First singlet (n,π*) excited state of hydrogen-bonded complexes between water and pyrimidine

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 109, Issue 8, 2005, Pages 1576-1586

  Cai, Zheng Li ^a   Reimers, Jeffrey R ^a  

^a UNIVERSITY OF SYDNEY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIMERS; ELECTRONIC STRUCTURE; FORMALDEHYDE; GROUND STATE; MOLECULES; PERTURBATION TECHNIQUES; PHOTOSYNTHESIS; POSITIVE IONS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SOLVENTS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; WATER;

COMPLETE-ACTIVE-SPACE SELF-CONSISTENT-FIELD (CASSCF); DENSITY FUNCTIONAL THEORY (DFT); HYDROGEN BONDING; PYRIMIDINE;

HYDROGEN BONDS;

EID: 14844351571     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp048309i     Document Type: Article

References (93)

1. Rablen, P. R.; Lockman, J. W.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 3782.
2. Jeffrey, G. A.; Saenger, W. Hydrogen Bonding in Biological Structure; Springer-Verlag: Berlin, 1991.
3. Baker, E. N.; Hubbard, R. E. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1984, 44, 97.
4. Baba, H.; Goodman, L.; Valenti, P. C. J. Am. Chem. Soc. 1966, 88, 5410.
5. Mctigue, P.; Renowden, P. V. J. Chem. Soc., Faraday 1 1975, 1784.
6. Carrabba, M. M.; Kenny, J. E.; Moomaw, W. R.; Cordes, J.; Denton, M. J. Phys. Chem. 1985, 89, 674.
7. Schauer, M.; Bernstein, E. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 726.
8. Wanna, J.; Menapace, J. A.; Bernstein, E. R. J. Chem. Phys. 1986, 85, 1795.
9. Wanna, J.; Bernstein, E. R. J. Chem. Phys. 1987, 86, 6707.
10. Macs, G.; Smets, J. J. Mol. Struct. 1992, 270, 141.
11. Destexhe, A.; Smets, J.; Adamowicz, L.; Maes, G. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1506.
12. Zoidis, E.; Yarwood, J.; Danten, Y.; Besnard, M. Mol. Phys. 1995, 85, 373.
13. Zoidis, E.; Yarwood, J.; Danten, Y.; Besnard, M. Mol. Phys. 1995, 85, 385.
14. Buyl, F.; Smets, J.; Maes, G.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 14967.
15. Del Bene, J. E.; Person, W.; Szczepaniak, K. Mol. Phys. 1996, 89, 47.
16. Szczepaniak, K.; Chabrier, P.; Person, W. B.; Del Bene, J. E. J. Mol. Struct. 1997, 436-437, 367.
17. McCarthy, W.; Smets, J.; Adamowicz, L.; Plokhotzichenos, A. M.; Radchenko, E. D.; Shenia, G. G.; Stepanian, S. G. Mol. Phys. 1997, 91, 513.
18. Zhang, B.; Cai, Y.; Mu, X.; Lou, N.; Wang, X. J. Chem. Phys. 2002, 117, 3701.
19. Melandri, S.; Sanz, M. E.; Caminati, W.; Favero, P. G.; Kisiel, Z. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11504.
20. Del Bene, J. E. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 5330.
21. Del Bene, J. E. Chem. Phys. 1976, 15, 463.
22. Del Bene, J. E. Chem. Phys. 1980, 50, 1.
23. Del Bene, J. E. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5902.
24. Del Bene, J. E.; Gwaltney, S. R.; Bartlett, R. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5124.
25. Del Bene, J. E. J. Comput. Chem. 1981, 2, 422.
26. Zeng, J.; Craw, J. S.; Hush, N. S.; Reimers, J. R. Chem. Phys. Lett. 1993, 206, 323.
27. Zeng, J.; Craw, J. S.; Hush, N. S.; Reimers, J. R. J. Chem. Phys. 1993, 99, 1482.
28. Zeng, J.; Hush, N. S.; Reimers, J. R. J. Chem. Phys. 1993, 99, 1495.
29. Zeng, J.; Hush, N. S.; Reimers, J. R. J. Chem. Phys. 1993, 99, 1508.
30. Zeng, J.; Hush, N. S.; Reimers, J. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 9561.
31. Maes, G.; Smets, J.; Adamowicz, L.; McCarthy, W.; Van Bael, M. K.; L Houben; Sboone, K. J. Mol. Struct. 1997, 410-411, 315.
32. Gao, J.; Byun, K. Theor. Chim. Acta 1997, 96, 151.
