A global multi-technique approach to study low-resolution solution structures

Journal of Applied Crystallography

Volumn 38, Issue 6, 2005, Pages 874-887

  Nöllmann, Marcelo ^a   Stark, W Marshall ^a   Byron, Olwyn ^a  

^a UNIVERSITY OF GLASGOW   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 29144479924     PISSN: 00218898     EISSN: 16005767     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0021889805026191     Document Type: Article

References (53)

1. Ackerman, C. J., Harnett, M. M., Harnett, W., Kelly, S. M., Svergun, D. I. & Byron, O. (2003). Biophys. J. 84, 489-500.
2. Aslam, M., Guthridge, J. M., Hack, B. K., Quigg, R. J., Holers, V. M. & Perkins, S. J. (2003). J. Mol. Biol. 329, 525-550.
3. Aslam, M. & Perkins, S. (2001). J. Mol. Biol. 309, 1117-1138.
4. Azevedo, W. F. de, dos Santos, G. C., dos Santos, D. M., Olivieri, J. R., Canduri, F., Silva, R. G., Basso, L. A., Renard, G., da Fonseca, I. O., Mendes, M. A. S. P. M. & Santos, D. S. (2003). Biochem. Biophys. Res. Commun. 309, 923-928.
5. Byron, O. (1997). Biophys. J. 72, 408-415.
6. Carrasco, B., García de la Torre, J., Davis, K. G., Jones, S., Athwal, D., Walters, C., Burton, D. R. & Harding, S. E. (2001). Biophys. Chem. 93, 181-196.
7. Chacón, P., Moran, F., Diaz, J. F., Pantos, E. & Andreu, J. M. (1998). Biophys. J. 74, 2760-2775.
8. DePristo, M. A., de Bakker, P. I. W. & Blundell, T. L. (2004). Structure (Camb.), 12, 831-838.
9. Dornberger, U., Hillisch, A., Gollmick, F. A., Fritzsche, H. & Diekmann, S. (1999). Biochemistry, 38, 12860-12868.
10. Feigin, L. A. & Svergun, D. I. (1987). Structure Analysis by Small-Angle X-ray and Neutron Scattering. New York: Plenum Press.
11. Feil, I. K., Malfois, M., Hendle, J., van der Zandt, H. & Svergun, D. I. (2001). J. Biol. Chem. 276, 12024-12029.
12. García de la Torre, J. (2001). Biophys. Chem. 93, 159-170.
13. García de la Torre, J., Huertas, M. L. & Carrasco, B. (2000). Biophys. J. 78, 719-730.
14. García de la Torre, J., Navarro, S., López Martínez, M. C., Diaz, F. G. & López Cascales, J. (1994). Biophys. J. 67, 530-531.
15. Gerstein, M. (1992). Acta Cryst. A48, 271-276.
16. Gilbert, R. J. C., Fucini, P., Connell, S., Fuller, S. D., Nierhaus, K. H., Robinson, C. V., Dobson, C. M. & Stuart, D. I. (2004). Mol. Cell, 14, 57-66.
17. Gohlke, C., Murchie, A. I., Lilley, D. M. & Clegg, R. M. (1994). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 91, 11660-11664.
18. Goldstein, H. (1980). Classical Mechanics. New York: Addison-Wesley.
19. Heller, W. T., Krueger, J. K. & Trewhella, J. (2003). Biochemistry, 42, 10579-10588.
20. Kirkpatrick, S., Gelatt, C. D. & Vecci, M. P. (1983). Science, 220, 671-680.
21. Koch, M. H., Vachette, P. & Svergun, D. I. (2003). Q. Rev. Biophys. 36, 147-227.
22. Kohonen, T. (1989). Self-Organization and Associative Memory. Berlin: Springer-Verlag.
23. Konarev, P., Petoukhov, M. & Svergun, D. (2001). J. Appl. Cryst. 34, 527-532.
24. Kozin, M. & Svergun, D. (2001). J. Appl. Cryst. 34, 33-41.
