CO rebinding kinetics to myoglobin- and R-state-hemoglobin-doped silica gels in the presence of glycerol

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 24, 2004, Pages 8475-8484

  Sottini, Silvia ^a   Viappiani, Cristiano ^a   Ronda, Luca ^a   Bettati, Stefano ^a   Mozzarelli, Andrea ^a  

^a UNIVERSITY OF PARMA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ANALYSIS; CARBON MONOXIDE; DOPING (ADDITIVES); GELS; MATHEMATICAL MODELS; PHOTODISSOCIATION; SILICA; SOLUTIONS;

BINDING SITES; LIGANDS; STRUCTURAL RELAXATION;

REACTION KINETICS;

EID: 3042552036     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp049472g     Document Type: Article

References (84)

1. Austin, R. H.; Beeson, K. W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Gunsalus, I. C. Biochemistry 1975, 14, 5355-5373.
2. Beece, D.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Good, D.; Maden, M. C.; Reinisch, L.; Reynolds, A. H.; Sorensen, L. B.; Yue, K. T. Biochemistry 1980, 19, 5147-5157.
3. Doster, W.; Beece, D.; Bowne, S. F.; Dllorio, E. E.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Reinisch, L.; Shyamsunder, E.; Winterhalter, K. H.; Yue, K. T. Biochemistry 1982, 21, 4831-4839.
4. Henry, E. R.; Sommer, J. H.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Mol. Biol. 1983, 166, 443-451.
5. Ansari, A.; Berendzen, J.; Bowne, S. F.; Frauenfelder, H.; Iben, I. E. T.; Sauke, T. B.; Shyamsunder, E.; Young, R. D. Biochemistry 1985, 24, 5000-5004.
6. Srajer, V.; Reinisch, L.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 6656-6670.
7. Steinbach, P. J. Biochemistry 1991, 30, 3988-4001.
8. Ansari, A.; Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. Science 1992, 256, 1796-1798.
9. Tian, W. D.; Sage, J. T.; Srajer, V.; Champion, P. M. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 408-411.
10. Post, F.; Doster, W.; Karvounis, G.; Settles, M. Biophys. J. 1993, 64, 1833-1842.
11. Ansari, A.; Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Eaton, W. Biochemistry 1994, 33, 5128-5145.
12. Chen, E.; Goldberg, R. A.; Kliger, D. S. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 327-355.
13. Esquerra, R. M.; Goldbeck, R. A.; Kim-Shapiro, D. B.; Kliger, D. S. Biochemistry 1998, 37, 17527-17536.
14. Kleinert, T.; Doster, W.; Leyser, H.; Petry, W.; Schwarz, V.; Settles, M. Biochemistry 1998, 37, 717-733.
15. McMahon, B. H.; Stojkovic, B. P.; Hay. P. J.; Martin, R. L.; Garcia, A. E. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6831-6850.
16. Hofrichter, J.; Sommer, J. H.; Henry, E. R.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 2235-2239.
17. Murray, L. P.; Hofrichter, J.: Henry, E. R.; Eaton, W. A. Biophys. Chem. 1988, 29, 63-76.
18. Murray, L. P.; Hofrichter, J.; Henry, E. R.; Ikeda-Saito, M.; Kitagishi, K.; Yonetani, T.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 55.2151-2155.
19. Findsen, E. W.; Friedman, J. M.; Ondrias, M. R. Biochemistry 1988, 27, 8719-8724.
20. Jones, C. M.; Ansari, A.; Henry, E. R.; Christoph, G. W.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Biochemistry 1992, 31, 6692-6702.
21. Henry, E. R.; Jones, C. M.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Biochemistry 1997, 56, 6511-6528.