33. Hush, N. S.; Reimers, J. R. Chem. Rev. 2000, 100, 775.
34. de Almeida, K. J.; Coutinho, K.; de Almeida, W. B.; Rocha, W. R.; Canuto, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1583.
35. Martin, M. E.; Sanchez, M. L.; Aguilar, M. A.; del Valle, F. J. O. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2001, 537, 213.
36. Ramaekers, R.; Houben, L.; Adamowicz, L.; Maes, G. Vibr. Spectrosc. 2003, 32, 185.
37. Cai, Z.-L.; Reimers, J. R. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 8769.
38. McRae, E. G. J. Phys. Chem. 1957, 61, 562.
39. Liptay, W. In Modern Quantum Chemistry; Sinanoglu, O., Ed.; Academic Press: New York, 1965; Vol. III, p 45.
40. Rettig, W. J. Mol. Struct. 1982, 84, 303.
41. Zeng, J.; Woywod, C.; Hush, N. S.; Reimras, J. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8618.
42. Kleier, D. A.; Martin, R. L.; Wadt, W. R.; Moomaw, W. R. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 60.
43. Fischer, G.; Cai, Z.-L.; Reimers, J. R.; Wormell, P. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3093.
44. Karelson, M. M.; Zerner, M. C. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9405.
45. Karelson, M. M.; Zerner, M. C. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6949.
46. Hush, N. S.; Reimers, J. R. Coord. Chem. Rev. 1998, 177, 37.
47. Jorgensen, W. L.; McDonald, N. A. J. Mol. Struct. THEOCHEM 1988, 424, 145.
48. Spoliti, M.; Bencivenni, L.; Ramondo, F. THEOCHEM 1994, 303, 185.
49. Smets, J.; Adamowicz, L.; Maes. G. J. Mol. Struct. 1994, 322, 113.
50. Martoprawiro, M. A.; Bacskay, G. B. Mol. Phys. 1995, 85, 573.
51. Samanta, U.; Chakrabarti, P.; Chandrasekhai, J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 8964.
52. Smets, J.; McCarthy, W.; Maes, G.; Adamowicz, L. J. Mol. Struct. 1999, 476, 27.
53. Dkhissi, A.; Adamowicz, L.; Maes, G. J. Phys. Chem. 2000, 104, 2112.
54. Papai, I.; Jancso, G. J. Phys. Chem. 2000, 104, 2132.
55. Bauernschmitt, R.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 454.
56. Bauernschmitt, R.; Häser, M.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1997, 264, 573.
57. Casida, M. E.; Jamorski, C.; Casida, C. K.; Salahub, D. R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4439.
58. Stratmann, R. E.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 8218.
59. van Gisbergen, S. J. A.; Kootstra, F.; Schipper, P. R. T.; Gritsenko, O. V.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. Phys. Rev. A 1998, 57, 2556.
60. Tozer, D. J.; Amos, R. D.; Handy, N. C.; Roos, B. O.; Serrano-Andrés, L. Mol. Phys. 1999, 97, 859.
61. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
62. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
63. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
64. Hegarty, D.; Robb, M. A. Mol. Phys. 1979, 38, 1795.
65. Andersson, K.; Malmqvist, P.-C; Roos, B. O. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1218.
66. Purvis III, G. D.; Bartlett, R. J. J. Chem. Phys. 1982, 76, 1910.
67. Stanton, J. F.; Bartlett, R. J. J. Chem. Phys. 1993, 98, 7029.
68. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Baron, H.-P.; Bauemschmitt, R.; Böcker, S.; Ehrig, M.; Eichkorn, K.; Elliot, S.; Haase, F.; Häser, M.; Horn, H.; Huber, C.; Huniar, U.; Kattannek, M.; Kölmel, C.; Kollwitz, M.; Ochsenfeld, C.; Öhm, H.; Schäfer, A.; Schneider, U.; Treutler, O.; von Arnim, M.; Weigend, F.; Weis, P.; Weiss, H. TURBOMOLE; Quantum Chemistry Group The University of Karlsure: Karlsruhe, 1997 Version 4.
69. Eichkorn, K.; Treutler, O.; Oehm, H.; Haeser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 242, 652.
