Structure and redox properties of the protein, rubredoxin, and its ligand and metal mutants studied by electronic structure calculation

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 2, 2006, Pages 785-790

  Sundararajan, Mahesh ^a   Hillier, Ian H ^a   Burton, Neil A ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

METAL ATOM COORDINATES; METAL MUTANTS;

ELECTRONIC STRUCTURE; IONIZATION; MUTAGENS; REDOX REACTIONS; STRUCTURE (COMPOSITION); X RAY ANALYSIS;

PROTEINS;

LIGAND; METAL; RUBREDOXIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; OXIDATION REDUCTION REACTION;

LIGANDS; METALS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; OXIDATION-REDUCTION; RUBREDOXINS;

EID: 31644435754     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054276a     Document Type: Article

References (36)

1. Newton, M. D. Chem. Rev. 1991, 91, 767.
2. Holm, R. H.; Kennepohl, P.; Solomon, E. I. Chem. Rev. 1996, 96, 2239.
3. Kennepohl, P.; Solomon, E. I. Inorg. Chem. 2003, 42, 696.
4. Zheng, X.; Stuchebrukhov, A. A. J. Phys. Chem. 2003, 107, 9579.
5. Holm, R. H.; Ibeyrs, J. A. Science. 1980, 209, 4453.
6. Holm, R. H. Acc. Chem. Res. 1977, 10, 427.
7. Rao, P. V.; Holm, R. H. Chem. Rev. 1996, 96, 2491.
8. Solomon, E. I.; Randall, D. W.; Glaser, T. Coord. Chem. Rev. 2000, 200-202, 695.
9. Wang, Z. B.; Wang, L. S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 6959.
10. Yang, X.; Wang, Z. B.; Fu, Y. J.; Wang, L. S. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 1703.
11. Kennepohl, P.; Solomon, E. I. Inorg. Chem. 2003, 42, 679.
12. Niu, S.; Wang, X.-B.; Jeffrey, N.; Wang, L.-S.; Ichiye, T. J. Phys. Chem. A 2004, 107, 2898.
13. Maher, M.; Cross, M.; Wilce, M. C. J.; Guss, J. M.; Wedd, A. G. Acta Crystallogr., Sect. D 2004, 60, 298.
14. Yoo, S. J.; Meyer, J.; Achim, C.; Peterson, J.; Hendrich, M. P.; Munck, E. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 475.
15. Xiao, Z.; Gardner, A. R.; Cross, M.; Maes, E. M.; Czernuszewicz, R. S.; Sola, M.; Wedd, A. G. J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 638.
16. Xiao, Z.; Lavery, M. J.; Ayhen, M.; Scrofani, S. D. B.; Wilce, M. C. J.; Guss, J. M.; Tregloan, P. A.; George, G. N.; Wedd, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4135.
17. Beck, B. W.; Koerner, J. B.; Ichiye, T. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 8006.
18. Eidsness, M. K.; Burden, A. E.; Richie, K. A.; Kurtz, D. M.; Scott, R. A., Jr.; Smith, E. T.; Ichiye, T. Biochemistry 2000, 39, 626.
19. Ergenekan, C. E.; Thomas, D.; Fischer, J. T.; Tan, M.; Eidsness, M. K.; Kang, C.; Ichiye, T. Biophys. J. 2003, 85, 2818.
20. Meyer, J.; Gaillard, J.; Marc, L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995, 212, 827.
21. Field, M. J.; Basch, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 100.
22. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 255, 631.
23. Morgado, C. A.; McNamara, J. P.; Hillier, I. H.; Sundararajan, M. Mol. Phys. 2005, 103, 905.
24. Bathelt, C. M.; Ridder, L.; Mulholland, A. J.; Harvey, J. N. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15004.
25. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta. 1985, 811, 265.
26. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. GAUSSIAN 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford CT, 2004.
28. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pilera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollmann, P. A. AMBER7, 2002.
29. Vreven, T.; Morokuma, K.; Farkas, O.; Schlegel, H. B.; Frisch, M. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 760.
30. Jorgensen, W. L.; Rives, J. T. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
31. Paraskevopoulos, K.; Sundararajan, S.; Surendran, R.; Hough, M. A.; Eady, R. R.; Hillier, I. H.; Hasnain, S. S. To be published.
32. Li, H.; Webb, S. P.; Webb., Ivanic J.; Jensen, J. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8010.
33. Datta, S. N.; Sudhamsu, J.; Pandey, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 8007.
34. Stephens, P. J.; Jollie, D. R.; Warshel, A. Chem. Rev. 1996, 96, 2491.
35. Yang, X.; Wang, X.-B.; Wang, L.-S.; Niu, S.; Ichiye, T. J. Chem. Phys. 2003, 119, 8311.
36. Gray, H. B.; Malmström, B. G.; Williams, R. J. P. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 551.