22. Bjorling, S. C.; Goldbeck, R. A.; Paquette, S. J.; Milder, S. J.; Kliger, D. S. Biochemistry 1996, 35, 8619-8627.
23. Goldbeck, R. A.; Paquette, S. J.; Bjorling, S. C.; Kliger, D. S. Biochemistry 1996, 35, 8628-8639.
24. Esquerra, R. M.; Goldbeck, R. A.; Reaney, S. H.; Batchelder, A. M.; Wen, Y.; Lewis, J. W.; Kliger, D. S. Biophys. J. 2000, 78, 3227-3239.
25. Goldbeck, R. A.: Paquette, S. J.; Kliger, D. S. Biophys. J. 2001, 81, 2919-2934.
26. Schlichting, I.; Berendzen, J.; Phillips, G. N.; Sweet, R. M. Nature 1994, 371, 808-812.
27. Hartmann, H.; Zinser, S.; Komninos, P.; Schneider, R. T.; Nienhaus, G. U.; Parak, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 7013-7016.
28. Chu, K.; Vojtchovsky, J.; McMahon, B. H.; Sweet, R. M.: Berendzen, J.; Schlichting, I. Nature 2000, 403, 921-923.
29. Ostermann, A.; Washipky, R.; Parak, F. G.; Nienhaus, G. U. Nature 2000, 404, 205-208.
30. Olson, J. S.; Phillips, G. N. J. J. Biol. Chem. 1996, 271, 17593-17596.
31. Eaton, W. A.; Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Mozzarelli, A. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 351-358.
32. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5801-5804.
33. Jackson, T. A.; Lim, M.; Anfinrud, P. A. Chem. Phys. 1994, 180, 131-140.
34. Agmon, N.; Hopfield, J. J. Chem. Phys. 1983, 79, 2042-2053.
35. Hagen, S. J.; Eaton, W. A. J. Chem. Phys. 1996, 104, 3395-3398.
36. Balasubramanian, S.; Lambright, D. G.; Marden, M. C.; Boxer, S. G. Biochemistry 1993, 32, 2202-2212.
37. Frauenfelder, H.; Alberding, N. A.; Ansari, A.; Braunstein, D.; Cowen, B. R.; Hong, M. K.; Iben, I. E. T.; Johnson, J. B.; Luck, S.; Marden, M. C.; Mourant, J. R.; Ormos, P.; Reinisch, L.; Scholl, R.; Schulte, A.; Shyamsunder, E.; Soremen, L. B.; Steinbach, P. J.; Xie, A.; Young, R. D.; Yue, K. T. J. Phys. Chem. 1990, 94, 1024-1037.
38. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598-1603.
39. Angeloni, L.; Feis, A. Photochem. Photobiol. Sci. 2003, 2, 730-740.
40. Lyons, K. B.; Friedman, J. M. In Hemoglobin and Oxygen Ginding; Ho, C., Eaton, W. A., Collman, J. P., Gibson, Q. H., Leigh, J. S., Margolias, E., Moffat, K., Scheldt, W. R., Eds.; Elsevier/North-Holland: Amsterdam, The Netherlands, 1982.
41. Henry, E. R.; Bettati, S.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Biophys. Chem. 2002, 98, 149-164.
42. Mozzarelli, A.; Bettati, S. In Advanced Functional Molecules and Polymers; Nalwa, H. S., Ed.; Overseas Publishers Association: Tokyo, 2001; Vol. 4. pp 55-97.
43. Bettati, S.; Pioselli, B.; Campanini, B.; Viappiani, C.; Mozzarelli, A. In Encyclopedia of Nanoscience and Nanotechnology; Nalwa. H. S., Ed.; American Scientific Publishers: Stevenson Ranch, CA, 2004; Vol. 10, pp 1-23.
44. Ellerby, L.; Nishida, C. R.; Nishida, P.; Yamanaka, S. A.; Dunn, B.; Valentine, J. S.; Zink, J. I. Science 1992, 255, 1113-1115.
45. Dave, B. C.; Dunn, B.; Valentine, J. S.; Zink, J. I. Anal. Chem. 1994, 66, 1120A.
46. Shibayama, N.; Saigo, S. J. Mol Biol. 1995, 251, 203-209.
47. Lan, E. H.; Dave, B. C.; Fukuto, J. M.; Dunn, B.: Zink, J. I.; Valentine, J. S. J. Mater. Chem. 1999, 9, 45.
48. Shibayama, N.; Saigo, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 444-445.
