Charged gels as orienting media for measurement of residual dipolar couplings in soluble and integral membrane proteins

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 49, 2004, Pages 16259-16266

  Cierpicki, Tomasz ^a   Bushweller, John H ^a  

^a UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONCENTRATION (PROCESS); COPOLYMERS; DETERGENTS; MEMBRANES; MICELLES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEINS;

DIPOLAR COUPLINGS; PEPTIDES; POLYACRYLAMIDES;

GELS;

COPOLYMER; MEMBRANE PROTEIN; POLYACRYLAMIDE GEL;

ARTICLE; CHEMICAL COMPOSITION; CHEMICAL STRUCTURE; CONCENTRATION (PARAMETERS); CROSS COUPLING REACTION; DIPOLE; GELATION; MICELLE; MOLECULAR STABILITY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; STRUCTURE ANALYSIS;

BACTERIAL OUTER MEMBRANE PROTEINS; GELS; MEMBRANE PROTEINS; MICELLES; MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEINS; NEUROPEPTIDES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

EID: 10344256212     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja046054g     Document Type: Article

References (40)

1. Pervushin, K.; Riek, R.; Wider, G.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12366-12371.
2. Oxenoid, K.; Kim, H. J.; Jacob, J.; Sonnichsen, F. D.; Sanders, C. R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5048-5049.
3. Krueger-Koplin, R. D.; Sorgen, P. L.; Krueger-Koplin, S. T.; Rivera-Torres, I. O.; Cahill, S. M.; Hicks, D. B.; Grinius, L.; Krulwich, T. A.; Girvin, M. E. J. Biomol. NMR 2004, 28, 43-57.
4. Arora, A.; Abildgaard, F.; Bushweller, J. H.; Tamm, L. K. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 334-338.
5. Fernandez, C.; Adeishvili, K.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2358-2363.
6. Hwang, P. M.; Choy, W. Y.; Lo, E. I.; Chen, L.; Forman-Kay, J. D.; Raetz, C. R.; Prive, G. G.; Bishop, R. E.; Kay, L. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 13560-13565.
7. MacKenzie, K. R.; Prestegard, J. H.; Engelman, D. M. Science 1997, 276, 131-133.
8. Rastogi, V. K.; Girvin, M. E. Nature 1999, 402, 263-268.
9. Mesleh, M. F.; Lee, S.; Veglia, G.; Thiriot, D. S.; Marassi, F. M.; Opella, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8928-8935.
10. Gardner, K. H.; Rosen, M. K.; Kay, L. E. Biochemistry 1997, 36, 1389-1401.
11. Fernandez, C.; Hilty, C.; Wider, G.; Guntert, P.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 2004, 336, 1211-1221.
12. Prestegard, J. H.; Al-Hashimi, J. H.; Tolman, J. R. Q. Rev. Biophys. 2000, 33, 371-424.
13. Bax, A. Protein. Sci. 2003, 12, 1-16.
14. de Alba, E.; Tjandra, N. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2002, 40, 175-197.
15. Mueller, G. A.; Choy, W. Y.; Yang, D.; Forman-Kay, J. D.; Venters, R. A.; Kay, L. E. J. Mol. Biol. 2000, 300, 197-212.
16. Yang, D.; Venters, R. A.; Choy, W. Y.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 1999, 14, 333-343.
17. Vogeli, B.; Kovacs, H.; Pervushin, K. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2414-2420.
18. Bax, A.; Tjandra, N. J. Biomol. NMR 1997, 10, 289-292.
19. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Gronenborn, A. N. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10571-10572.
20. Sass, H. J.; Musco, G.; Stahl, S. J.; Wingfield, P. T.; Grzesiek, S. J. Biomol. NMR 2000, 18, 303-309.
21. Ishii, Y.; Markus, M. A.; Tycko, R. J. Biomol. NMR 2001, 21, 141-151.
22. Chou, J. J.; Kaufman, J. D.; Stahl, S. J.; Wingfield, P. T.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2450-2451.
23. Park, S. H.; Mrse, A. A.; Nevzorov, A. A.; Mesleh, M. F.; Oblatt-Montal, M.; Montal, M.; Opella, S. J. J. Mol. Biol. 2003, 333, 409-424.
24. Lee, S.; Mesleh, M. F.; Opella, S. J. J. Biomol. NMR 2003, 26, 327-334.
25. Meier, S.; Haussinger, D.; Grzesiek. S. J. Biomol. NMR 2002, 24, 351-356.
26. Ulmer, T. S.; Ramirez, B. E.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9179-9191.
27. Kim, M. H.; Cierpicki, T.; Derewenda, U.; Krowarsch, D.; Feng, Y.; Devedjiev, Y.; Dauter, Z.; Walsh, C. A.; Otlewski, J.; Bushweller, J. H.; Derewenda, Z. S. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 324-333.
28. Ottiger, M.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1998, 131, 373-378.
29. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293.
30. Zimmermann, P.; Tomatis, D.; Rosas, M.; Grootjans, J.; Leenaerts, I.; Degeest, G.; Reekmans, G.; Coomans, C.; David, G. Mol. Biol. Cell 2001, 12, 339-350.
31. Mosteller, F.; Tukey, J. Data analysis and regression: A second course in statistics; Addison-Wesley Publishing Co.: Don Mills, Ontario, 1977.
32. Losonczi, J. A.; Andrec, M.; Fischer, M. W.; Prestegard. J. H. J. Magn. Reson. 1999, 138, 334-342.
33. Cornilescu, G.; Marquardt, J. L.; Ottiger, M.; Bax. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6836-6837.
34. Tycko, R.; Blanco, F. J.; Ishii, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9340-9341.
35. Chou, J. J.; Gaemers, S.; Howder, B.; Louis, J. M.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2001, 21, 377-382.
36. Zweckstetter, M.; Hummer, G.; Bax, A. Biophys. J. 2004, 86, 3444-3460.
37. Al-Hashimi, H. M.; Valafar, H.; Terrell, M.; Zartler, E. R.; Eidsness, M. K.; Prestegard, J. H. J. Magn. Reson. 2000, 143, 402-406.
38. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Bewlwy, C. A.; Cai, M.; Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6513-6514.
39. Permi, P. J. Biomol. NMR 2003, 27, 341-349.
40. Ramirez, B. E.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9106-9107.