Intraprotein Electrostatics Derived from First Principles: Divide-and-Conquer Approaches for QM/MM Calculations

Journal of Computational Chemistry

Volumn 24, Issue 16, 2003, Pages 1971-1979

  Molina, Pablo A ^a   Li, Hui ^a   Jensen, Jan H ^a  

^a E11 SSH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARRIER CONCENTRATION; COMPUTATIONAL METHODS; ELECTRONIC STRUCTURE; ELECTROSTATICS; HYDROGEN BONDS; PROTEINS; PROTONS;

NEUTRALIZATION METHODS; PROTON AFFINITY;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0242494830     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.10333     Document Type: Article

References (45)

1. Buckingham, A. D.; Fowler, P. W. J Chem Phys 1983, 79, 6426-6428.
2. Buckingham, A. D.; Fowler, P. W. Can J Chem 1985, 63, 2018-2025.
3. Stone, A. J.; Price, S. L. J Phys Chem 1988, 92, 3325-3335.
4. Price, S. L.; Harrison, R. J.; Guest, M. F. J Comput Chem 1989, 10, 552-567.
5. Sokalski, W. A.; Maruszewski, K.; Harihan, P. C.; Kaufman, J. J. Int J Quantum Chem Quant Biol Symp 1989, 16, 119.
6. Faerman, C. H.; Price, S. L. J Am Chem Soc 1990, 112, 4915-4926.
7. Price, S. L.; Richards, N. G. J. J Comp-Aided Mol Design 1991, 5, 41-54.
8. Wiberg, K. B.; Rablen, P. R. J Comput Chem 1993, 14, 1504-1518.
9. Dudek, M. J.; Ponder, J. W. J Comput Chem 1995, 16, 791-816.
10. Dixon, R. W.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1997, 18, 1632-1646.
11. Kosov, D. S.; Popelier, P. L. A. J Chem Phys 2000, 113, 3969-3974.
12. Minikis, R. M.; Kairys, V.; Jensen, J. H. J Phys Chem A 2001, 105, 3829-3837.
13. Tiraboschi, G.; Foumie-Zaluski, M. C.; Roques, B. P.; Gresh, N. J Comput Chem 2001, 22, 1038-1047.
14. Malta, C. F.; Bader, R. F. W. Proteins 2000, 40, 310-329.
15. Sokalski, W. Amino Acids 1994, 7, 19-26.
16. Dardenne, L. E.; Werneck, A. S.; Neto, M. O.; Bisch, P. M. J Comput Chem 2001, 22, 689-701.
17. Kedzierski, P.; Sokalski, W. A. J Comput Chem 2001, 22, 1082-1097.
18. Gresh, N. J Chim Phys Phys Chim Biol 1997, 94, 1365-1416.
19. Koch, U.; Stone, A. J. J Chem Soc Faraday Trans 1996, 92, 1701-1708.
20. Price, S. L.; Stone, A. J. J Chem Soc Faraday Trans 1992, 88, 1755-1763.
21. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J Chem Phys 1996, 105, 1968-1986.
22. Bandyopadhyay, P.; Gordon, M. S. J Chem Phys 2000, 113, 1104-1109.
23. Bellido, M. N.; Rullmann, J. A. C. J Comput Chem 1989, 10, 479-487.
24. Vignemaeder, F.; Claverie, P. J Chem Phys 1988, 88, 4934-4948.
25. Young, L.; Topol, I. A.; Rashin, A. A.; Burt, S. K. J Comput Chem 1997, 18, 522-532.
26. Molina, P. A.; Sikorski, R. S.; Jensen, J. H. Theor Chem Acc 2003, 109, 100-107.
27. Li, H.; Hains, A. W.; Everts, J. E.; Robertson, A. D.; Jensen, J. H. J Phys Chem B 2002, 106, 3486-3494.
28. Hoogstraten, C. G.; Choe, S.; Westler, W. M.; Markley, J. L. Protein Sci 1995, 4, 2289-2299.
29. Kairys, V.; Jensen, J. H. J Phys Chem A 2000, 104, 6656-6665.
30. King, H. F.; Stanton, R. E.; King, H.; Wyatt, R. E.; Parr, R. G. J Chem Phys 1967, 47, 1936.
31. Stevens, W. J.; Fink, W. H. Chem Phys Lett 1987, 139, 15-22.
32. Bagus, P. S.; Hermann, K.; Bauschlicher, C. W. J Chem Phys 1984, 80, 4378-4386.
33. Stone, A. J. Chem Phys Lett 1981, 83, 233-239.
34. Li, H.; Jensen, J. H. Theor Chem Acc 2002, 107, 211-219.
35. Head, J. D. Int J Quantum Chem 1997, 65, 827-838.
36. Vreven, T.; Mennucci, B.; da Silva, C. O.; Morokuma, K.; Tomasi, J. J Chem Phys 2001, 115, 62.
37. Cossi, M.; Mennucci, B.; Cammi, R. J Comput Chem 1996, 17, 57-73.
38. Barone, V.; Cossi, M.; Tomasi, J. J Chem Phys 1997, 107, 3210-3221.
39. Li, H.; Pomelli, C. S.; Jensen, J. H. Theor Chem Acc 2003, 109, 71-84.
40. Boys, S. F. In: Lowdin, P. O., ed. Quantum Science of Atoms, Molecules and Solids; Academic Press: New York, 1966, 283.
41. Edmiston, C.; Ruedenberg, K. Rev Mod Phys 1963, 35, 457.
42. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J Comput Chem 1993, 14, 1347-1363.
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A. Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli; C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98 revision A.6; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
44. Lennartz, C.; Schafer, A.; Terstegen, F.; Thiel, T. J Phys Chem B 2002, 106, 1758-1767.
45. Cui, Q.; Karplus, M. J Phys Chem B 2002, 106, 1768-1798.