70. CPMD (Car-Parrinello Molecular Dynamics); IBM Corp, and MPI fuer Festkoerprtforschung: Stuttgart, 1997-2001.
71. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, I. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennuci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochtersi, J.; Patterson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, G.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Wong, W. Chen.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A7; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
72. Stanton, J. F.; Gauss, J.; Watts, J. D.; Nooijen, M.; Oliphant, N.; Perera, S. A.; Szalay, P. G.; Lauderdale, W. I.; Gwaltney, S. R.; Beck, S.; Balková, A.; Bernholdt, D. E.; Baeck, K.-K.; Rozyczko, P.; Sekioo, H.; Hober, C.; Bartlett, R. J. ACES II; Quantum Theory Project The University of Florida: Gainsville, 1999.
73. Helgaker, T.; Jensen, H. J. Aa.; Joergensen, P.; Olsen, J.; Ruud, K.; Aagren, H.; Andersen, T.; Bak, K. L.; Bakken, V.; Christiansen, O.; Dahle, P.; Dalskov, E. K.; Enevoldsen, T.; Fernandez, B.; Heiberg, H.; Hettema, H.; Jonsson, D.; Kirpekar, S.; Kobayashi, R.; Koch, R.; Mikkelsen, K. V.; Norman, P.; Packer, M. J.; Saue, T.; Taylor, P. R.; Vahtras, O. Dalton release 1.0, 1997.
74. Andersson, K.; Blomberg, M. R. A.; Fülscher, M. P.; Karlström, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P.-C.; Neogrády, P.; Olsen, J.; Roos, B. O.; Sadlej, A. J.; Seijo, L.; Serrano-Andrés, L.; Siegbahn, P. E. M.; Widmart, P.-O. Molcas Version 4; University of Lund: Lund, 1997.
75. Werner. H.-J.; Knowles, P. J.; Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Celani, P.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Hampel, C.; Lindh, R.; Lloyd, A. W.; Meyer, W.; Nicklass, A.; Peterson, K.; Pitzer, R.; Stone, A. J.; Taylor, P. R.; Mura, M. E.; Pulay, P.; Schatz, M.; Stoll, H.; Thorsteinsson, T. MOLPRO-2000, University of Birmingham: Birmingham, U.K., 2000.
76. Foresman, J. B.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 135.
77. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257.
78. Kendall, R. A.; Dunning Jr, T. H.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
79. Dunning Jr, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
80. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502.
81. Boys, S. F.; Benardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
82. van Duijneveldt, F. B.; van Duijnevldt-van de Rijdt, G. C.; van Leuthe, J. H. Chem. Rev. 1994, 94, 1973.
83. Dunning, T. H., Jr. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 9062.
84. Lambropoulos, N. A.; Reirners, J. R.; Hush, N. S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10277.
85. Innes, K. K.; Ross, I. G.; Moomaw, W. R. J. Mol. Spectrosc. 1988, 132, 492.
86. Hoy, A. R.; Bunker, P. B. J. Mol. Spectrosc. 1974, 74, 1.
87. Herzberg, G. Molecular spectra and molecular structure. III. Electronic spectra and electronic structure of polyatomic molecules; D. Van Nostrand: Princeton, NJ, 1966.
88. Kim, J. H.; Lee, H.-J.; Kim, E.-J.; Jung, H. J.; Choi, Y.-S.; Park, J.; Yoon, C.-J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 921.
89. Reimers, J. R.; Hush, N. S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4132.
90. Reimers, J. R.; Hush, N. S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3262.
91. Reimers, J. R.; Hush, N. S. Chem. Phys. 1993, 176, 407.
92. Weber, P.; Reimers, J. R. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9830.
93. Bolovinos, A.; Tsekeris, P.; Philis, J.; Phantos, E.; Andritsopoulos, G. J. Mol. Spectrosc. 1984, 103, 240.