Determination of microscopic rate constants for CO binding and migration in myoglobin encapsulated in silica gels

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 41, 2005, Pages 19523-19528

  Sottini, Silvia ^a,b   Abbruzzetti, Stefania ^a,b   Viappiani, Cristiano ^a,b   Ronda, Luca ^a,b   Mozzarelli, Andrea ^a,b  

^a UNIVERSITY OF PARMA   (Italy)

^b INFM   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION BARRIERS; LIGANDS; MICROSCOPIC RATE CONSTANTS; MYOGLOBIN;

ENTROPY; MICROSCOPIC EXAMINATION; PHOTOLYSIS; PROTEINS; REACTION KINETICS; SILICA GEL;

CARBON MONOXIDE;

CARBON MONOXIDE; LIGAND; MYOGLOBIN; SILICA GEL; SILICON DIOXIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; ENTROPY; KINETICS; PHOTOLYSIS; PROTEIN BINDING; STATISTICAL ANALYSIS; TEMPERATURE;

CARBON MONOXIDE; DATA INTERPRETATION, STATISTICAL; ENTROPY; KINETICS; LIGANDS; MYOGLOBIN; PHOTOLYSIS; PROTEIN BINDING; SILICA GEL; SILICON DIOXIDE; TEMPERATURE;

EID: 27544515467     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054098l     Document Type: Article

References (44)

