Three-dimensional models of immune cell surface proteins and identification of binding sites

Journal of Molecular Modeling

Volumn 4, Issue 1, 1998, Pages 1-11

  Bajorath, Jürgen ^a,b,c  

^a BRISTOL MYERS SQUIBB PHARMACEUTICAL RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

^c MDS Inc   (Canada)

Author keywords

Binding sites; Cell surface receptors; Comparative molecular models; Protein superfamilies; Sequence similarity; Structural similarity; Structure function analysis

Indexed keywords

EID: 0141600903     PISSN: 16102940     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/s008940050066     Document Type: Review

References (63)

1. Heldin, C.-H. Cell 1995, 80, 213.
2. Stuart, D. I.; Jones, E. Y. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 735.
3. Greer, J. Meth. Enzymol. 1991, 202, 239.
4. Blundell, T. L.; Sibanda, B. L.; Sternberg, M. J. E.; Thornton, J. M. Nature 1987, 526, 347.
5. Bajorath, J.; Stenkamp, R.; Aruffo, A. Protein Science 1993, 2, 1798.
6. Sanchez, R.; Sali, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 206.
7. Barclay, A. N.; Birkeland, M. L.; Brown, M. H.; Beyers, A. D.; Davis, S. J.; Somoza, C.; Williams, A. F. The Leukocyte Antigen Facts Book, 1993, Academic Prss, London.
8. Hollenbaugh, D.; Doutwright, J.; McDonald, V.; Aruffo, A. J. Immunol. Meth 1995, 188, 1.
9. Bourne, H. R.; Sanders, D. A.; McCormick, F. Nature 1991, 348, 125.
10. Bajorath, J.; Chalupny, N. J.; Marken, J. S.; Siadak, A. W.; Skonier, J.; Gordon, M.; Hollenbaugh, D.; Noelle, R. J.; Ochs, H. D.; Aruffo, A. Biochemistry 1995, 34, 1834.
11. Bodian, D. L.; Skonier, J. E.; Bowen, M. A.; Neubauer, M.; Siadak, A. W.; Aruffo, A.; Bajorath, J. Biochemisty 1997, 36, 2637.
12. Williams, A. F.; Barclay, A. N. Ann. Rev. Immunol. 1988, 6, 381.
13. Beutler, B.; van Huffel, C. Science 1994, 264, 667.
14. Drickamer, K. J. Biol. Chem. 1988, 263, 9557.
15. Bork, P.; Holm, L.; Sander, C. J. Mol. Biol. 1994, 242, 309.
16. Bajorath, J.; Linsley, P. S. J. Mol. Model. 1997, 3, 117.
17. Bajorath, J.; Fine, R. M. Immunomethods 1992, 1, 137.
18. Jones, T. A.; Thirup, S. EMBO J. 1986, 5, 819.
19. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F., Jr.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535.
20. Bruccoleri, R. E.; Novotny, J. Immunomethods 1992, 1, 96.
21. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Moss, D. S.; Thornton, J. M. J. Appl. Cryst. 1993, 26, 283.
22. Wodak, S. J.; Rooman, M. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 247.
23. Sippl, M. J. Proteins: Structure, Function, and Genetics 1993, 17, 355.
24. Mosimann, S.; Meleshko, R.; James, M. N. G. Proteins: Structure, Function, and Genetics 1995, 23, 301.
25. Springer, T. A. Nature 1990, 346, 425.
26. Lasky, L. A. Science 1992, 258, 964.
27. Weis, W. I.; Kahn, R.; Fourme, R.; Drickamer, K.; Hendrickson, W. A. Science 1991, 254, 1608.
28. Erbe, D. V.; Wolitzky, B. A.; Presta, L. G.; Norton, C. R.; Ramos, R. J.; Burns, D. K.; Rumberger, J. M.; Narasinga Rao, B. N.; Foxall, C.; Brandley, B. K.; Lasky, L. A. J. Cell. Biol. 1992, 119, 215.
29. Erbe, D. V.; Watson, S. R.; Presta, L. G.; Wolitzky, B. A.; Foxall, C.; Brandley, B. K.; Lasky, L. A. J. Cell. Biol. 1993, 120, 1227.
30. Hollenbaugh, D. H.; Bajorath, J.; Stenkamp, R.; Aruffo, A. Biochemistry 1993, 32, 2960.
31. Bajorath, J.; Stenkamp, R. E.; Aruffo, A. Bioconjug. Chem. 1995, 6, 3.
