Structure of a DNA duplex with all-AT base pairs

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 61, Issue 12, 2005, Pages 1587-1593

  Valls, Núria ^a   Richter, Michael ^a   Subirana, Juan A ^a  

^a UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; OLIGODEOXYRIBONUCLEOTIDE;

ARTICLE; AT RICH SEQUENCE; BASE PAIRING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; CRYSTALLIZATION;

AT RICH SEQUENCE; BASE PAIRING; CRYSTALLIZATION; DNA; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGODEOXYRIBONUCLEOTIDES;

EID: 33644845023     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444905029781     Document Type: Article

References (31)

1. Abrescia, N. G. A., González, C., Gouyette, C. & Subirana, J. A. (2004). Biochemistry, 43, 4092-4100.
2. Abrescia, N. G. A., Malinina, L., Fernandez, L. G., Huynh-Dinh, T., Neidle, S. & Subirana, J. A. (1999). Nucleic Acids Res. 27, 1593-1599.
3. Abrescia, N. G. A., Thompson, A., Huynh-Dinh, T. & Subirana, J. A. (2002). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 99, 2806-2811.
4. Berman, H. M., Olson, W. K., Beveridge, D. L., Westbrook, J., Gelbin, A., Demeny, T., Hsieh, S.-H., Srinivasan, A. R. & Schneider, B. (1992). Biophys. J. 63, 751-759.
5. Brünger, A. T. (1992). Nature (London), 355, 472-475.
6. Campos, J. L., Urpí, L., Sanmartín, T., Gouyette, C. & Subirana, J. A. (2005). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 102, 3663-3666.
7. Ciunik, Z. & Glowiak, T. (1981). Acta Cryst. B37, 693-695.
8. Coll, M., Frederick, C. A., Wang, A. & Rich, A. (1987). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 84, 8385-8389.
9. Collaborative Computational Project, Number 4 (1994). Acta Cryst. D50, 760-763.
10. DeLano, W. L. (2002). The PyMOL Molecular Graphics System. http://www.pymol.org.
11. Dickerson, R. E., Goodsell, D. S., Kopka, M. L. & Pjura, P. E. (1987). J. Biomol. Struct. Dyn. 5, 557-579.
12. Edwards, K. J., Brown, D. G., Spink, N., Skelly, J. V. & Neidle, S. (1992). J. Mol. Biol. 226, 1161-1173.
13. Gorin, A. A., Zhurkin, V. B. & Olson, W. K. (1995). J. Mol. Biol. 247, 34-48.
14. Hizver, J., Rozenberg, H., Frolow, F., Rabinovich, D. & Shakked, Z. (2001). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 98, 8490-8495.
15. Huang, D.-B., Phelps, C. B., Fusco, A. J. & Ghosh, G. (2005). J. Mol. Biol. 346, 147-160.
16. Karaogly, H., Lee, C. M. Y. & Meyer, W. (2005). Mol. Biol. Evol. 22, 639-649.
17. Lander, E. S. et al. (2001). Nature (London), 409, 860-921.
18. Langridge, R., Wilson, H. R., Hooper, C. W., Wilkins, M. H. F. & Hamilton, L. D. (1960). J. Mol. Biol. 2, 19-37.
19. Liebich, I., Bode, J., Reuter, I. & Wingender, E. (2002). Nucleic Acids Res. 30, 3433-3442.
20. Lu, X.-J. & Olson, W. K. (2003). Nucleic Acid Res. 31, 5108-5121.
21. Murshudov, G. N., Vagin, A. A. & Dodson, E. J. (1997). Acta Cryst. D53, 240-255.
22. Nelson, H., Finch, J., Luisi, B. & Klug, A. (1987). Nature (London), 330, 221-226.
23. Otwinowski, Z. & Minor, W. (1997). Methods Enzymol. 276, 307-326.
24. Rhodes, D. & Klug, A. (1981). Nature (London), 292, 378-380.
25. Roussel, A., Inisan, A. G., Knoops-Mouthuy, E. & Cambillau, E. (1998). TURBO-FRODO version OpenGL.1, University of Marseille.
26. Rozenberg, H., Rabinovich, D., Frolow, F., Hegde, R. S. & Shakked, Z. (1998). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 95, 15194-15199.
27. Subirana, J. A. (2003). Nature (London), 423, 683.
28. Subirana, J. A. & Faria, T. (1997). Biophys. J. 73, 333-338.
29. Tereshko, V., Urpí, L., Malinina, L., Huynh-Dinh, T. & Subirana, J. A. (1996). Biochemistry, 35, 11589-11595.
30. Vagin, A. & Teplyakov, A. (1997). J. Appl. Cryst. 30, 1022-1025.
31. Winn, M., Isupov, M. & Murshudov, G. N. (2001). Acta Cryst. D57, 122-133.