1. Austin, R. H.; Beeson, K. W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Gunsalus, I. C. Biochemistry 1975, 14, 5355.
2. Beece, D.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Good, D.; Marden, M. C.; Reinisch, L.; Reynolds, A. H.; Sorensen, L. B.; Yue, K. T. Biochemistry 1980, 19, 5147.
3. Doster, W.; Beece, D.; Bowne, S. F.; Dilorio, E. E.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Reinisch, L.; Shyamsunder, E.; Winterhalter, K. H.; Yue, K. T. Biochemistry 1982, 21, 4831.
4. Henry, E. R.; Sommer, J. H.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Mol. Biol. 1983, 166, 443.
5. Srajer, V.; Reinisch, L.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 6656.
6. Steinbach, P. J. Biochemistry 1991, 30, 3988.
7. Ansari, A.; Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. Science 1992, 256, 1796.
8. Tian, W. D.; Sage, J. T.; Srajer, V.; Champion, P. M. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 408.
9. Post, F.; Doster, W.; Karvounis, G.; Settles, M. Biophys. J. 1993, 64, 1833.
10. Ansari, A.; Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. Biochemistry 1994, 33, 5128.
11. Chen, E.; Goldberg, R. A.; Kliger, D. S. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 327.
12. Esquerra, R. M.; Goldbeck, R. A.; Kim-Shapiro, D. B.; Kliger, D. S. Biochemistry 1998, 37, 17527.
13. Kleinert, T.; Doster, W.; Leyser, H.; Petry, W.; Schwarz, V.; Settles, M. Biochemistry 1998, 37, 717.
14. McMahon, B. H.; Stojkovic, B. P.; Hay, P. J.; Martin, R. L.; Garcia, A. E. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6831.
15. Scott, E. E.; Gibson, Q. H. Biochemistry 1997, 36, 11909.
16. Scott, E. E.; Gibson, Q. H.; Olson, J. S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 5177-5188.
17. Tetreau, C.; Blouquit, Y.; Novikov, E.; Quiniou, E.; Lavalette, D. Biophys. J. 2004, 56, 435-447.
18. Tilton, R. F. J.; Kuntz, I. D. J.; Petsko, G. A. Biochemistry 1984, 23, 2849.
19. Brunori, M.; Gibson, Q. H. EMBO Rep. 2001, 2, 674.
20. Schlichting, I.; Berendzen, J.; Phillips, G. N.; Sweet, R. M. Nature 1994, 371, 808.
21. Ostermann, A.; Washipky, R.; Parak, F. G.; Nienhaus, G. U. Nature 2000, 404, 205.
22. Chu, K.; Vojtchovsky, J.; McMahon, B. H.; Sweet, R. M.; Berendzen, J.; Schlichting, I. Nature 2000, 403, 921.
23. Srajer, V.; Ren, Z.; Teng, T. Y.; Schmidt, M.; Ursby, T.; Bourgeois, D.; Pradervand, C.; Schildkamp, W.; Wulff, M.; Moffat, K. Biochemistry 2001, 40, 13802.
24. Bourgeois, D.; Vallone, B.; Schotte, F.; Arcovito, A.; Miele, A. E.; Sciara, G.; Wulff, M.; Anfinrud, P.; Brunori, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8704-8709.
25. Schotte, F.; Lim, M.; Jackson, T. A.; Smirnov, A. V.; Soman, J.; Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr.; Wulff, M.; Anfinrud, P. A. Science 2003, 300, 1944.
26. Bossa, C.; Anselmi, M.; Roccatano, D.; Amadei, A.; Vallone, B.; Brunori, M.; Nola, A. D. Biophys. J. 2004, 86, 3855.
27. Balasubramanian, S.; Lambright, D. G.; Marden, M. C.; Boxer, S. G. Biochemistry 1993, 32, 2202.
28. Frauenfelder, H.; Alberding, N. A.; Ansari, A.; Braunstein, D.; Cowen, B. R.; Hong, M. K.; Iben, I. E. T.; Johnson, J. B.; Luck, S.; Marden, M. C.; Mourant, J. R.; Ormos, P.; Reinisch, L.; Scholl, R.; Schulte, A.; Shyamsunder, E.; Soremen, L. B.; Steinbach, P. J.; Xie, A.; Young, R. D.; Yue, K. T. J. Phys. Chem. 1990, 94, 1024.
29. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598.
30. Agmon, N. Biophys. J. 2004, 87, 1537-1543.
31. Dantsker, D.; Samuni, U.; Friedman, J. M.; Agmon, N. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1749, 234-251.
32. Abbruzzetti, S.; Giuffrida, S.; Sottini, S.; Viappiani, C.; Cordone, L. Cell Biochem. Biophys. 2005, in press.
33. Librizzi, F.; Viappiani, C.; Abbruzzetti, S.; Cordone, L. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1193.
34. Dantsker, D.; Samuni, U.; Friedman, A. J.; Yang, M.; Ray, A.; Friedman, J. M. J. Mol. Biol. 2002, 315, 239.
35. Abbruzzetti, S.; Viappiani, C.; Bruno, S.; Mozzarelli, A. Chem. Phys. Lett. 2001, 346, 430.
36. Samuni, U.; Dantsker, D.; Khan, I.; Friedman, A. J.; Peterson, E.; Friedman, J. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 25783-25790.
37. Sottini, S.; Viappiani, C.; Ronda, L.; Bettati, S.; Mozzarelli, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 8475.
38. Abbruzzetti, S.; Viappiani, C.; Bruno, S.; Bettati, S.; Bonaccio, M.; Mozzarelli, A. J. Nanosci. Nanotechnol. 2001, 1, 407.
39. Bruno, S.; Bonaccio, M.; Bettati, S.; Rivetti, C.; Viappiani, C.; Abbruzzetti, S.; Mozzarelli, A. Protein Sci. 2001, 10, 2401.
40. Banderini, A.; Sottini, S.; Viappiani, C. Rev. Sci. Instrum. 2004, 75, 2257.
41. Steinbach, P. J. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1476.
42. Steinbach, P. J.; Ionescu, R.; Matthews, C. R. Biophys. J. 2002, 82, 2244.
43. Kumar, A. T. N.; Zhu, L.; Christian, J. F.; Demidov, A. A.; Champion, P. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7847.
44. Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. J. Biol. Chem. 1996, 271, 17593.