Ultrasensitive Proteomics Using High-Efficiency On-Line Micro-SPE-NanoLC-NanoESI MS and MS/MS

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 1, 2004, Pages 144-154

  Shen, Yufeng ^a   Tolić, Nikola ^a   Masselon, Christophe ^a   Paša Tolić, Ljiljana ^a   Camp II, David G ^a   Hixson, Kim K ^a   Zhao, Rui ^a   Anderson, Gordon A ^a   Smith, Richard D ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELL CULTURE; CELLS; CYCLOTRON RESONANCE; FOURIER TRANSFORMS; IONIZATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MICROORGANISMS;

FLOW RATES; OPEN READING FRAMES;

PROTEINS;

PROTEOME;

ACCURACY; ARTICLE; BACTERIUM CULTURE; CELL POPULATION; CONTROLLED STUDY; DATA ANALYSIS; DEINOCOCCUS RADIODURANS; DYNAMICS; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; ELUTION; FLOW RATE; INSTRUMENTATION; INTERMETHOD COMPARISON; ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETRY; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MAMMAL CELL; MASS SPECTROMETRY; MEASUREMENT; METHODOLOGY; MICROORGANISM; NONHUMAN; OPEN READING FRAME; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; SAMPLE; SAMPLE SIZE; SENSITIVITY ANALYSIS; SEPARATION TECHNIQUE; SOLID PHASE EXTRACTION; TIME; VELOCITY;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BACTERIAL PROTEINS; DEINOCOCCUS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NANOTECHNOLOGY; PROTEOMICS; SERUM ALBUMIN, BOVINE; SPECTROSCOPY, FOURIER TRANSFORM INFRARED;

EID: 0347361594     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac030096q     Document Type: Article

References (49)

