Fast detection of single nucleotide polymorphisms (SNPs) by primer elongation with monitoring of supercritical-angle fluorescence

ChemBioChem

Volumn 5, Issue 12, 2004, Pages 1680-1685

  Krieg, Alexander ^a   Laib, Stephan ^a   Ruckstuhl, Thomas ^a   Seeger, Stefan ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Biosensors; DNA; Enzymes; Primer elongation; Single nucleotide polymorphisms

Indexed keywords

CYTIDINE; DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE; DOUBLE STRANDED DNA; PRIMER DNA;

ARTICLE; BIOSENSOR; BREAST CANCER; DNA SYNTHESIS; FLUORESCENCE; HUMAN; MONITORING; PRIORITY JOURNAL; PROTO ONCOGENE; REACTION ANALYSIS; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM; SUPERCRITICAL ANGLE FLUORESCENCE; TIME;

BASE PAIR MISMATCH; CARBOCYANINES; DNA; DNA MUTATIONAL ANALYSIS; DNA PRIMERS; FLUORESCENCE; FLUORESCENT DYES; GENES, ERBB-2; HUMANS; POLYMERASE CHAIN REACTION; POLYMORPHISM, SINGLE NUCLEOTIDE; TEMPLATES, GENETIC;

EID: 10844287985     PISSN: 14394227     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200400044     Document Type: Article

References (54)

