Peach-Grape system - A high performance simulator for biomolecules

Chem-Bio Informatics Journal

Volumn 2, Issue 4, 2002, Pages 102-118

  Komeiji, Yuto ^a   Uebayasi, Masami ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF ADVANCED INDUSTRIAL SCIENCE AND TECHNOLOGY AIST   (Japan)

Author keywords

DNA; Grape; MD; Peach; Protein; Simulation

Indexed keywords

EID: 33646120268     PISSN: 13476297     EISSN: 13470442     Source Type: Journal    
DOI: 10.1273/cbij.2.102     Document Type: Review

References (52)

1. Y. Komeiji, H. Yokoyama, M. Uebayasi, M. Taiji, T. Fukushige, D. Sugimoto, R. Takata, A. Shimizu, and K. Itsukashi, in Pacific Symposium on Biocomputing '96 (L. Hunter & T. Klein eds.), pp. 472-487, World Scientific, Singapole (1995).
2. Y. Komeiji, M. Uebayasi, R. Takata, A. Shimizu, K. Itsukashi, and M. Taiji, J. Comput. Chem., 18, 1546-1563 (1997).
3. Y. Komeiji, Y. Ueno, and M. Uebayasi, FEBS Lett., 521, 133-139 (2002).
4. T. Ito, J. Makino, T. Ebisuzaki, and D. Sugimoto, Comput. Phys. Commun., 60, 187-194 (1990).
5. D. Sugimoto, Y. Chikada, J. Makino, T. Ito, T. Ebisuzaki, and M. Umemura, Nature, 345, 33-35 (1990).
6. J. Makino, E. Kokubo, and M. Taiji, Publ. Astron. Soc. Jpn., 45, 349-360 (1993).
7. Y. Ohno, J. Makino, I. Hachisu, M. Ueno, T. Ebisuzaki, D. Sugimoto, and S. K. Okumura, Publ. Astron. Soc. Jpn., 45, 377-392 (1993).
8. P. Hut and J. Makino, Science, 283, 501-505 (1999).
9. T. Ito, T. Fukushige, J. Makino, T. Ebisuzaki, S. K. Okumura, D. Sugimoto, H. Miyagawa, and K. Kitamura, PROTEINS, 20, 139-148 (1992).
10. T. Fukushige, J. Makino, T. Ito, S. K. Okumura, T. Ebisuzaki, and D. Sugimoto, Publ. Astronom. Soc. Jpn., 45, 361-375 (1993).
11. S. Toyoda, H. Miyagawa, K. Kitamura, T. Amisaki, E. Hashimoto, H. Ikeda, A. Kusumi, and N. Miyagawa, J. Comput. Chem., 20, 185-199 (1999).
12. http://www.fujixerox.co.jp/nbc/esradd/MDEngineII/
13. K. Oda, H. Miyagawa, and K. Kitamura, Mol. Simul., 16, 167-177 (1996).
14. N. Okimoto, T. Tsukui, M. Hata, T. Hoshino, and M. Tsuda, J. Am. Chem. Soc., 121, 7349-7354 (1999).
15. N. Okimoto, T. Tsukui, K. Kitayama, M. Hata, T. Hoshino, and M. Tsuda, J. Am. Chem. Soc., 122, 5613-5622 (2000).
16. N. Okimoto, K. Kitayama, M. Hata, T. Hoshino, and M. Tsuda, J. Mol. Struct.: Theochem., 543, 53-63 (2001).
17. N. Futatsugi and M. Tsuda, Biophys. J., 81, 3483-3488 (2001).
18. Y. Takaoka, M. Pasenkiewicz-Gierula, H. Miyagawa, K. Kitamura, and A. Kusumi, Biophys. J., 79, 3118-3138 (2000).
19. S. Ohta-Iino, M. Pasenkiewicz-Gierula, T. Takaoka, H. Miyagawa, K. Kitamura, and A. Kusumi, Biophys. J., 81, 217-224 (2001).
20. T. Fukushige, M. Taiji, J. Makino, T. Ebisuzaki, and D. Sugimoto, Astrophys. J., 468, 51-61 (1996).
