Site selection in tandem arrays of metal-binding domains

Inorganic Chemistry

Volumn 43, Issue 25, 2004, Pages 7897-7901

  Thickman, Karen R ^a,c   Davis, Alisa ^a,d   Berg, Jeremy M ^a,b,d  

^a JOHNS HOPKINS UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b Natcher Building 2As12 ^*  (United States)

^c JOHNS HOPKINS BLOOMBERG SCHOOL OF PUBLIC HEALTH   (United States)

^d NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COBALT; CYSTEINE; HISTIDINE; METAL; PEPTIDE; TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR; ZINC FINGER PROTEIN;

BINDING AFFINITY; BINDING SITE; DISSOCIATION CONSTANT; METAL BINDING; PROTEIN DOMAIN; REVIEW;

AMINO ACID SEQUENCE; BINDING SITES; METALS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; TRANSCRIPTION FACTOR TFIIIA; TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR-ASSOCIATED PEPTIDES AND PROTEINS; ZINC FINGERS;

EID: 10044281561     PISSN: 00201669     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic048850t     Document Type: Review

References (40)

1. Berg, J. M. Science 1986, 232, 485-7.
2. Schwabe, J. W.; Klug, A. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 345-9.
3. Berg, J. M. J. Biol. Chem. 1990, 265, 6513-6.
4. Berg, J. M.; Shi, Y. Science 1996, 271, 1081-5.
5. Matthews, J. M.; Sunde, M. IUBMB Life 2002, 54, 351-5.
6. Miller, J.; McLachlan, A. D.; Klug, A. EMBO J. 1985, 4, 1609-14.
7. Brown, R. S.; Sander, C.; Argos, P. FEBS Lett. 1985, 186, 271-4.
8. Schuh, R.; Aicher, W.; Gaul, U.; Cote, S.; Preiss, A.; Maier, D.; Seifert, E.; Nauber, U.; Schroder, C.; Kemler, R. Cell 1986, 47, 1025-32.
9. Hartshorne, T. A.; Blumberg, H.; Young, E. T. Nature 1986, 320, 283-7.
10. Kadonaga, J. T.; Carner, K. R.; Masiarz, F. R.; Tjian, R. Cell 1987, 51, 1079-90.
11. Ruppert, J. M.; Kinzler, K. W.; Wong, A. J.; Bigner, S. H.; Kao, F. T.; Law, M. L.; Seuanez, H. N.; O'Brien, S. J.; Vogelstein, B. Mol. Cell Biol. 1988, 8, 3104-13.
12. Bellefroid, E. J.; Lecocq, P. J.; Benhida, A.; Poncelet, D. A.; Belayew, A.; Martial, J. A. DNA 1989, 8, 377-87.
13. Pellegrino, G. R.; Berg, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 671-5.
14. Lander, E. S.; Linton, L. M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M. C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; LeVine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, J. P.; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; Sougnez, C.; Stange-Thomann, N.; Stojanovic, N.; Subramanian, A.; Wyman, D.; Rogers, J.; Sulston, J.; Ainscough, R.; Beck, S.; Bentley, D.; Burton, J.; Clee, C.; Carter, N.; Coulson, A.; Deadman, R.; Deloukas, P.; Dunham, A.; Dunham, I.; Durbin, R.; French, L.; Grafham, D.; Gregory, S.; Hubbard, T.; Humphray, S.; Hunt, A.; Jones, M.; Lloyd, C.; McMurray, A.; Matthews, L.; Mercer, S.; Milne, S.; Mullikin, J. C.; Mungall, A.; Plumb, R.; Ross, M.; Shownkeen, R.; Sims, S.; Waterston, R. H.; Wilson, R. K.; Hillier, L. W.; McPherson, J. D.; Marra, M. A.; Mardis, E. R.; Fulton, L. A.; Chinwalla, A. T.; Pepin, K. H.; Gish, W. R.; Chissoe, S. L.; Wendl, M. C.; Delehaunty, K. D.; Miner, T. L.; Delehaunty, A.; Kramer, J. B.; Cook, L. L.; Fulton, R. S.; Johnson, D. L.; Minx, P. J.; Clifton, S. W.; Hawkins, T.; Branscomb, E.; Predki, P.; Richardson, P.; Wenning, S.; Slezak, T.; Doggett, N.; Cheng, J. F.; Olsen, A.; Lucas, S.; Elkin, C.; Uberbacher, E.; Frazier, M. Nature 2001, 409, 860-921.
15. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C. Science 2001, 291, 1304-51.
16. Berg, J. M.; Merkle, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 3759-3761.
17. Green, L. M.; Berg, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 4047-51.
18. Roehm, P. C.; Berg, J. M. Biochemistry 1997, 36, 10240-5.
19. Worthington, M. T.; Amann, B. T.; Nathans, D.; Berg, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13754-9.
20. Berkovits, H. J.; Berg, J. M. Biochemistry 1999, 38, 16826-30.
21. Magyar, J. S.; Godwin, H. A. Anal. Biochem 2003, 320, 39-54.
22. Payne, J. C.; Rous, B. W.; Tenderholt, A. L.; Godwin, H. A. Biochemistry 2003, 42, 14214-24.
23. Ghering, A. B.; Shokes, J. E.; Scott, R. A.; Omichinski, J. G.; Godwin, H. A. Biochemistry 2004, 43, 8346-55.
24. Kim, C. A.; Berg, J. M. Nature 1993, 362, 267-70.
25. Blasie, C. A.; Berg, J. M. Biochemistry 1997, 36, 6218-22.
26. Blasie, C. A.; Berg, J. M. Biochemistry 2002, 41, 15068-73.
27. Blasie, C. A.; Berg, J. M. Biochemistry 2004, 43, 10600-4.
28. Rothe, M.; Wong, S. C.; Henzel, W. J.; Goeddel, D. V. Cell 1994, 78, 681-92.
29. Bradley, J. R.; Pober, J. S. Oncogene 2001, 20, 6482-91.
30. Krizek, B. A.; Amann, B. T.; Kilfoil, V. J.; Merkle, D. L.; Berg, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4518-4523.
31. Krizek, B. A.; Berg, J. M. Inorg. Chem. 1992, 31, 2984-2986.
32. Krizek, B. A.; Merkle, D. L.; Berg, J. M. Inorg. Chem. 1993, 32, 937-940.
33. Berg, J. M.; Godwin, H. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 357-371.
34. Polekhina, G.; House, C. M.; Traficante, N.; Mackay, J. P.; Relaix, F.; Sassoon, D. A.; Parker, M. W.; Bowtell, D. D. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 68-75.
35. Michael, S. F.; Kilfoil, V. J.; Schmidt, M. H.; Amann, B. T.; Berg, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 4796-800.
36. Joazeiro, C. A.; Weissman, A. M. Cell 2000, 102, 549-52.
37. Narayan, V. A.; Kriwacki, R. W.; Caradonna, J. P. J. Biol. Chem. 1997, 272, 7801-9.
38. Merkle, D. L.; Schmidt, M. H.; Berg, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5450-5451.
39. Shi, Y.; Beger, R. D.; Berg, J. M. Biophys. J. 1993, 64, 749-53.
40. Krizek, B. A.; Zawadzke, L. E.; Berg, J. M. Protein Sci. 1993, 2, 1313-9.