Assessment of two theoretical methods to estimate potentiometric titration curves of peptides: Comparison with experiment

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 9, 2006, Pages 4451-4458

  Makowska, Joanna ^a,b   Bagiñska, Katarzyna ^a   Makowski, Mariusz ^a,b   Jagielska, Anna ^b   Liwo, Adam ^a,b   Kasprzykowski, Franciszek ^a   Chmurzyñski, Lech ^a   Scheraga, Harold A ^b  

^a UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

^b Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; DISSOCIATION; ELECTROSTATICS; FREE ENERGY; METHANOL; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHODS; PH; POTENTIOMETERS (RESISTORS); SOLUTIONS; SOLVENTS; TITRATION;

CONFORMATIONAL CALCULATIONS; DISSOCIATION CONSTANTS; TITRATION CURVES;

POLYPEPTIDES;

EID: 33645675121     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054814j     Document Type: Article

References (50)

1. Linderstrøm-Lang, K. Compt. Rend. Trav. Lab. Carlsberg, Ser. Chim. 1924, 15, 29.
2. Laskowski, M., Jr.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1954, 76, 6305.
3. Gilson, M. K.; Honig, B. H. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1988, 3, 32.
4. Demchuk, E.; Wade, R. C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17373.
5. Wlodek, S. T.; Antosiewicz, J.; McCommon, J. A. Protein Sci 1997, 6, 373.
6. Nielsen, J. E.; Vriend, G. Proteins: Struct., Fund., Genet. 2001, 43, 403.
7. Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A.; Hitz, B.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10940.
8. Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1995, 99, 7180.
9. Ripoll, D. R.; Vorobjev, Y. N.; Liwo, A.; Vila, J. A.; Scheraga, H. A. J. Mol. Biol. 1996, 264, 770.
10. Ripoll, D. R.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1998, 46, 117.
11. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Villegas, M. E.; Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. Biophys. J. 1998, 75, 2637.
12. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3065.
13. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Arnautova, Y. A.; Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. Proteins: Struct., Fund., Bioinf. 2005, 61, 56.
14. Vorobjev, Y. N.; Grant, J. A.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3189.
15. Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4855.
16. Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 569.
17. Baptista, A. M.; Teixeira, V. H.; Soares, C. M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 4184.
18. Walczak, A. M.; Antosiewicz, J. M. Phys. Rev. E 2002, 66, 051911.
19. Bürgi, R.; Kollman, P. A.; Gunsteren, W. F. Proteins: Struct., Fund., Genet. 2002, 47, 469.
20. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
21. Mongan, J.; Case, D. A.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 2038.
22. Gilson, M. K.; Honig, B. H. Nature 1987, 330, 84.
23. Soman, K.; Yang, A. S.; Honig, B.; Fletterick, R. Biochemistry 1989, 28, 9918.
24. Sharp, K. A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1998, 33, 39.
25. Börjesson, U.; Hünenberger, P. H. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 13551.
26. Dlugosz, M.; Antosiewicz, J. M.; Robertson, A. Phys. Rev. E 2004, 69, 021915.
27. Kuhn, B.; Kollman, P. A.; Stahl, M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1865.
28. Mongan, J.; Case, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 157.
29. Makowska, J.; Baginska, K.; Kasprzykowski, F.; Vila, J. A.; Jagielska, A.; Liwo, A.; Chmurzynski, L.; Scheraga, H. A. Biopolymers 2005, 80, 214.
30. Shi, Z.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9190.
31. Liem, R. K. A.; Poland, D.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 5717.
32. Chmurzynski, L.; Pawlak,Z. J. Chem. Thermodyn. 1998, 30, 27.
33. Kolthoff, I. M.; Chantooni, M. K.; Bhowrnik, S. J. Am. Chem. Soc. 1968, 90, 23.
34. Kostrowicki, J.; Liwo, A. Comput. Chem. 1987, 11, 195.
35. Kostrowicki, J.; Liwo, A. Talanta 1990, 37, 645.
36. Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1988, 27, 1283.
37. Nemethy, G.; Gibson, D.; Palmer, K. A.; Yoon, C. N.; Paterlini, G.; Zagari, A.; Rumsey, S.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6472.
38. Vila, J. A.; Williams, R. L.; Vasquez, R. L.; Scheraga, H. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1991, 10, 199.
39. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978.
40. Ripoll, D. R.; Pottle, M. S.; Gibson, K. D.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1153.
41. Ripoll, D. R.; Liwo, A.; Czaplewski, C. TASK Q. 2000, 3, 313.
42. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. A 1993, 97, 10269.
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.11.4; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
44. Clever, L. H.; Snead, C. C. J. Phys. Chem. 1963, 67, 918
45. Bos, M.; van der Linden, W. E. Anal. Chim. Acta 1996, 332, 201.
46. Compostizo, A.; Cancho, S. M.; Rubio, R. G.; Colin, A. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1861.
47. Wu, M. M.; Cubaud, T.; Ho, C. M. Phys. Fluids 2004, 16, L51.
48. Zielinska, J.; Makowski, M.; Maj, K.; Liwo, A.; Chmurzynski, L. Anal. Chim. Acta 1999, 401, 317.
49. Tehan, B. G. Quant. Struct-Act. Relat. 2002, 21, 473.
50. Liwo, A.; Sokolowski, K.; Wawrzynów, A.; Chmurzynski, L. J. Solution Chem. 1990, 19, 1113.