21. http://www.gazogiken.co.jp/md_one.html
22. Y. Komeiji and M. Uebayasi, Mol. Simul., 21, 303-324 (1999a). http://www.tandf.co.uk/
23. Y. Komeiji and M. Uebayasi, Biophys. J., 77, 123-138 (1999b).
24. A. Suenaga, C. Yatsu, Y. Komeiji, M. Uebayasi, T. Meguro, and I. Yamato, J. Mol. Struct., 526, 209-218 (2000).
25. T. Nemoto, M. Uebayasi, and Y. Komeiji, CBIJ., 2, 32-37 (2002).
26. M. Takano, T. Yamato, J. Higo, A. Suyama, and K. Nagayama, J. Am. Chem. Soc., 121, 605-612 (1999).
27. T. Narumi, R. Susukita, T. Koishi, K. Yasuoka, H. Furusawa, A. Kawai, and T. Ebisuzaki, SC2000, Dallas (2000).
28. http://mdm.riken.go.jp/
29. T. Narumi, R. Susukita, T. Ebisuzaki, G. McNiven, and B. Elmegreen, Mol. Simul., 21, 401-415 (1999).
30. th Int. Conf. on Signal Processing, Beijing, pp. 575-582 (2000).
31. T. Narumi, A. Kawai, and T. Koishi, SC2001, Denver (2001).
32. P. K. Weiner and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 2, 287-303 (1981).
33. M. Saito, Mol. Simul., 8, 321-333 (1992).
34. M. B. Tuckerman, B. J. Berne, and G. J. Martyna, J. Chem. Phys., 97, 1990-2001 (1992).
35. S. Nose, Prog. Theor. Phys. Suppl., 103, 1-46 (1991).
36. F. Zhang, J. Chem. Phys., 106, 6102-6106 (1997).
37. W. D. Cornell, P. Ceiplak, C. I. Layly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 117, 5179-5197 (1995).
38. C. A. Bewley, A. M. Gronenborn, G. M. Clore, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 27, 105-131 (1998).
39. J. P. S. Sluka, S. J. Horvath, A. C. Glasgow, M. I. Simon, and P. D. Dervan, Biochemstry, 29, 6551-6561 (1990).
40. D. P. Mack, J. P. Sluka, J. A. Shin, J. H. Griffin, M. I. Simon, and P. B. Dervan, Biochemisty, 29, 6561-6567 (1990).
41. J.-A. R. Feng, R. C. Johnson, and R. E. Dickerson, Science, 263, 348-355 (1994).
42. J. Schwabe, Curr. Opin. Struct. Biol., 7, 126-134 (1997).
43. B. Z. Seaton, J. F. Head, D. M. Engelman, and F. M. Richards, Biochemistry, 24, 6740-6743 (1985).
44. D. B. Heidorn and J. Trewhella, Biochemistry, 27, 909-915 (1988).
45. N. Matsushima, Y. Izumi, T. Matsuo, H. Yoshino, T. Ueki, and Y. Miyake, J. Biochem., 105, 883-887 (1989).
46. M. Kataoka, J. F. Head, B. A. Seaton, and D. M. Engelman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86, 6944-6948.
47. R. Chattopadhyaya, W. E. Meador, A. R. Means, and F. A. Quiocho, J. Mol. Biol., 228, 1177-1192 (1992).
48. T. A. Darden, D. M. York, L. G. Pedersen, J. Chem. Phys., 98, 10089-10092 (1993).
49. L. Greengard, Science, 265, 909-914 (1994).
50. Y. Komeiji, M. Haraguchi, and U. Nagashima, Parallel Comput., 27, 977-987 (2001).
51. Y. Komeiji, T. Nakano, K. Fukuzawa, Y. Ueno, T. Nemoto, M. Uebayasi, D. G. Fedorov, and K. Kitaura, submitted (2002).
52. http://staff.aist.go.jp/y-komeiji/