Reproducibility of tryptic digestion investigated by quantitative fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 2, 2005, Pages 394-399

  Hagman, Charlotte ^a   Ramström, Margareta ^b   Jansson, Maria ^c   James, Peter ^c   Håkansson, Per ^a   Bergquist, Jonas ^b  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^b UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^c LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

Cerebrospinal fluid; LC FT ICR mass spectrometry; Quantification; QUEST markers; Tryptic reproducibility 1 ( H4 nicotinoyloxy) and 1 ( D4 nicotinoyloxy) succinimide ester markers

Indexed keywords

ARTICLE; CEREBROSPINAL FLUID; CYCLOTRON; DOWN REGULATION; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; RAMAN SPECTROMETRY;

ADOLESCENT; ADULT; AGED; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; CYCLOTRONS; FOURIER ANALYSIS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MIDDLE AGED; PEPTIDES; PROTEOME; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TRYPSIN;

EID: 17444416139     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049809r     Document Type: Article

References (30)

1. Sze, S. K.; Ge, Y.; Oh, H.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1774-1779.
2. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 195, 58-64.
3. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-345.
4. Yates, J. R. r.; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapiller, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397-408.
5. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-257.
6. Lipton, S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049-11054.
7. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. R. Proteomics 2002, 2, 513-523.
8. Cravello, L.; Lascoux, D.; Forest, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2387-2393.
9. Kraut, J. Annu. Rev. Biochem. 1977, 46.
10. Ramström, M.; Palmblad, M.; Markides, K. E.; Håkansson, P.; Bergquist, J. Proteomics 2003, 3, 184-190.
11. Nilsson, S.; Ramström, M.; Palmblad, M.; Axelsson, O.; Bergquist, J. J. Proteome Res. 2004, 3, 884-889.
12. Wu, S.-L.; Choudhary, G.; Ramström, M.; Bergquist, J.; Hancock, W. S. J. Proteome Res. 2003, 2, 383-393.
13. Wetterhall, M.; Palmblad, M.; Håkansson, P.; Markides, K. E.; Bergquist, J. J. Proteome Res. 2002, 1, 361-366.
14. Wilkins, M. R.; Sanchez, J. C.; Gooley, A. A.; Appel, R. D.; HumpherySmith, I.; Hochstrasser, D. F.; Williams, K. L. Biotech. Gen. Eng. Rev. 1995, 13, 19-50.
15. Patterson, S. D.; Aebersold, R. H. Nat. Genet. 2003, 33, Suppl: 311-323.
16. Blennow, K.; Davidson, P.; Gottfries, C. G.; Ekman, R.; Heilig, M. Lancet 1996, 348, 692-693.
17. Sjögren, M.; Blomberg, M.; Jonsson, M.; Wahlund, L. O.; Edman, A.; Lind, K.; Rosengren, L.; Blennow, K.; Wallin, A. J. Neurosci. Res. 2001, 66, 510-516.
18. Mitchell, A.; Brindle, N. Int. J. Geriatr. Psychiatry 2003, 18, 407-411.
19. Lommel, L.; Chen, L.; Madura, K.; Sweder, K. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 4839-4834.
20. Kataoka, M.; Kosono, S.; Tsujimoto, G. FEBS Lett. 1999, 462, 425-429.
21. Velculescu, V. E.; Zhang, L.; Zhou, W.; Vogelstein, J.; Basrai, M. A.; Bassett, D. E. J.; Hieter, P.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Cell 1997, 88, 243-245.
22. Yan, W.; Lee, H.; Yi, E. C.; Reiss, D.; Shannon, P.; Kwieciszewski, B. K.; Coito, C.; Li, X. J.; Keller, A.; Eng, J.; Galitski, T.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Katze, M. G. Genome Biol. 2004, 5.
23. Van, Q. N.; Klose, J. R.; Lucas, D. A.; Prieto, D. A.; Luke, B.; Collins, J.; Burt, S. K.; Chmurny, G. N.; Issaq, H. J.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Keay, S. K. Dis. Markers. 2003-2004, 19, 169-189.
24. Seyfert, S.; Kunzmann, V.; Schwertfeger, N.; Koch, H. C.; Faulstich, A. J. Neurol. 2002, 249, 1021-1026.
25. Ramström, M.; Hagman, C.; Mitchell, J.; Derrick, P.; Håkansson, P.; Bergquist, J. J. Proteome Res., 2005, 4, 410-416.
26. Hagman, C.; Ramström, M.; Håkansson, P.; Bergquist, J. J. Proteome Res. 2004, 3, 587-594.
27. Beardsley, R. L.; Reilly, J. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 15-21.
28. Munchbach, M.; Quandroni, M.; Miotti, G.; James, P. Anal. Chem. 2000, 72, 4047-4057.
29. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
30. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 19, 946-951.