32. Graves, B. J.; Crowther, R. L.; Chandran, C.; Rumberger, J. M.; Li, S.; Huang, K.-S.; Presky, D. H.; Familetti, P. C.; Wolitzky, B. A.; Burns, D. K. Nature 1994, 367, 532.
33. Bajorath, J.; Hollenbaugh, D.; King, G.; Harte, W., Jr.; Eustice, D. C.; Darveau, R. P.; Aruffo, A. Biochemistry 1994, 33, 1332.
34. Kogan, T. P.; Revelle, B. M.; Tapp, S.; Scott, D.; Beck, P. J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 14047.
35. Bajorath J.; Aruffo, A. Protein Science 1996, 5, 240.
36. Foy, T. M.; Aruffo, A.; Bajorath, J.; Buhlmann, J. E.; Noelle, R. J. Ann. Rev. Immunol. 1996, 14, 591.
37. Peitsch, M. C.; Jongeneel, C. V. Int. Immunol. 1993, 5, 233.
38. Eck, M. J.; Sprang, S. R. J. Biol. Chem. 1989, 264, 17595.
39. Eck, M. J.; Ultsch, M.; Rinderknecht, E.; de Vos, A. M.; Sprang, S. R. J. Biol. Chem. 267, 1992, 2119.
40. Bajorath, J.; Marken, J. S.; Chalupny, N. J.; Spoon, T. L.; Siadak, A. W.; Gordon, M.; Noelle, R. J.; Hollenbaugh, D.; Aruffo, A. Biochemistry 1995, 34, 9884.
41. Banner, D. W.; D'Arcy, A.; Janes, W.; Gentz, R.; Schoenfeld, H.-J.; Broger, C.; Loetscher, H.; Lesslauer, W. Cell 1993, 73, 431.
42. Bajorath, J.; Aruffo, A. Proteins: Structure, Function, and Genetics 1997, 27, 59.
43. Karpusas, M.; Hsu, Y.-M.; Wang, J.-H.; Thompson, J.; Lederman, S.; Chess, L.; Thomas, D. Structure 1995, 3, 1031.
44. Bajorath, J.; Seyama, K.; Nonoyama, S.; Ochs, H. D.; Aruffo, A. Protein Science 1996, 5, 531.
45. Nagata, S.; Golstein, P. Science 1995, 267, 1449.
46. Bajorath, J.; Aruffo, A. J. Comp.-Aided Mol. Design 1997, 11, 3.
47. Starling, G. C.; Bajorath, J.; Emswiler, J.; Ledbetter, J. A.; Aruffo, A.; Kiener, P. A. J. Exp. Med. 1997, 185, 1487.
48. Schneider, P.; Bodmer, J.-L.; Holler, N.; Mattmann, C.; Scuderi, P.; Terskikh, A.; Peitsch, M. C.; Tschopp, J. J. Biol. Chem. 1997, 272, 18827.
49. Linsley, P. S.; Ledbetter, J. A. Ann. Rev. Immunol. 1993, 11, 191.
50. Metzler, W. J.; Bajorath, J.; Fenderson, W.; Shaw, S.-Y.; Constantine, K. L.; Naemura, J.; Leytze, G.; Peach, R. J.; Lavoie, T. B.; Mueller, L.; Linsley, P. S. Nature Struct. Biol., 1997, 4, 527.
51. Bajorath, J.; Linsley, P. S.; Metzler, W. J. J. Mol. Model. 1997, 3, 287.
52. Bowen, M. A.; Patel, D. D.; Li, X.; Modrell, B.; Malacko, A. R.; Wang, W.-C.; Marquardt, H.; Neubauer, M.; Pesando, J. M.; Francke, U.; Haynes, B. F.; Aruffo, A. J. Exp. Med. 1995, 181, 2213.
53. Gangemi, R. M.; Swack, J. A.; Gaviria, D. M.; Romain, P. L. J. Immunol. 1989, 143, 2439.
54. Bowen, M. A.; Bajorath, J.; Siadak, A. W.; Modrell, B.; Malacko, A. R.; Marquardt, H.; Nadler, S. G.; Aruffo, A. J. Biol. Chem. 1996, 271, 17390.
55. Leahy, D. J.; Axel, R.; Hendrickson, W. A. Cell 1992, 68, 1145.
56. Bajorath, J.; Bowen, M. A.; Aruffo, A. Protein Science 1995, 4, 1644.
57. Skonier, J. E.; Bowen, M. A.; Emswiler, J.; Aruffo, A.; Bajorath, J. Biochemistry 1996, 35, 12287.
58. Skonier, J. E.; Bowen, M. A.; Emswiler, J.; Aruffo, A.; Bajorath, J. Biochemistry 1996, 35, 14743.
59. van der Merwe, P. A.; McNamee, P. N.; Davies, E. A.; Barclay, A. N.; Davies, S. J. Curr. Biol. 1995, 5, 74.
60. van der Merwe, P. A.; Crocker, P. R.; Vinson, M.; Barclay, A. N.; Schauer, R.; Kelm, S. J. Biol. Chem. 1996, 271, 9273.
61. Skonier, J. E.; Bowen, M. A.; Aruffo, A.; Bajorath, J. Protein Science 1997, 6, 1768.
62. Bowen, M. A.; Bajorath, J.; D'Egidio, M.; Whitney, G. S.; Palmer, D.; Kobarg, J.; Starling, G. C.; Siadak, A. W.; Aruffo, A. Eur. J. Immunol. 1997; 27, 1469.
63. Chothia, C.; Lesk, A. M. EMBO J. 1986, 5, 823.