49. Bettati, S.; Mozzarelli, A. J. Biol. Chem. 1997, 272, 32050-32055.
50. Das, T. K.; Khan, I.; Rousseau, D.: Friedman, J. M. Biospectroscopy 1999, 5, S64-S70.
51. Juszczak, L. J.; Friedman, J. M. J. Biol. Chem. 1999, 274, 30357-30360.
52. Shibayama, N.; Saigo, S. FEES Lett. 2001, 429, 50-53.
53. Shibayama, N.; Saigo, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 444-445.
54. Khan, I.; Shannon, C. F.; Dantsker, D.; Friedman, A. J.; PerezGonzales-de-Apodaca, J.; Friedman, J. M. Biochemistry 2000, 39, 16099-16109.
55. Abbruzzetti, S.; Viappiani, C.; Bruno, S.; Bettati, S.; Bonaccio, M.; Mozzarelli, A. J. Nanosci. Nanotechnol. 2001, 1, 407-415.
56. McIninch, J. K.; Kantrowitz, E. R. Biochim. Biophys. Acta-Protein Struct. Mot. Enzymol 2001, 1547, 320-328.
57. Samuni, U.; Dantsker, D.; Khan, I.; Friedman, A. J.; Peterson, E.; Friedman, J. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 25783-25790.
58. Bruno, S.; Bonaccio, M.; Bettati, S.; Rivetti, C.; Viappiani, C.; Abbruzzetti, S.; Mozzarelli, A. Protein Sci. 2001, 10, 2401-2407.
59. Eggers, D. K.; Valentine, J. S. Protein Sci. 2001, 10, 250-261.
60. Eggers, D. K.; Valentine, J. S. J. Mol. Biol. 2001, 314, 911-922.
61. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12008-12021.
62. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Science 1995, 269, 959-962.
63. Librizzi, F.; Viappiani, C.; Abbruzzetti, S.; Cordone, L. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1193-1200.
64. Gottfried, D. S.; Kagan, A.; Hoffman, B. M.; Friedman, J. M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2803-2807.
65. Shtelzer, S.; Rappoport, S.; Avnir, D.; Ottolenghi, M.; Braun, S. Biotechnol. Appl. Biochem. 1992, 15, 227-235.
66. McKinnie, R. E.; Olson, J. S. J. Biol. Chem. 1981, 256, 8928-8932.
67. Tian, W. D.; Sage, J. T.; Champion, P. M.; Chien, E.; Sligar, S. G. Biochemistry 1996, 35, 3487-3502.
68. Banderini, A.; Sottini, S.; Viappiani, C. Rev. Sci. Instrum. 2004, in press.
69. Lindsey, C. P.; Patterson, G. P. J. Chem. Phys. 1980, 73, 3348-3357.
70. Abbruzzetti, S.; Viappiani, C.; Bruno, S.; Mozzarelli, A. Chem. Phys. Lett. 2001, 346, 430-436.
71. Reetz, M. T.; Zonta, A.; Simpelkamp, J.; Rufinska, A.; Tesche, B. J. Sol-Gel Sci. Technol. 1996, 7, 35-43.
72. Kramers, H. A. Physica 1940, 7, 284-304.
73. Narang, U.; Jordan, J. D.; Bright, F. V.; Prasad, P. N. J. Phys. Chem. 1994, 98, 8101-8107.
74. Narang, U.; Wang, R.; Prasad, P. N.; Bright, F. V. J. Phys. Chem. 1994, 98, 17.
75. Kozuka, H.; Kurori, H.; Sakka, S. J. Non-Crystalline Solids 1987, 95/96, 1181-1188.
76. Miner, C. S., Dalton, N. N., Eds. Glycerol, Reinhold: New York. 1953.
77. Lavalette, D.; Tetreau, C. Eur. J. Biochem. 1988, 177, 97-108.
78. Agmon, N.; Doster, W.; Post, F. Biophys. J. 1994, 66, 1612-1622.
79. Navati, M. S.; Ray, A.; Shamir, J.; Friedman, J. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1321-1327.
80. Ellis, R. J. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 597-604.
81. Minton, A. P. Biopolymers 1981, 20, 2093-2120.
82. Minton, A. P. Int. J. Biochem. 1990, 22, 1063-1067.
83. Minton, A. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10577-10580.
84. Ellis, R. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11. 114-119.