Ligand Binding in a Docking Site of Cytochrome c Oxidase: A Time-Resolved Step-Scan Fourier Transform Infrared Study

Journal of the American Chemical Society

Volumn 125, Issue 48, 2003, Pages 14728-14732

  Koutsoupakis, Constantinos ^a   Soulimane, Tewfik ^b   Varotsis, Constantinos ^a  

^a UNIVERSITY OF CRETE   (Greece)

^b PAUL SCHERRER INSTITUTE   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSIS; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; PHOTOLYSIS; REDUCTION;

LIGAND BINDING;

ENZYMES;

CARBON MONOXIDE; CYTOCHROME C OXIDASE; HEME; IRON; NITRIC OXIDE; OXYGEN; PROPIONIC ACID;

ARTICLE; DISSOCIATION; ENVIRONMENTAL TEMPERATURE; FOURIER TRANSFORMATION; INFRARED SPECTROSCOPY; LIGAND BINDING; NONHUMAN; PHOTOLYSIS; REDUCTION; THERMOPHILIC BACTERIUM;

BACTERIAL PROTEINS; BINDING SITES; CARBON MONOXIDE; ELECTRON TRANSPORT COMPLEX IV; HEME; LIGANDS; PHOTOLYSIS; SPECTROSCOPY, FOURIER TRANSFORM INFRARED; THERMUS THERMOPHILUS;

EID: 0344961407     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja036107e     Document Type: Article

References (44)

1. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Science 1995, 269, 962-966.
2. Elber, R.; Karplus, M. Science 1987, 235, 318-321.
3. Moore, J. N.; Hansen, P. A.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 5062-5066.
4. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598-1603.
5. Ostermann, A.; Waschipky, R.; Parak, F. G.; Nienhaus, G. U. Nature 2000, 404, 205-208.
6. Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Austin, R. H.; Chu, K.; Groves, J. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2370-2374.
7. Austin, R. H.; Beeson, K. W.; Becson, K. W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Gunsalus, I. C. Biochemistry 1975, 14, 5355-5373.
8. Lamb, D. C.; Nienhaus, K.; Arcovito, A.; Draghi, F.; Miele, A. E.; Brunori, M.; Nienhaus, G. U. J. Biol. Chem. 2002, 277, 11636-11644.
9. Moffat, K. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 641-643.
10. Olson, J. S.; Phillips, G. N., Jr. J. Biol. Chem. 1996, 271, 17593-17596.
11. Sagnella, D. E.; Straub, J. E.; Jackson, T. A.; Lira, M.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14324-14329.
12. Vitkup, D.; Petsko, G. A.; Karplus, M. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 200-206.
13. Chu, K.; Ernst, R. M.; Frauenfelder, H.; Mourant, J. R.; Nienhaus, G. U. ; Philipp, R. Phys. Rev. Lett. 1995, 74, 2607-2610.
14. Meller, J.; Elber, R. Biophys. J. 1998, 74, 789-802.
15. Lian, T.; Locke, B.; Kitagawa, T.; Nagai, M.; Hochstrasser, R. M. Biochemistry 1993, 32, 5809-5814.
16. Varotsis, C.; Zhang, Y.; Appelman, E. H.; Babcock, G. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 237-241.
17. Giuffrè, A.; Stubauer, G.; Sarti, P.; Brunori, M.; Zumft, W. G.; Buse, G.; Soulimane, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14718-14723.
18. Soulimane, T.; Buse, G.; Bourenkov, G. P.; Bartunik, H. D.; Huber, R.; Than, M. E. EMBO J. 2000, 19, 1766-1776.
19. Yoshikawa, S.; Shinzawa-Itoh, K.; Nakashima, R.; Yaono, R.; Yamashita, E.; Inoue, N.; Yao, M.; Fei, M. J.; Libeu, C. P.; Mizushima, T.; Yamaguchi, H.; Tomizaki, T.; Tsukihara, T. Science 1998, 280, 1723-1729.
20. Ostermeier, C.; Harrenga, A.; Ermler, U.; Michel, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10547-10553.
21. Abramson, J.; Riistama, S.; Larsson, G.; Jasaitis, A.; Svensson-Ek, M.; Laakkonen, L.; Puustinen;-A., Iwata, S.; Wikstrom, M. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 910-917.
22. Liebl, U.; Lipowski, G.; Nigrerie, M.; Lambry, J.-C.; Martin, J.-L.; Vos, M. H. Nature 1999, 401, 181-184.
23. Woodruff, W. H. J. Bioenerg. Biomembr. 1993, 25, 177-188.
24. Giuffrè, A.; Forte, E.; Antonini, G.; D'Itri, E.; Brunori, M.; Soulimane, T.; Buse, G. Biochemistry 1999, 38, 1057-1065.
25. Alben, J. O.; Moh, P. P.; Fiamingo, F. G.; Altschuld, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 234-237.
26. Mizutani, Y.; Kitagawa, T. Science 1997, 278, 443-446.
27. Hartmann, H.; Zinser, S.; Komninos, P.; Schneider, R. T.; Nienhaus, G. U.; Parak, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 7013-7016.
28. Schlichting, I.; Berendzen, J.; Phillips, G. N., Jr.; Sweet, R. M. Nature 1994, 371, 808-812.
29. Chu, K.; Vojtchovsky, J.; McMahon, B. H.; Sweet, R. M.; Berendzen, J.; Schlichting, I. Nature 2000, 403, 921-923.
30. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 209-214.
31. Koutsoupakis, K.; Stavrakis, S.; Pinakoulaki, E.; Soulimane, T.; Varotsis, C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 32860-32866.
32. Pinakoulaki, E.; Soulimane, T.; Varotsis, C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 32867-32874.
33. Stavrakis, S.; Koutsoupakis, K.; Pinakoulaki, E.; Urbani, A.; Saraste, M.; Varotsis, C. J. Am. Chem. Soc. 2002, 724, 3814-3815.
34. Koutsoupakis, K.; Stavrakis, S.; Soulimane, T.; Varotsis, C. J. Biol. Chem. 2003, 278, 14893-14896.
35. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4355-4366.
36. Findsen, E. W.; Centeno, J.; Babcock, G. T.; Ondrias, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109. 5367-5372.
37. Dyer, R. B.; Peterson, K. A.; Stoutland, P. O.; Woodruff, W. H. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113. 6276-6277.
38. Varotsis, C.; Babcock, G. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11260-11269.
39. Schelvis, J. P. M.; Deinum, G.; Varotsis, C.; Fergusson-Miller, S.; Babcock, G. T. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8409-8416.
40. Alben, J. O.; Beece, D.; Bowne, S. F.; Doster, W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Good, D.; McDonald, J. D.; Marden, M. C.; Moh, P. P.; Reinisch, L.; Reynolds, A. H.; Shyamsunder, E.; Yue, K. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 3744-3748.
41. Anfinrud, P. A.; Han, C.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8387-8391.
42. Eich, R. F.; Li, T.; Lemon D. D.; Doherty, D. H.; Curry, S. R.; Aitken, J. F.: Mathews, A. J.; Johnson, K. A.; Smith, R. D.; Phillips, G. N., Jr.; Olson, J. S. Biochemistry 1996, 35, 6976-6983.
43. Srajer, V.; Teng, T.-y.; Ursby, T.; Pradervand, C.; Ren, Z.; Adachi. S.-i.; Schildkamp, W.; Bourgeois, D.; Wulff, M.; Moffat, K. Science 1996, 274. 1726-1729.
44. Koutsoupakis, C.; Soulimane, T.; Varotsis, C. J. Biol. Chem. 2003, 278, 36806-36809.