25. Landau, D. P. & Binder, K. (2000). A Guide to Monte Carlo Simulations in Statistical Physics. Cambridge University Press.
26. Lebowitz, J., Lewis, M. S. & Schuck, P. (2002). Protein Sci. 11, 2067-2079.
27. Lee, B. & Richards, F. M. (1971). J. Mol. Biol. 55, 379-400.
28. Lilley, D. & Clegg, R. (1993). Q. Rev. Biophys. 26, 131-175.
29. Mattinen, M.-L., Paakkonen, K., Ikonen, T., Craven, J., Drakenberg, T., Serimaa, R., Waltho, J. & Annila, A. (2002). Biophys. J. 83, 1177-1183.
30. Nöllmann, M., He, J., Byron, O. & Stark, W. M. (2004). Mol. Cell, 16, 127-137.
31. Nöllmann, M., Stark, W. M. & Byron, O. (2004). Biophys. J. 86, 3060-3069.
32. Petoukhov, M. V., Eady, N. A. J., Brown, K. A. & Svergun, D. I. (2002). Biophys. J. 83, 3113-3125.
33. Petoukhov, M. V., Svergun, D. I., Konarev, P. V., Ravasio, S., van den Heuvel, R. H. H., Curti, B. & Vanoni, M. A. (2003). J. Biol. Chem. 278, 29933-29939.
34. Rai, N., Nöllmann, M., Spotorno, B., Tassara, G., Byron, O. & Rocco, M. (2005). Structure, 13, 723-734.
35. Rosano, C., Zuccotti, S., Cobucci-Ponzano, B., Mazzone, M., Rossi, M., Moracci, M., Petoukhov, M. V., Svergun, D. I. & Bolognesi, M. (2004). Biochem. Biophys. Res. Commun. 320, 176-182.
36. Rosenzweig, A. C., Frederick, C. A., Lippard, S. J. & Nordlund, P. (1993). Nature (London), 366, 537-543.
37. Scott, D. J., Grossmann, J. G., Tame, J. R. H., Byron, O., Wilson, K. S. & Otto, B. R. (2002). J. Mol. Biol. 315, 1179-1187.
38. Solovyova, A. S., Nöllmann, M., Mitchell, T. J. & Byron, O. (2004). Biophys J. 87, 540-552.
39. Spotorno, B., Piccinini, L., Tassara, G., Ruggiero, C., Nardini, M., Molina, F. & Rocco, M. (1997). Eur. Biophys. J. Biophys. Lett. 25, 373-384.
40. Stassinopoulos, A., Ji, J., Gao, X. & Goldberg, I. H. (1996). Science, 272, 1943-1946.
41. Stühmeier, F., Clegg, R., Hillisch, A. & Diekmann, S. (2000). DNA-Protein Interactions, edited by A. Travers & M. Buckle, ch. 6, pp. 77-94. Oxford University Press.
42. Stühmeier, F., Hillisch, A., Clegg, R. M. & Diekman, S. (2000). J. Mol. Biol. 302, 1081-1100.
43. Stuhrmann, H. B. (1970). Z. Phys. Chem. Neue Folge, 72, 177-198.
44. Svergun, D., Richard, S., Koch, M., Sayers, Z., Kuprin, S. & Zaccai, G. (1998). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 95, 2267-2272.
45. Svergun, D. I. (1999). Biophys. J. 76, 2879-2886.
46. Svergun, D. I., Barberato, C. & Koch, M. H. J. (1995). J. Appl. Cryst. 28, 768-773.
47. Svergun, D. I. & Nierhaus, K. H. (2000). J. Biol. Chem. 275, 14432-14439.
48. Svergun, D. I., Petoukhov, M. V. & Koch, M. H. J. (2001). Biophys. J. 80, 2946-2953.
49. Tanford, C. (1961). Physical Chemistry of Macromolecules. New York: John Wiley.
50. Vigil, D., Gallagher, S. C., Trewhella, J. & Garcia, A. E. (2001). Biophys. J. 80, 2082-2092.
51. Volkov, V. & Svergun, D. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 860-864.
52. Walther, D., Cohen, F. & Doniach, S. (2000). J. Appl. Cryst. 33, 350-363.
53. Weeks, K. M. & Crothers, D. M. (1991). Cell, 66, 577-588.