. 1997, 72, 2651.
31. Yang, J.; Kleijn, J. M. Biophys. J. 1999, 76, 323.
32. Thompson, N. L.; Burghardt, T. P. Biophys. Chem. 1986, 25, 91.
33. Tronin, A.; Strzalka, J.; Chen, X.; Dutton, P. L.; Blasie, J. K. Langmuir 2000, 16, 9878.
34. Tronin, A.; Edwards, A. M.; Wright, W. W.; Vanderkooi, J. M.; Blasie, J. K. Biophys. J. 2002, 82, 996.
35. Edmiston, P. L.; Lee, J. E.; Wood, L. L.; Saavedra, S. S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 775.
36. Edmiston, P. L.; Lee, J. E.; Cheng, S.; Saavedra, S. S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 560.
37. Cheng, Y.-Y.; Lin, S. H.; Chang, H.-C.; Su, M.-C. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10687.
38. Fujita, K.; Nakamura, F.; Ohno, H. Polym. Adv. Technol. 2004, 15, 567.
39. Jang, W.; Miller, J. D. J. Phys. Chem. 1995, 99, 10272.
40. Lee, J. E.; Saavedra, S. S. Molecular Orientation in Absorbed Cytochrome c Films by Planar Waveguide Linear Dichroism. In Proteins at Interfaces II: Fundamentals and Applications; Horbett, T. A., Brash, J. L., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1995; p 269.
41. Lee, J. E.; Saavedra, S. S. Langmuir 1996, 12, 4025.
42. Cropek, D. M.; Bohn, P. W. J. Phys. Chem. 1990, 94, 6452.
43. Wang, J.; Paszti, Z.; Even, M. A.; Chen, Z. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3625.
44. Bower, D. I. J. Polym. Sci., Polym. Phys. Ed. 1981, 19, 93.
45. van Ginkel, G.; Korstanje, L. J.; van Langen, H.; Levine, Y. K. Faraday Discuss. Chem. Soc. 1986, 81, 49.
46. Axelsen, P. H.; Citra, M. J. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1996, 66, 227.
47. Adler, M.; Tritton, T. R. Biophys. J. 1988, 53, 989.
48. Berne, B. J. Time-Dependent Properties of Condensed Media. In Physical Chemistry An Advanced Treaty; Eyring, H., Henderson, D., Jost, W., Eds.; Academic Press: New York, 1971; Vol. 8B.
49. Frieden, B. R. Probability, Statistical Optics, and Data Testing; Springer-Verlag: New York, 1991.
50. Pottel, H.; Herreman, W.; van der Meer, B. W.; Ameloot, M. Chem. Phys. 1986, 102, 37.
51. Zannoni, C.; Arcioni, A.; Cavatorta, P. Chem. Phys. Lipids 1983, 32, 179.
52. Mendes, S. B.; Bradshaw, J. T.; Saavedra, S. S. Appl. Opt. 2004, 43, 70.
53. Mendes, S. B.; Li, L. F.; Burke, J. J.; Lee, J. E.; Saavedra, S. S. Appl. Opt. 1995, 34, 6180.
54. Rothschild, K. J.; Clark, N. A. Biophys. J. 1979, 25, 473.
55. Simpson, G. J.; Rowlen, K. L. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3800.
56. Arfken, G. Mathematical Methods for Physicists, 3rd ed.; Academic Press: San Diego, CA, 1985.
57. Wolfram, S. The Mathematica book, 4th ed.; Wolfram Media: Champaign, IL, 1999.
58. Lettinga, M. P.; Zuilhof, H.; van Zandvoort, M. A. M. J. Chem. Phys. Phys. Chem. 2000, 2, 3697.
59. Kawski, A. Crit. Rev. Anal. Chem. 1993, 23, 459.
60. Ameloot, M.; Hendrickx, H.; Herreman, W.; Pottel, H.; van Cauwelaert, F. V. Biophys. J. 1984, 46, 525.
61. Vos, M. H.; Kooyman, R. P. H.; Levine, Y. K. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983, 116, 462.
62. Kooyman, R. P. H.; Vos, M. H.; Levine, Y. K. Chem. Phys. 1983, 81, 461.
63. Wang, J.; Paszti, Z.; Even, M. A.; Chen, Z. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7016.
64. van de Ven, M. J. M.; Levine, Y. K. Biochim. Biophys. Acta 1984, 777, 283.
65. van der Meer, W.; Pottel, H.; Herreman, W.; Ameloot, M.; Hendrickx, H.; Schroder, H. Biophys. J. 1984, 46, 515.
66. Sourisseau, C. Chem. Rev. 2004, 104, 3851.
67. Tronin, A. Personal communication.
68. Tronin, A.; Xu, T.; Blasie, J. K. Langmuir 2005, 21, 7760.