1. Heppner, G. H.; Miller, F. R. Int. Rev. Cytol. 1998, 177, 1-56.
2. Emmert-Buck, M. R.; Bonner, R. F.; Smith, P. D.; Chuaqui, R. F.; Zhuang, Z.; Goldstein, S. R.; Weiss, R. A.; Liotta, L. A. Science 1996, 274, 998-1001.
3. Bonner, R. F.; Emmert-Buck, M. R.; Cole, K.; Pohida, T.; Chuaqui, R.; Goldstein, S.; Liotta, L. A. Science 1997, 278, 1481-1483.
4. Oosterkamp, A. J.; Gelpi, E.; Abian, J. J. Mass Spectrom. 1998, 33, 976-983.
5. Bateman, K. P.; White, R. L.; Thibault, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 307-315.
6. Wahl, J. H.; Goodlett, D. R.; Udseth, H. R. Smith, R. D. Electrophoresis 1993, 14, 448-457.
7. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 1-35.
8. Belov, M. E.; Gorshkov, M. V.; Udseth, H. R.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 2271-2279.
9. Hofstadler, S. A.; Severs, J. C.; Smith, R. D.; Swanek, F. D.; Ewing, A. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 919-922;
10. Wahl, J. H.; Goodlett, D. R.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1992, 64, 3194-3196.
11. Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. K.; McLafferty, F. W. Science 1996, 273, 1199-1202.
12. Martin, S. E.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Marto, J. A. Anal. Chem. 2000, 72, 4266-4274.
13. Quenzer, T. L.; Emmett, M. R.; Hendrickson, C. L.; Kelly, P. H.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2001, 73, 1721-1725.
14. Haskins, W. E.; Wang, Z.; Watson, C. J.; Rostand, R. R.; Witowski, S. R. ; Powell, D. H.; Kennedy, R. T. Anal. Chem. 2001, 73, 5005-5014.
15. Shen, Y.; Zhao, R.; Berger, S. J.; Anderson, G. A.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 4235-4249.
16. Shen, Y.; Moore, R. J.; Zhao, R.; Blonder, J.; Auberry, D. L.; Masselon, C.; Paša-Tolić, L.; Hixson, K. K.; Auberry, K. J.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 3596-3605.
17. Shen, Y.; Zhao, R.; Belov, M. E.; Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Tang, K.; Paša-Tolić L.; Veenstra, T. D.; Lipton, M. S.; Udseth, H.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 1766-1775.
18. Shen, Y.; Tolić N.; Zhao, R.; Paša-Tolić, L.; Li, L.; Berger, S. J.; Harkewicz, R.; Anderson, G. A.; Belov, M. E.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 3011-3021.
19. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
20. McDonald, W. H.; Ohi, R.; Miyamoto, D. T.; Mitchison, T. J.; Yates, J. R. Int. J. Mass Spectrum. 2002, 219, 245-251.
21. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
22. Smith, R. D.; Paša-Tolić L.; Lipton, M. S.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Udseth, H.; Harkewicz, R.; Belov, M. E.; Masselon, C.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2001, 22, 1652-1668.
23. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Paša-Tolić, L.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. Proteomics 2002, 2, 513-523.
24. Lipton, M. S.; Paša-Tolić L.; Anderson, G. A.; Auberry, D. L.; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H.; Conrads, T. P.; Masselon, C.; Markille, M. L.; Moore, R. J. ; Romine, M. F.; Shen, Y.; Toliç, N.; Udseth, H.; Veenstra, T. D.; Venkateswaran, A.; Wong, K. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049-11054.
25. Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Wen, J.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2595-2599.
26. Harkewicz, R.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Paša-Tolić, L.; Masselon, C. D.; Prior, D. C.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 144-154.
27. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332.
28. ftp://ftp.tigr.org/pub/data/dradiodurans/GDR.pep; http://www. ncbi.nlm.nih.gov/.
29. Venkateswaran, A.; McFarlan, S. C.; Ghosal, D.; Minton, K. W.; Vasilenko, A.; Makarova, K.; Wackett, L. P.; Daly, M. J. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 2620-2626.
30. Guček, M.; Gaspari, M.; Walhagen, K.; Vreeken, R. J.; Verheij, E. R.; van der Greef, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1448-454.
31. Anderson, G. A.; et al. Proceedings of the 46th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 1998; p 1270.
32. Chen, L.; Cottrell, C.; Marshall, A. G. Chemom. Intell. Lab. 1986, 1, 51-58.
33. Meek, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1980, 77, 1632-1636.
34. Regnier, F. E. Science 1987, 238, 319-323.
35. Masselon, C.; Tolmachev, A. V.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 99-106.
36. Strittmatter, E. F.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003. 75, 460-468.
37. Strittmatter, E. F.; Ferguson, P. L.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 980-991.
38. Zhang, Z.; Krylov, S.; Arriaga, E. A.; Polakowski, R.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 2000, 72, 318-322.
39. Quadroni, M.; James, P. Electrophoresis 1999, 20, 664-677.
40. Masselon, C. D.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Bruce, J. E.; Paša-Tolić, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 1918-1924.
41. Li, L.; Masselon, C. D.; Anderson, G. A.; Paša-Tolić, L.; Lee, S. W.; Shen, Y.; Zhao, R.; Lipton, M. S.; Conrads, T. P.; Tolic, N.; Udseth, H.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 3312-3322.
42. Masselon, C. D.; Paša-Tolić, L.; Lee, S.-W.; Li, L.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. Proteomics 2003, 3. 1279-1286.
43. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
44. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
45. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
46. Mirgorodskaya, O. A.; Kozmin, Y. P.; Titov, M. L.; Körner, R.; Sönksen, C. P.; Roepstorff, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1226-1232.
47. Gerber, S. A. Rush, J.; Stemmann, O.; Steen, H.; Kirschner, M. W.; Gygi, S. P. 50th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 2002; p 1538.
48. Wang, W.; Shaler, T. A.; Norton, S. M.; Hill, L. R.; Lin, H.; Zhou, H.; Roy, S. M.; Hastings, C. A.; Becker, C. H. 50th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, 1620, 2002; 1620.
49. Zhang, R.; Regnier, F. E. J. Proteome Res. 2002, 1, 139-147.