The Asn 38-Cys 84 H-bond in plastocyanin

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 22, 2004, Pages 7495-7499

  Musiani, Francesco ^a   Carloni, Paolo ^b   Ciurli, Stefano ^a  

^a UNIVERSITY OF BOLOGNA   (Italy)

^b DEMOCRITOS NATIONAL SIMULATION CENTER   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; CRYSTAL STRUCTURE; ELECTRONIC PROPERTIES; ELECTRONIC STRUCTURE; MATHEMATICAL MODELS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; OPTIMIZATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY (DFT); METALLOPROTEINS; QUANTUM-CHEMICAL METHODS; SPIN DENSITY DISTRIBUTIONS;

PROTEINS;

EID: 2942711620     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp037834z     Document Type: Article

References (63)

1. Redinbo, M. R.; Yeates, T. O.; Merchant, S. J. Bioenerg. Biomembr. 1994, 26, 49-66.
2. Navarro, J. A.; Hei-vàs, M.; De la Rosa, M. A. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 11-22.
3. Sigfridsson, K. Photosynth. Res. 1998, 57, 1-28.
4. Hope, A. B. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1456, 5-26.
5. Solomon, E. L; Szilagyi, R. K.; DeBeer George, S.; Basumallick, L. Chem. Rev. 2004, 104, 419-458.
6. Adman, E. T. Adv. Protein Chem. 1991, 42, 144-197.
7. Sykes, A. G. Struct. Bonding 1991, 75, 175-224.
8. Malmstrom, B. G. Eur. J. Biochem. 1994, 225, 711-718.
9. Gray, H. B.; Malmstrom, B. G.; Williams, R. J. P. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 551-559.
10. Guss, J. M.; Freeman, H. C. J. Mol. Biol. 1983, 169, 521-563.
11. Guss, J. M.; Harrowell, P. R.; Murata, M.; Morris, V. A.; Freeman, H. C. J. Mol. Biol. 1986, 192, 361-387.
12. Collyer, C. A.; Guss, J. M.; Sugimura, Y.; Yoshizaki, F.; Freeman, H. C. J. Mol. Biol. 1990, 211, 617-632.
13. Guss, J. M.; Bartunik, H. D.; Freeman, H. C. Acta Crystallogr. 1992, 548, 790-811.
14. Redinbo, M. R.; Cascio, D.; Choukair, M. K.; Rice, D.; Merchant, S.; Yeates, T. O. Biochemistry 1993, 32, 10560-10567.
15. Xue, Y.; Okvist, M.; Hansson, O.; Young, S. Protein Sci. 1998, 7, 2099-2105.
16. Shibata, N.; Inoue, T.; Nagano, C.; Nishio, N.; Kohzuma, T.; Onodera, K.; Yoshizaki, F.; Sugimura, Y.; Kai, Y. J. Biol. Chem. 1999, 274, 4225-4230.
17. Romero, A.; De la Cerda, B.; Vareda, P. F.; Navarro, J. A.; Hervas, M.; De la Rosa, M. A. J. Mol. Biol. 1998, 275, 327-336.
18. Kohzuma, T.; Inoue, T.; Yoshizaki, F.; Sasakawa, Y.; Onodera, K.; Nagatomo, S.; Kitagawa, T.; Uzawa, S.; Isobe, Y.; Sugimura, Y.; Gotowda, M.; Kai, Y. J. Biol. Chem. 1999, 274, 11817.
19. Sugawara, H.; Inoue, T.; Li, C.; Gotowda, M.; Hibino, T.; Takabe, T.; Kai, Y. J. Biochem. (Tokyo) 1999, 125, 899-903.
20. Inoue, T.; Sugawara, H.; Hamanaka, S.; Tsukui, H.; Suzuki, E.; Kohzuma, T.; Kai, Y. Biochemistry 1999, 58, 6063-6069.
21. Bond, C. S.; Bendall, D. S.; Freeman, H. C.; GUSS, J. M.; Howe, C. J.; Wagner, M. J.; Wilce, M. C. Acta Crystallogr. 1999, D55, 414-421.
22. Moore, J. M.; Lepre, C. A.; Gippert, J. P.; Chazin, W. J.; Case, D. A.; Wright, P. E. J. Mol. Biol. 1991, 221, 533-555.
23. Bagby, S.; Driscoll, P. C.; Harvey, T. S.; Hill, H. A. O. Biochemistry 1994, 55, 6611-6622.
24. Badsberg, U.; Jorgensen, A. M. M.; Gesmar, H.; Led, J. J.; Hammerstad, J. M.; Jespersen, L. L.; Ulstrup, J. Biochemistry 1996, 35, 7021-7031.
25. Babu, C. R.; Volkman, B. F.; Bullerjahn, G. S. Biochemistry 1999, 38, 4988-4995.
26. Ma, L.; Jorgensen, A.-M. M.; Sorensen, G. O.; Ulstrup, J.; Led, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9473-9485.
27. Bertini, I.; Ciurli, S.; Dikiy, A.; Fernandez, C.; Luchinat, C.; Safarov, N.; Shumilin, S.; Vila, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2405-2413.
28. Bertini, I.; Bryant, D. A.; Ciurli, S.; Dikiy, A.; Fernandez, C.; Luchinat, C.; Safarov, N.; Shumilin, S.; Vila, A. J.; Zhao, J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 47217.
