Conformationally averaged score functions for electronic propagation in proteins

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 11, 2006, Pages 5747-5757

  Kawatsu, Tsutomu ^a,d   Beratan, David N ^a,b   Kakitani, Toshiaki ^c  

^a DUKE UNIVERSITY   (United States)

^b DUKE UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

^c MEIJO UNIVERSITY   (Japan)

^d GEORGIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; FUNCTIONS; MATHEMATICAL MODELS; QUANTUM THEORY; SIGNAL INTERFERENCE; THERMAL EFFECTS;

CONFORMATIONAL DYNAMICS; INTERFACE DECAYS; MYOGLOBIN; PROTEIN THERMAL MOTION;

PROTEINS;

EID: 33645793013     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp052194g     Document Type: Article

References (64)

1. Kawatsu, T.; Kakitani, T.; Yamato, T. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11356.
2. Balabin, I. A.; Onuchic, J. N. Science 2000, 290, 114.
3. Troisi, A. T.; Ratner, M. A.; Zimmt, M. B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2215.
4. Troisi, A. T.; Nitzan, A.; Ratner, M. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5782.
5. Daizadeh, I.; Medvedev, E. S.; Stuchebrukhov, A. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 3703.
6. Wolfgang, J.; Risser, S. M.; Priyadarshy, S.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 2986.
7. Skourtis, S. S.; Balabin, I. A.; Kawatsu, T.; Beratan, D. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3552.
8. Nishioka, H.; Kimura, A.; Yamato, T.; Kawatsu, T.; Kakitani, T. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1078.
9. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 265.
10. May, V.; Kühn, O. Charge and Energy Transfer Dynamics in Molecular Systems; Wiley-VCH: Berlin, 2003.
11. Medvedev, E. S.; Stuchebrukhov, A. A. Chem. Phys. 2004, 296, 181.
12. Prytkova, T. R.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1618.
13. Hopfield, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1974, 71, 3640.
14. Page, C. C.; Moser, C. C.; Chen, X.; Dutton, P. L. Nature 1999, 402, 47.
15. Larsson, S. J. Phys. Chem. 1984, 88, 1321.
16. Ponce, A.; Gray, H. B.; Winkler, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8187.
17. Miller, N. E.; Wander, M. C.; Cave, R. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1984.
18. Henderson, T. M.; Cave, R. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7414.
19. Skourtis, S. S.; Beratan, D. N. Adv. Chem. Phys. 1999, 106, 377.
20. Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Hopfield, J. J. J. Chem. Phys. 1987, 86, 4488.
21. Onuchic, J. N.; Beratan, D. N.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 349.
22. Regan, J. J.; Onuchic, J. N.; Adv. Chem. Phys. 1999, 107, 467.
23. Langen, R.; Chang, I.-J.; Germanas, J. P.; Richards, J. H.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Science 1996, 268, 1733.
24. Beratan, D. N.; Betts, J. N.; Onuchic, J. N. Science 1991, 252, 1285.
25. Beratan, D. N.; Betts, J. N.; Onuchic, J. N. J. Phys. Chem. 1992, 96, 2852.
26. Jones, M. L.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 2002.
27. Kawatsu, T.; Kakitani, T.; Yamato, T. Inorg. Chim. Acta 2000, 300-302, 862.
28. Okada, A.; Kakitani, T.; Inoue, J. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2946.
29. Kuki, A.; Wolynes, P. G. Science 1987, 236, 1647.
30. Skourtis, S. S.; Beratan, S. N. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1215.
31. Gehlen, J. N.; Daizadeh, I.; Stuchebrukhov, A. A.; Marcus, R. A. Inorg. Chim. Acta 1996, 243, 271.
32. Cheung, M. S.; Daizadeh, I.; Stuchebrukhov, A. A.; Heelis, P. F. Biophys. J. 1999, 76, 1241.
33. Daizadeh, I.; Guo, J.-X.; Stuchebrukhov, A. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 8865.
34. Skourtis, S. S.; Regan, J. J.; Onuchic, J. N. J. Phys. Chem. 1994, 98, 3379.
35. Gruschus, J. M.; Kuki, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 11407.
36. Aquino, A. J. A.; Beroza, P.; Regan, J.; Onuchic, J. N. Chem. Phys. Lett. 1997, 275, 181.
37. Liang, Z.-X.; Kurnikov, I. V.; Nocek, J. M.; Mauk, A. G.; Beratan, D. N.; Hoffman, B. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2785.
38. Liang, Z.-X.; Nocek, J. M.; Huang, K.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N.; Hoffman, B. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6849.
39. Roitberg, A. E.; Holden, M. J.; Mayhew, M. P.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N.; Vilker, V. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8927.
40. Siddarth, P.; Marcus, R. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8430.
41. Siddarth, P.; Marcus, R. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 2400.
42. Stuchebrukhov, A. A.; Marcus, R. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 7581.
43. Kawatsu, T.; Kakitani, T.; Yamato, T. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 5068.
44. Katz, D. J.; Stuchebrukhov, A. A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 4960.
45. Priyadarshy, S.; Skourtis, S. S.; Risser, S. M.; Beratan, D. N. J. Chem. Phys. 1996, 104, 9473.
46. Sumi, H.; Kakitani, T. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9603.
47. Smith, R. D. Correlations between Bound N-Alkyl Isocyanide Orientations and Pathways for Ligand Binding in Recombinant Myoglobins. Ph.D. Thesis, Rice University, 1999.
48. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, Jr., E. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535.
49. Kalé, L.; Skeel, R.; Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 283.
50. Howell, J.; Rossi, A.; Wallace, D.; Haraki, K.; Hoffmann, R. QCPE 1977, 11, 344 (FORTICON8).
51. Vela, A.; Gázquez, J. L. J. Phys. Chem. 1988, 92, 5688.
52. Kincaid, D. R.; Respess, J. R.; Young, D. M.; Grimes, R. G. ITPACK 2C; University of Texas: Austin, TX, 1999.
53. Oguni, T. EIGRS, version 1.2; updated in 1992.
54. Oguni, T. Gyouretu Keisan (Matrix Calculation) Software; Murata, K.; Miyoshi, T.; Dongarra, J. J.; Hasegawa, H., Eds.; Maruzen: Tokyo, Japan, 1999.
55. Kurnikov, I. V. HARLEM; 2002. http://www.kurnikov.org/harlemdownload.
56. Kaim, W.; Schwederski, B. Bioinorganic Chemistry: Inorganic Elements in the Chemistry of Life; John Wiley & Sons: New York, 1994; p 109.
57. Iron Porphyrins, Part Two; Lever, A. B. P., Gray, H. B., Eds.; Addison-Wesley Publishing Company: London, 1983.
58. Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Hopfield, J. J. J. Chem. Phys. 1987, 86, 4488.
59. Gray, H. B.; Winkler, J. R. Annu. Rev. Biochem. 1996, 65, 537.
60. Gray, H. B.; Winkler, J. R. Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 341.
61. Pitzer, R. M.; Merrifield. D. P. J. Chem. Phys. 1970, 52, 4782.
62. Lin, J.; Balabin, B. A.; Beratan, D. N. Science 2005, 310, 1311.
63. Humphrey, W. F.; Dalke, A.; Schulten K. J. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
64. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.11.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.