Exciton modeling of energy-transfer dynamics in the LHCII complex of higher plants: A redfield theory approach

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 8, 2003, Pages 1893-1912

  Novoderezhkin, Vladimir ^a   Salverda, Jante M ^b   Van Amerongen, Herbert ^b   Van Grondelle, Rienk ^b  

^a MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

^b VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION; EIGENVALUES AND EIGENFUNCTIONS; EXCITONS; PHONONS;

WAVE PACKETS;

ENERGY TRANSFER;

EID: 0037468486     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp027003d     Document Type: Article

References (55)

1. Van Grondelle, R.; Dekker, J. P.; Gillbro, T.; Sundström, V. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1187, 1.
2. van Amerongen, H.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 604.
3. Kühlbrandt, W.; Wang, D. N.; Fujiyoshi, Y. Nature 1994, 367, 614.
4. Remelli, R.; Varotto, C.; Sandona, D.; Croce, R.; Bassi, R. J. Biol. Chem. 1999, 274, 33510.
5. Rogl, H., Kühlbrandt, W. Biochemistry 1999, 38, 16214.
6. Yang, C.; Kosemund, K.; Cornet, C.; Paulsen, H. Biochemistry 1999, 38, 16205.
7. Rogl, H.; Schödel, R.; Lokstein, H.; Kühlbrandt, W.; Schubert, A. Biochemistry 2002, 41, 2281.
8. Bassi, R.; Croce, R.; Cugini, D.; Sandonà, D. Procl. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 10056.
9. Simonetto, R.; Crimi, M.; Sandona, D.; Croce, R.; Cinque, G.; Breton, J.; Bassi, R. Biochemistry 1999, 38, 12974.
10. Işeri, E. I.; Gülen, D. Eur. Biophys. J. 2001, 30, 344.
11. Gülen, D.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7256.
12. Renger, Th.; May, V. Phys. Rev. Lett. 2000, 84, 5228.
13. Schubert, A.; Beenken, W. J. D.; Stiel, H.; Voigt, B.; Leupold, D.; Lokstein, H. Biophys. J. 2002. 82, 1030.
14. Palacios, M. A.; de Weerd, F. L.; Ihalainen, J. A.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 5782.
15. Bittner, T.; Wiederrecht, G. P.; Irrgang, K.-D.; Renger, G.; Wasielewski, M. R. Chem. Phys. 1995, 194, 311.
16. Visser, H. M.; Kleima, F. J.; van Stokkum, I. H. M.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Chem. Phys. 1996, 210, 297.
17. Kleima, F. J.; Gradinaru, C. C.; Calkoen, F.; van Stokkum, I. H. M.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. Biochemistry 1997, 36, 15262.
18. Gradinaru, C. C.; Özdemir, S.; Gülen, D.; van Stokkum, I. H. M.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. Biophys. J. 1998, 75, 3064.
19. Gradinaru, C. C.; van Stokkum, I. H. M.; Pascal, A. A.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9330.
20. Du, M.; Xie, X.; Mets, L.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4736.
21. Bittner, T.; Irrgang, K.-D.; Renger, G.; Wasielewski, M. R. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11821.
22. Connelly, J. P.; Müller, M. G.; Hucke, M.; Gatzen, G.; Mullineaux, C. W.; Ruban, A. V.; Horton, P.; Holzwarth, A. R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1902.
23. Agarwal, R.; Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Yang, M.; Yom, J.; Mets, L.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 2908.
24. Salverda, J. M.; Vengris, M.; Krueger, B. P.; Scholes, G. D.; Czarnoleski, A. R.; Novoderezkhin, V.; van Amerongen, H.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2003, 84, 450.
25. Yang, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1999, 111, 27.
26. Redfield, A. G. Adv. Magn. Reson. 1965, 1, 1.
27. Renger, Th.; Voigt, J.; May, V.; Kühn, O. J. Phys. Chem. 1996. 100, 15654.
28. Förster, Th. In Modern Quantum Chemistry; Academic Press: New York, 1965; Vol. 111, p 93.
29. Pollard, W. T.; Felts, A. K.; Friesner, R. A. Adv. Chem. Phys. 1996, 93, 77.
30. Kühn, O.; Sundström, V. J. Chem. Phys. 1997, 107, 4154.
31. Chernyak, V.; Minami, T.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 7953.
32. Dahlbom, M.; Minami, T.; Chernyak, V.; Pullerits, T.; Sundström, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3976.
33. van Grondelle, R.; Novoderezhkin, V. Biochemistry 2001, 40, 15057.
34. Novoderezhkin, V.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6025.
35. Kühn, O.; Sundström, V.; Pullerits, T. Chem. Phys. 2002, 275, 15.
36. Booker, M.; Nagarajan, V.; Parson, W. W. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6840.
37. Knox, R. S. In PS2001 Proceedings, 12th International Congress on Photosynthesis; CSIRO Publishing: Melbourne, Australia, 2001.
38. Damjanovié, A.; Kosztin, I.; Kleinekathöfer, U.; Schulten, K. Phys. Rev. E 2002. 65, 031919.
39. Peterman, E. J. G.; Pullerits, T.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 1997. 101, 4448.
40. Reddy, N. R. S.; Cogdell, R. J.; Zhao, L.; Small, G. J. Photochem. Photobiol. 1993, 57, 35.
41. van Amerongen, H.; Kwa, S. L. S.; van Bolhuis, B. M.; van Grondelle, R. Biophys. J. 1994, 67, 837.
42. Zucchelli, G.; Garlaschi, F. M.; Jennings, R. C. Biochemistry 1996, 35, 16247.
43. Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 1997. 101, 7332.
44. Gradinaru, C. C.; Pascal, A. A.; van Mourik, F.; Robert, B.; Horton, P.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. Biochemistry 1998, 37, 1143.
45. Işeri, E. I.; Albayrak, D.; Gülen, D. J. Biol. Phys. 2000. 26, 321.
46. Trinkunas, G.; Connelly, J. P.; Müller, M. G.; Valkunas, L.; Holzwarth, A. R. J. Phys. Chem. B 1997, 101. 7313.
47. Savikhin, S.; van Amerongen, H.; Kwa, S. L. S.; van Grondelle, R.; Struve, W. S. Biophys. J. 1994, 66. 1597.
48. Hillmann, F.; Voigt, J.; Redlin, H.; Irrgang, K.-D.; Renger, G. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8607.
49. Zhang, W. M.; Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7763.
50. Yang, M.; Fleming, G. R. Chem. Phys. 2002, 275, 355.
51. Pullerits, T. J. Chin. Chem. Soc. 2000, 47. 773.
52. Wendling, M.; Pullerits, T.; Przyjalgowski, M. A.; Vulto, S. I. E.; Aartsma, T. J.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 2000, 104. 5825.
53. Prokhorenko, V. I.; Holzwarth, A. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104. 11563.
54. Renger, Th.; May, V.; Kühn, O. Phys. Rep. 2001, 343, 137.
55. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.