29. Freeman, H. C.; Guss, J. M. In Handbook of Metalloproteins; Messerschmidt, A., Huber, R., Wieghardt, K., Poulos, T., Eds.; Wiley: New York, 2001.
30. Dong, S.; Ybe, J. A.; Hecht, M. H.; Spiro, T. G. Biochemistry 1999, 38, 3379-3385.
31. Holm, R. H.; Kennepohl, P.; Solomon, E. I. Chem. Rev. 1996, 96, 2239-2314.
32. Randall, D. W.; Gamelin, D. R.; LaCroix, L. B.; Solomon, E. I. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 16-29.
33. Ryde, U.; Olsson, M. H.; Pierloot, K.; Roos, B. O. J. Mol. Biol. 1996, 261, 586-596.
34. Olsson, M. H.; Ryde, U. J. Biol. Inorg. Chem. 1999, 4, 654-663.
35. Ryde, U.; Olsson, M. H.; Roos, B. O.; De Kerpel, J. O.; Pierloot, K. J. Biol. Inorg. Chem. 2000, 5, 565-574.
36. Szilagyi, R. K.; Solomon, E. I. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 250-258.
37. Jaszewski, A. R.; Jezierska, J. Chem. Phys. Lett. 2001, 343, 571-580.
38. Dudev, T.; Lin, Y.-I.; Dudev, M.; Lim, C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3168-3180.
39. Gervasio, F. L.; Schettino, V.; Mangani, S.; Krack, M.; Carloni, P.; Parrinello, M. J. Phys. Chem B 2003, 107, 6886-6892.
40. Dal Peraro, M.; Vila, A. J.; Carloni, P. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 704-712.
41. Bertini, L; Ciurli, S.; Dikiy, A.; Gasanov, R.; Luchinat, C.; Martini, G.; Safarov, N. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2037-2046.
42. Bertini, L.; Fernandez, C. O.; Karlsson, B. G.; Leckner, J.; Luchinat, C.; Malmstrom, B. G.; Nersissian, A. M.; Pierattelli, R.; Shipp, E.; Valentine, J. S.; Vila, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3701-3707.
43. Sato, K.; Kohzuma, T.; Dennison, C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2101-2112.
44. van Gastel, M.; Nagano, Y.; Zondervan, R.; Canters, G. W.; Jeuken, L. J. C.; Warmerdan, G. C. M.; de Waal, E. C.; Groenen, E. J. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4018-4021.
45. Pearson, W. R.; Lipman, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 55, 2444-2448.
46. Pearson, W. R. Methods Enzymol. 1990, 183, 63-98.
47. Altschul, S. F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E. W.; Lipman, D. J. J. Mol. Biol. 1990, 215, 403-410.
48. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389-3402.
49. Thompson, J. D.; Higgins, D. G.; Gibson, T. J. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 4673-4680.
50. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
51. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
52. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery J. A., J.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Rega, N.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2002.
53. Schaefer, A.; Horn, H.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2571-2577.
54. Hutter, J.; Alavi, A.; Deutsch, T.; Silvestri, W.; Parrinello, M. CPMD MPI fur Festkorperforschung, version 3.5; IBM Research Laboratory: Stuttgard and Zurich, 2000.
55. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B: Condens. Matter 1991, 43, 1993-2006.
56. Martyna, G. J.; Tuckeman, M. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2810-2821.
57. Shadle, S. E.; Penner-Hahn, J. E.; Schugar, H. J.; Hedman, B.; Hodgson, K. O.; Solomon, E. I. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 767-776.
58. George, S. J.; Lowery, M. D.; Solomon, E. I.; Cramer, S. P. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2968-2969.
59. Werst, M. M.; Davoust, C. E.; Hoffman, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1533-1538.
60. Bertini, L.; Luchinat, C. NMR of Paramagnetic Molecules in Biological Systems; Benjamin-Cummings: Menlo Park, CA, 1986.
61. Bertini, I.; Luchinat, C. NMR of Paramagnetic Substances; Elsevier: Amsterdam, 1996; Vol. 150.
62. Hansen, D. F.; Led, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1247-1252.
63. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.