Effect of cholesterol on the properties of phospholipid membranes. 3. Local lateral structure

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 1, 2004, Pages 465-472

  Jedlovszky, Pál ^a   Medvedev, Nikolai N ^b   Mezei, Mihaly ^c  

^a EÖTVÖS LORÁND UNIVERSITY   (Hungary)

^b INSTITUTE OF CHEMICAL KINETICS AND COMBUSTION   (Russian Federation)

^c NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MEMBRANES; CHOLESTEROL; COMPOSITION EFFECTS; COMPUTER SIMULATION; CONDENSATION REACTIONS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; NUMERICAL METHODS;

DIMYRISTOYLPHOSPHATIDYLCHOLINE; PHOSPHOLIPID MEMBRANES; TWO DIMENSIONAL VORONOI TESSELLATION;

LIPIDS;

EID: 1642542522     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0307912     Document Type: Article

References (64)

1. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1331, 235, and references therein.
2. Heller, H.; Schaefer, M.; Schulten, K. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8343.
3. Hyvönen, M. T.; Rantala, T. T.; Ala-Korpela, M. Biophys. J. 1997, 73, 2907.
4. Rabinovich, A. L.; Balabaev, N. K. Proc. SPIE 2001, 4348, 215.
5. Murzyn, K.; Róg, T.; Jezierski, G.; Takaoka, Y.; Pasenkiewicz-Gierula, M. Biophys. J. 2001, 81, 170.
6. Saiz, L.; Klein, M. L. Biophys. J. 2001, 81, 204.
7. Husslein, T.; Newns, D. M.; Pattnaik, P. C.; Zhong, Q. Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1998, 109, 2826.
8. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9864.
9. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 1999, 76, 2472.
10. Damordam, K. V.; Merz, K. M. Biophys. J. 1994, 66, 1076.
11. Perera, L.; Essmann, U.; Berkowitz, M. L. Langmuir 1996, 12, 2625.
12. López Cascales, J. J.; García de la Torre, J.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 104, 2713.
13. Venable, R. M.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 2002, 116, 2663.
14. Marrink S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4155.
15. Marrink S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16729.
16. Jedlovszky, P.; Mezei, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5125.
17. Jedlovszky, P.; Mezei, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5322.
18. Sackmann, E., In Structure and Dynamics of Membranes; Lipowsky R., Sackmann, E., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1995; pp 1-64.
19. McMullen, T. P. W.; McElhaney, R. N. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 1996, 1, 83.
20. Hyslop, P. A.; Morel, B.; Sauerheber, R. D. Biochemistry 1990, 29, 1025.
21. Smaby, J. M.; Momsen, M. M.; Brockman, H. L.; Brown, R. E. Biophys. J. 1997, 73, 1492.
22. El-Sayed, M. Y.; Guiton, T. A.; Fayer, M. D. Biochemistry 1986, 25, 4825.
23. Bloom, M.; Mouritsen, O. G.; In Structure and Dynamics of Membranes; Lipowsky, R., Sackmann, E., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1995; pp 65-95.
24. Méléard, P.; Gerbeaud, C.; Pott, T.; Fernandez-Puente, L.; Bivas, I.; Mitov, M. D.; Dufourcq, J.; Bothorel, P. Biophys. J. 1997, 72, 2616.
25. Carruthers, A.; Melchior, D. L. Biochemistry 1983, 22, 5797.
26. Subczynski, W. K.; Hyde, J. S.; Kusumi, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 4474.
27. Xiang, T.-X.; Anderson, B. D. Biophys. J. 1997, 72, 223.
28. Edholm, O.; Nyberg, A. M. Biophys. J. 1992, 63, 1081.
29. Robinson, A. J.; Richards, W. G.; Thomas, P. J.; Hann, M. M. Biophys. J. 1995, 68, 164.
30. Gabdouline R. R.; Vanderkooi, G.; Zheng, C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15942.
31. Tu, K.; Klein, M. L.; Tobias, D. J. Biophys. J. 1998, 75, 2147.
32. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 1999, 77, 2075.
33. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Róg, T.; Kitamura, K.; Kusumi, A. Biophys. J. 2000, 78, 1376.
34. Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5435.
35. Jedlovszky, P.; Mezei, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5311.
36. Voronoi, G. F. J. Reine Angew. Math. 1908, 134, 198.
37. Okabe, A.; Boots, B.; Sugihara, K. Spatial Tessellations: Concepts and Applications of the Voronoi Diagrams; Wiley and Sons: New York, 1992.
38. Medvedev, N. N. The Voronoi-Delaunay Method in the Structural Investigation of Noncrystalline Systems; Izdatelstvo: Novosibirsk, Russia, 2000; in Russian.
39. Singh, R. K.; Tropsha, A.; Vaisman, I. I. J. Comput. Biol. 1996, 3, 213.
40. Shinoda, W.; Okazaki, S. J. Chem. Phys. 1998, 109, 1517.
41. Mezei, M.; Guarnieri, F. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 723.
42. Lo Conte, L.; Chothia, C.; Janin, J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 2177.
43. Pastor, N.; MacKerell, A. D., Jr.; Weinstein, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 787.
44. Soyer, A.; Chomilier, J.; Mornon, J. P.; Jullien, R.; Sadoc, J. F. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 3532.
45. Tsai, J.; Gerstein, M. Bioinformatics 2002, 18, 985.
46. Baranyai, A.; Ruff, I. J. Chem. Phys. 1986, 85, 365.
47. Ruocco, G.; Sampoli, M.; Vallauri, R. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6167.
48. Shih, J. P.; Sheu, S. Y.; Mou, C. Y. J. Chem. Phys. 1994, 100, 2202.
49. Gil Montoro, J. C.; Bresme, F.; Abascal, J. L. F. J. Chem. Phys. 1994, 101, 10892.
50. Voloshin, V. P.; Naberuknun, Y. I.; Medvedev, N. N.; Shik Jhon, M. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4981.
51. Luchnikov, V. A.; Medvedev, N. N.; Appelhagen, A.; Geiger, A. Mol. Phys. 1996, 88, 1337.
52. Jedlovszky, P. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5975.
53. Jedlovszky, P. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9113.
54. Icke, V.; van de Weygaert, R. Astron. Astrophys. 1987, 184, 16.
55. Zaninetti, L. Phys. Lett. A 1992, 165, 143.
56. Zhan, X. J.; Troy, J. B. Vis. Neurosci. 2000, 17, 23.
57. Ahnelt, P. K.; Fernandez, E.; Martinez, O.; Bolea, J. A.; Kübber-Heiss, A. J. Opt. Soc. Am. A 2000, 17, 580.
58. Mezei, M. MMC program at URL http://inka.mssm.edu/~mezei/mmc.
59. Jorgensen, W. L.; Chandrashekar, J.; Madura, J. D.; Impey, R.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
60. Schlenkirch, M.; Brickmann, J.; MacKerell, A. D., Jr.; Karplus, M. In Biological Membranes; Merz, K. M., Roux, B., Eds.; Birkhäuser: Boston, 1996; pp 31-82.
61. Mezei, M. J. Comput. Phys. 1983, 39, 128.
62. Jedlovszky, P.; Mezei, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 10770.
63. Jedlovszky, P.; Mezei, M. Mol. Phys. 1999, 96, 293.
64. Pasenkiewicz-Gierula, M.; Takaoka, Y.; Miyagawa, H.; Kitamura, K.; Kusumi, A. Biophys. J. 1999, 76, 1228.