Theoretical study toward understanding the catalytic mechanism of pyruvate decarboxylase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 39, 2005, Pages 18664-18672

  Wang, Jianyi ^a   Dong, Hao ^a   Li, Shuhua ^a   He, Hongwu ^b  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

^b CENTRAL CHINA NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DEPROTONATION; FREE ENERGY BARRIERS; PYRUVATE DECARBOXYLASE (PDC); TRANSITION STATES;

ALDEHYDES; CHEMICAL BONDS; CRYSTAL STRUCTURE; ENZYMES; MATHEMATICAL MODELS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

CATALYSIS;

PYRUVATE DECARBOXYLASE;

ARTICLE; BINDING SITE; CATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METABOLISM; PROTEIN CONFORMATION; THEORETICAL MODEL; THERMODYNAMICS;

BINDING SITES; CATALYSIS; MODELS, MOLECULAR; MODELS, THEORETICAL; PROTEIN CONFORMATION; PYRUVATE DECARBOXYLASE; THERMODYNAMICS;

EID: 26844525476     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp052802s     Document Type: Article

References (30)

1. Krampitz, L. O. Annu. Rev. Biochem. 1969, 38, 213.
2. Jordan, F.; Nemeria, N.; Guo, F.; Baburina, I.; Gao, Y.; Kahyaoglu, A.; Li, H.; Wang, J.; Yi, J.; Guest, J.; Furey, W. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1385, 287.
3. Dobritzsch, D.; Konig, S.; Schneider, G.; Lu, G. J. Biol. Chem. 1998, 273, 20196.
4. Breslow, R. J. Am. Chem. Soc. 1958, 80, 3719.
5. Alvarez, F. J.; Ermer, J.; Hübner, G.; Schellenberger, A.; Schowen, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8402.
6. Kern, D.; Kern, G.; Neef, H.; Tittmann, K.; Killenberg-Jabs, M.; Schneider, C. W.; Hübner, G. Science 1997, 275, 67.
7. Arjunan, P.; Umland, T.; Dyda, F.; Swaminathan, S.; Furey, W.; Sax, M.; Farrenkopf, B.; Gao, Y.; Zhang, D.; Jordan, F. J. Mol. Biol. 1996, 256, 590.
8. Schelleenberger, A. Angew. Chem. 1967, 79, 1050.
9. Muller, Y. A.; Lindqvist, Y.; Furey, W.; Schulz, G. E.; Jordan, F.; Schneider, G. Structure 1993, 1, 95.
10. Jordan, F.; Nemeria, N. S.; Zhang, S.; Yan, Y.; Arjunan, P.; Furey, W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12732.
11. Lobell, M.; Crout, D. H. G. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1867.
12. Killenberg-Jabs, M.; Konig, S.; Eberhardt, I.; Hohmann, S.; Huber, G. Biochemistry 1997, 36, 1900.
13. Ragsdale, S. W. Chem. Rev. 2003, 103, 2333.
14. Tittmann, K.; Golbik, R.; Uhlemann, K.; Khailova, L.; Schneider, G.; Patel, M.; Jordan, F.; Chipman, D. M.; Duggleby, R. G.; Hübner, G. Biochemistry 2003, 42, 7885.
15. Liu, M.; Sergienko, E. A.; Guo, F.; Wang, J.; Tittmann, K.; Hübner, G.; Furrey, W.; Jordan, F. Biochemistry 2001, 40, 7355.
16. Sergienko, E. A.; Jordan, F. Biochemistry 2001, 40, 7369.
17. Sergienko, E. A.; Jordan, F. Biochemistry 2001, 40, 7382.
18. Kluger, R. Chem. Rev. 1987, 87, 863.
19. Jordan, F.; Nemeria, N. S.; Zhang, S.; Yan, Y.; Arjunan, P.; Furey, W. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 3623.
20. Friedemann, R.; Breitkopf, C. Int. J. Quantum Chem. 1996, 57, 943.
21. Sakaki, S.; Musashi, Y.; Ohkubo, K. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 1515.
22. Friedemann, R.; Neef, H. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1385, 245.
23. Friedemann, R.; Tittmann, K.; Golbik., R.; Hübner, G. Int. J. Quantum Chem. 2004, 99, 109.
24. Friedemann, R.; Fircks, A. V.; Naumann, S. Int. J. Quantum Chem. 1998, 70, 407.
25. Friedemann, R.; Naumann, S. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2003, 630, 275.
26. Shin, W.; Oh, D.-G.; Chae, C.-h.; Yoon, T.-s. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12238.
27. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.04; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
28. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
29. Schütz, A.; Golbik, R.; Konig, S.; Hübner, G.; Tittmann, K. Biochemistry 2005, 44, 6164.
30. Turano, A.; Furey, W.; Pletcher, J.; Sax, M.; Pike, D.; Kluger, R. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 3089.