1. E. S. Lander et al., Nature 2001, 409, 860.
2. J. C. Venter et al., Science 2001, 291, 1304.
3. M. Stoneking, Nature 2001, 409, 821.
4. R. Sachidanandam, D. Weissman, S. C. Schmidt, J. M. Kakol, L. D. Stein, G. Marth, S. Sherry, J. C. Mullikin, B. J. Mortimore, D. L. Willey, S. E. Hunt, C. G. Cole, P. C. Coggill, C. M. Rice, Z. M. Ning, J. Rogers, D. R. Bentley, P. Y. Kwok, E. R. Mardis, R. T. Yeh, B. Schultz, L. Cook, R. Davenport, M. Dante, L. Fulton, L. Hillier, R. H. Waterston, J. D. McPherson, B. Gilman, S. Schaffner, W. J. Van Etten, D. Reich, J. Higgins, M. J. Daly, B. Blumenstiel, J. Baldwin, N. S. Stange-Thomann, M. C. Zody, L. Linton, E. S. Lander, D. Altshuler, Nature 2001, 409, 928.
5. A. Chakravarti, Nature 2001, 409, 822.
6. E. R. Martin, E. H. Lai, J. R. Gilbert, A. R. Rogala, A. J. Afshari, L. Riley, K. L. Finch, F. Stevens, K. J. Livak, B. D. Slotterbeck, S. H. Slifer, L. L. Warren, P. M. Conneally, D. E. Schmechel, I. Purvis, M. A. Pericak-Vance, A. D. Roses, J. M. Vance, Am. J. Hum. Genet. 2000, 67, 383.
7. S. Schmidt, L. F. Barcellos, K. DeSombre, J. B. Rimmler, R. R. Lincoln, P. Bucher, A. M. Saunders, E. Lai, E. R. Martin, J. M. Vance, J. R. Oksenberg, S. L. Hauser, M. A. Pericak-Vance, J. L. Haines, Am. J. Hum. Genet. 2002, 70, 708.
8. M. M. Shi, Clin. Chem. 2001, 47, 164.
9. E. Marshall, Science 2003, 302, 588.
10. R. Coronini, M. A. de Looze, P. Puget, G. Bley, S.V. Ramani, Nat. Biotechnol. 2003, 21, 452.
11. H. A. Ho, M. Boissinot, M. G. Bergeron, G. Corbeil, K. Dore, D. Boudreau, M. Leclerc, Angew. Chem. 2002, 114, 1618; Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 1548.
12. H. A. Ho, M. Boissinot, M. G. Bergeron, G. Corbeil, K. Dore, D. Boudreau, M. Leclerc, Angew. Chem. 2002, 114, 1618; Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 1548.
13. S. Tyagi, F. R. Kramer, Nat. Biotechnol. 1996, 14, 303.
14. M. Olivier, L. M. Chuang, M.S. Chang, Y.T. Chen, D. Pei, K. Ranade, A. de Witte, J. Allen, N. Tran, D. Curb, R. Pratt, H. Neefs, M. D. Indig, S. Law, B. Neri, L. Wang, D. R. Cox, Nucleic Acids Res. 2002, 30, article no. e53; www.nar. oupjournals.org.
15. V. Lyamichev, A. L. Mast, J. G. Hall, J. R. Prudent, M. W. Kaiser, T. Takova, R. W. Kwiatkowski, T. J. Sander, M. de Arruda, D. A. Arco, B. P. Neri, M. A. D. Brow, Nat. Biotechnol. 1999, 17, 292.
16. M. Komiyama, S. Ye, X. G. Liang, Y. Yamamoto, T. Tomita, J. M. Zhou, H. Aburatani, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3758.
17. A. C. Syvanen, Hum. Mutat. 1999, 13, 1.
18. T. Pastinen, A. Kurg, A. Metspalu, L. Peltonen, A. C. Syvanen, Genome Res. 1997, 7, 606.
19. T. Pastinen, M. Raitio, K. Lindroos, P. Tainola, L. Peltonen, A. C. Syvanen, Genome Res. 2000, 10, 1031.
20. M. Schena, R. A. Heller, T. P. Theriault, K. Konrad, E. Lachenmeier, R. W. Davis, Trends Biotechnol. 1998, 16, 301.
21. M. C. Pirrung, Angew. Chem. 2002, 114, 1326; Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 1276.
22. M. C. Pirrung, Angew. Chem. 2002, 114, 1326; Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 1276.
23. J. A. P. Wilhelm, ChemBioChem 2003, 4, 1120.
24. L. G. Kostrikis, S. Tyagi, M. M. Mhlanga, D. D. Ho, F. R. Kramer, Science 1998, 279, 1228.
25. N. Patil, A. J. Berno, D. A. Hinds, W. A. Barrett, J. M. Doshi, C. R. Hacker, C. R. Kautzer, D. H. Lee, C. Marjoribanks, D. P. McDonough, B. T. N. Nguyen, M. C. Norris, J. B. Sheehan, N. P. Shen, D. Stern, R. P. Stokowski, D. J. Thomas, M. O. Trulson, K. R. Vyas, K. A. Frazer, S. P. A. Fodor, D. R. Cox, Science 2001, 294, 1719.
26. P. Ross, L. Hall, I. Smirnov, L. Haff, Nat. Biotechnol. 1998, 16, 1347.
27. T. J. Griffin, L. M. Smith, Trends Biotechnol 2000, 18, 77.
28. L. A. Haff, I. P. Smirnov, Genome Res. 1997, 7, 378.
29. A. Braun, D. P. Little, H. Koster, Clin. Chem. 1997, 43, 1151.
30. S. Sauer, I. G. Gut, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 1265.
31. X. N. Chen, B. Zehnbauer, A. Gnirke, P. Y. Kwok, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 10756.
32. X. N. Chen, P. Y. Kwok, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 347.
33. B. W. Kirk, M. Feinsod, R. Favis, R. M. Kliman, F. Barany, Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3295.
34. A. C. Syvanen, Nat. Rev. Genet. 2001, 2, 930.
35. P. Y. Kwok, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001, 2, 235.
36. I. G. Gut, Hum. Mutat. 2001, 17, 475.
37. T. Ruckstuhl, M. Rankl, S. Seeger, Biosens. Bioelectron. 2003, 18, 1193.
38. J. Enderlein, T. Ruckstuhl, S. Seeger, Appl. Opt. 1999, 38, 724.
39. T. Ruckstuhl, J. Enderlein, S. Jung, S. Seeger, Anal. Chem. 2000, 72, 2117.
40. T. Ruckstuhl, S. Seeger, WO 99/46596, 1999.
41. T. Ruckstuhl, S. Seeger, Appl. Opt. 2003, 42, 3277.
42. T. Ruckstuhl, S. Seeger, Opt. Lett. 2004, 29, 569.
43. A. Krieg, S. Laib, T. Ruckstuhl, S. Seeger, ChemBioChem 2003, 4, 589.
44. S. Brakmann, S. Lobermann, Angew. Chem. 2001, 113, 1473; Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 1427.
45. S. Brakmann, S. Lobermann, Angew. Chem. 2001, 113, 1473; Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 1427.
46. G. Giller, T. Tasara, B. Angerer, K. Muhlegger, M. Amacker, H. Winter, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2630.
47. T. Tasara, B. Angerer, M. Damond, H. Winter, S. Dorhofer, U. Hubscher, M. Amacker, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2636.
48. M. M. Ameyaw, M. Tayeb, N. Thornton, G. Folayan, M. Tariq, A. Mobarek, D. A. P. Evans, D. Ofori-Adjei, H. L. McLeod, J. Hum. Genet. 2002, 47, 172.
49. S. J. Fleishman, J. Schlessinger, N. Ben-Tal, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 15937.
50. S. J. Fleishman, J. Schlessinger, N. Ben-Tal, Biophys. J. 2003, 84, 394a.
51. L. Coussens, T. L. Yangfeng, Y. C. Liao, E. Chen, A. Gray, J. Mcgrath, P. H. Seeburg, T. A. Libermann, J. Schlessinger, U. Francke, A. Levinson, A. Ullrich, Science 1985, 230, 1132.
52. A. V. Fotin, A. L. Drobyshev, D. Y. Proudnikov, A. N. Perov, A. D. Mirzabekov. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1515.
53. R. G. Sosnowski, E. Tu, W. F. Butler, J. P. O'Connell, M. J. Heller, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 1119.
54. T. Ruckstuhl, D. Verdes, Opt. Express 2004, 12, 4246.