Assay of Transient State Kinetics of RNA Polymerase II Elongation

Methods in Enzymology

Volumn 371, Issue , 2003, Pages 252-264

  Nedialkov, Yuri A ^a   Gong, Xue Q ^a   Yamaguchi, Yuki ^b   Handa, Hiroshi ^b   Burton, Zachary F ^a  

^a Michigan State University   (United States)

^b TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA POLYMERASE; ELONGATION COMPLEX; NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE; PROTEIN; RNA; RNA POLYMERASE II; TRANSCRIPTION FACTOR; UNCLASSIFIED DRUG;

DNA TEMPLATE; ENZYME ASSAY; ENZYME KINETICS; ENZYME MECHANISM; ESCHERICHIA COLI; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; RNA SYNTHESIS; RNA TRANSLATION;

ESCHERICHIA COLI;

EID: 0347104484     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(03)71018-0     Document Type: Article

References (35)

1. K. A. Johnson, Methods Enzymol. 249, 38 (1995).
2. K. A. Johnson, Enzymes 20, 1 (1992).
3. A. L. Gnatt, P. Cramer, J. Fu, D. A. Bushnell, and R. D. Kornberg, Science 292, 1876 (2001).
4. S. S. Patel, I. Wong, and K. A. Johnson, Biochemistry 30, 511 (1991).
5. I, Wong, S. S. Patel, and K. A. Johnson, Biochemistry 30, 526 (1991).
6. M. J. Donlin, S. S. Patel, and K. A. Johnson, Biochemistry 30, 538 (1991).
7. L. Lei, D. Ren, and Z. F. Burton, Mol. Cell Biol. 19, 8372 (1999).
8. S. Tan, T. Aso, R. C. Conaway, and J. W. Conaway, J. Biol. Chem. 269, 25684 (1994).
9. M. G. Izban and D. S. Luse, J. Biol. Chem. 267, 13647 (1992).
10. E. Bengal, O. Flores, A. Krauskopf, D. Reinberg, and Y. Aloni, Mol. Cell Biol. 11, 1195 (1991).
11. H. Cho, T. K. Kim, H. Mancebo, W. S. Lane, O. Flores, and D. Reinberg, Genes Dev. 13, 1540 (1999).
12. S. S. Mandal, H. Cho, S. Kim, K. Cabane, and D. Reinberg, Mol. Cell Biol. 22, 1173 (2002).
13. T. Wada, T. Takagi, Y. Yamaguchi, A. Ferdous, T. Imai, S. Hirose, S. Sugimoto, K. Yano, G. A. Hartzog, F. Winston, S. Buratowski, and H. Handa, Genes Dev. 12, 343 (1998).
14. D. B. Renner, Y. Yamaguchi, T. Wada, H. Handa, and D. H. Price, J. Biol. Chem. 276, 42601 (2001).
15. Y. Yamaguchi, T. Takagi, T. Wada, K. Yano, A. Furuya, S. Sugimoto, J. Hasegawa, and H. Handa, Cell 97, 41 (1999).
16. Y. Yamaguchi, T. Wada, T. D. Watanabe, T. Takagi, J. Hasegawa, and H. Handa, J. Biol. Chem. 274, 8085 (1999).
17. Y. Yamaguchi, N. Inukai, T. Narita, T. Wada, and H. Handa, Mol. Cell Biol. 22, 2918 (2002).
18. A. Shilatifard, D. Haque, R. C. Conaway, and J. W. Conaway, J. Biol. Chem. 272, 22355 (1997).
19. A. Shilatifard, D. R. Ruan, D. Haque, C. Florence, W. H. Schubach, J. W. Conaway, and R. C. Conaway, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 3639 (1997).
20. A. Shilatifard, W. S. Lane, K. W. Jackson, R. C. Conaway, and J. W. Conaway, Science 271, 1873 (1996).
21. T. Aso, W. S. Lane, J. W. Conaway, and R. C. Conaway, Science 269, 1439 (1995).
22. R. J. Moreland, J. S. Hanas, J. W. Conaway, and R. C. Conaway, J. Biol. Chem. 273, 26610 (1998).
23. J. N. Bradsher, S. Tan, H. J. McLaury, J. W. Conaway, and R. C. Conaway, J. Biol. Chem. 268, 25594 (1993).
24. C. P. Selby and A. Sancar, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 11205 (1997).
25. Y. Yamaguchi, J. Filipovska, K. Yano, A. Furuya, N. Inukai, T. Narita, T. Wada, S. Sugimoto, M. M. Konarska, and H. Handa, Science 293, 124 (2001).
26. M. G. Izban and D. S. Luse, J. Biol. Chem. 268, 12864 (1993).
27. D. Reines, M. J. Chamberlin, and C. M. Kane, J. Biol. Chem. 264, 10799 (1989).
28. Y. A. Nedialkov, X. Q. Gong, S. L. Hovde, Y. Yamaguchi, H. Handa, J. H. Geiger, H. Yan, and Z. F. Burton, J. Biol. Chem. 278, 18303 (2003).
29. C. Zhang, H. Yan, and Z. F. Burton, J. Biol. Chem. 278, (in press) (2003).
30. J. D. Funk, Y. A. Nedialkov, D. Xu, and Z. F. Burton, J. Biol. Chem. 46998 (2002).
31. J. A. Arias and W. S. Dynan, J. Biol. Chem. 264, 3223 (1989).
32. D. J. Shapiro, P. A. Sharp, W. W. Wahli, and M. J. Keller, DNA 7, 47 (1988).
33. J. E. Foster, S. F. Holmes, and D, A. Erie, Cell 106, 243 (2001).
34. D. H. Price, A. E. Sluder, and A. L. Greenleaf, Mol. Cell Biol. 9, 1465 (1989).
35. P. Kuzmic, Anal. Biochem. 237, 260 (1996).