Specific parametrisation of a hybrid potential to simulate reactions in phosphatases

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 8, Issue 3, 2006, Pages 347-353

  Menegon Arantes, Guilherme ^a,b   Loos, Michel ^a  

^a UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

^b UNIVERSITY OF WARWICK   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; PHOSPHATASE;

ALGORITHM; ARTICLE; CATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; ELECTROCHEMISTRY; METABOLISM; QUANTUM THEORY;

ALGORITHMS; AMINO ACIDS; CATALYSIS; COMPUTER SIMULATION; ELECTROCHEMISTRY; MOLECULAR STRUCTURE; PHOSPHORIC MONOESTER HYDROLASES; QUANTUM THEORY;

EID: 33645463333     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b511805k     Document Type: Article

References (51)

1. M. D. Jackson J. M. Denu Chem. Rev. 2001 101 8 2313 2340
2. K. Kolmodin J. Åqvist FEBS Lett. 2001 498 208 213
3. G. Scapin S. Patel V. Patel B. K. B E. Asante-Appiah Protein Sci. 2001 10 1596 1605
4. J. Gao, in Reviews in Computational Chemistry, ed., K. Lipkovitz, and, D. Boyd,, VHC, New York, 1995, vol. 7, pp. 119-185
5. P. Sherwood, in Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry, ed., J. Grotendorst,, John von Neumann Institute for Computing, Jülich, 2001, vol. 3, pp. 257-277
6. J. J. P. Stewart J. Comput. Aided Mol. Des. 1990 4 1 45
7. P. Amara and M. J. Field, in Encyclopedia of Computational Chemistry, ed., P. v. R. Schleyer,,, N. L. Allinger,,, T. Clark,,, J. Gasteiger,,, P. A. Kollman,,, I. Schaefer,,, H. Fa, and, P. R. Schreiner,, Wiley, Chichester, 1st edn, 1998, vol. 1, pp. 431-436
8. M. J. Field J. Comput. Chem. 2002 23 48 58
9. W. Thiel A. A. Voityuk J. Phys. Chem. 1996 100 616 626
10. G. M. Arantes H. Chaimovich J. Phys. Chem. A 2005 109 5625 5635
11. I. Rossi D. G. Truhlar Chem. Phys. Lett. 1995 233 231 236
12. P. A. Bash L. L. Ho A. D. MacKerell Jr. D. Levine P. Hallstrom Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 3698 3703
13. X. Lopez D. M. York Theor. Chem. Acc. 2003 109 149 159
14. M. Sundararajan J. P. McNamara I. H. Hillier H. Wang N. A. Burton Chem. Phys. Lett. 2005 404 9 12
15. M. J. Field P. A. Bash M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 700 733
16. G. Menegon M. Loos H. Chaimovich J. Phys. Chem. A 2002 106 9078 9084
17. J. Cumming P. Kebarle Can. J. Chem. 1978 56 1 9
18. D. Osborn D. Leahy E. Kim E. deBeer D. Neumark Chem. Phys. Lett. 1998 292 651 655
19. R. Gunion M. Gilles M. Polak W. Lineberger Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1992 117 601 620
20. R. C. Lum J. J. Grabowski J. Am. Chem. Soc. 1992 114 22 8619 8627
21. R. Schwartz G. Davico W. Lineberger J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2000 108 163 168
22. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery Jr, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, C. Gonzalez, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, GAUSSIAN 98 (Rev. A.9), Gaussian Inc., 1998
23. D. Rinaldi, P. Hoggan, A. Cartier, K. Baka, G. Monard, M. Loos, A. Mokrane, V. Dillet and V. Thery, GEOMOP Nancy, France, 2001
24. H. B. Schlegel Adv. Chem. Phys. 1987 67 249 286
25. M. J. Dewar W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 1977 99 4899 4907
26. M. J. S. Dewar M. L. McKee H. S. Rzepa J. Am. Chem. Soc. 1978 100 3607
27. M. J. S. Dewar C. H. Reynolds J. Comput. Chem. 1986 7 140 143
28. M. J. Dewar E. G. Zoebisch H. F. Healy J. P. P. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1985 107 3902 3909
29. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 209 220
30. G. M. Arantes, PhD thesis, Institute of Chemistry, University of São Paulo, Brazil, 2004
31. R. Judson, in Reviews in Computational Chemistry, ed., K. Lipkovitz, and, D. Boyd,, VHC, New York, 1997, vol. 10, pp. 1-74
32. W. H. Press, S. A. Teukolsky, W. T. Vetterling and B. Flannery, Numerical Recipes in FORTRAN 77: The Art of Scientific Computing, Cambridge University Press, Cambridge, 2nd edn, 1992
33. G. Menegon K. Shimizu J. Farah L. Dias H. Chaimovich Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 5933 5936
34. D. L. Carroll, Genetic algorithm driver, version 1.70, University of Illinois, 1998
35. C. Alhambra L. Wu Z.-Y. Zhang J. Gao J. Am. Chem. Soc. 1998 120 3858 3866
36. F. B. Van Duijneveldt J. G. C. M. Van de Rijdt J. H. Van Lenthe Chem. Rev. 1994 94 1873 1885
37. M. J. Field M. Albe C. Bret F. P.-D. Martin A. Thomas J. Comput. Chem. 2000 21 1088 1100
38. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225 11236
39. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Phys. Chem. 1983 79 926 935
40. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz Jr. D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
41. S. Chalmet M. F. Ruiz-López Chem. Phys. Lett. 2000 329 154 159
42. V. Dillet R. L. Van Etten D. Bashford J. Phys. Chem. B 2000 104 11 321 11 333
43. F. P.-D. Martin R. Dumas M. J. Field J. Am. Chem. Soc. 2000 122 7688 7697
44. A. Thomas D. Jourand C. Bret P. Amara M. J. Field J. Am. Chem. Soc. 1999 121 9693 9702
45. M. J. Field, A Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, Cambridge University Press, Cambridge, 1st edn, 1999
46. M. Allen and D. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press, New York, 1st edn, 1987
47. B. Roux Comput. Phys. Commun. 1995 91 275 282
48. D. G. Truhlar B. C. Garrett S. J. Klippenstein J. Phys. Chem. 1996 100 12771 12800
49. Z.-Y. Zhang L. Wu L. Chen Biochemistry 1995 34 16088 16096
50. J. E. Coleman Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992 21 441 483
51. R. A. Morris W. B. Knighton A. A. Viggiano B. C. Hoffman H. F. Schaeffer III J. Chem. Phys. 1997 106 3545 3547