Conformers of gaseous proline

Chemistry - A European Journal

Volumn 9, Issue 4, 2003, Pages 1008-1019

  Czinki, Eszter ^a   Császár, Attila G ^a  

^a EÖTVÖS LORÁND UNIVERSITY   (Hungary)

Author keywords

Ab initio calculations; Amino acids; Conformation analysis; L proline; Pseudorotation

Indexed keywords

CONFORMATIONS; ELECTRONIC STRUCTURE; HYDROGEN BONDS; INFRARED RADIATION; MOLECULAR SPECTROSCOPY; MOLECULAR VIBRATIONS;

DIPOLE MOMENTS;

AMINO ACIDS;

NITROGEN; PROLINE;

ARTICLE; ATOM; CHEMICAL BOND; CHEMICAL STRUCTURE; CONFORMATIONAL TRANSITION; CORRELATION ANALYSIS; DIPOLE; ELECTRON; ELECTRONICS; ENERGY; GAS; GEOMETRY; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STABILITY; ROTATION; TEMPERATURE DEPENDENCE; VIBRATION;

ALGORITHMS; GASES; HYDROGEN BONDING; MICROWAVES; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; PROLINE; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 0037450111     PISSN: 09476539     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.200390103     Document Type: Article

References (91)

1. M. MacArthur, J. M. Thornton, J. Mol. Biol. 1991, 218, 397.
2. J. S. Richardson, D. C. Richardson, Science 1988, 240, 1648-1652.
3. E. J. Milner-White, L. H. Bell, P. H. Maccallum, J. Mol. Biol. 1992, 228, 725.
4. J. S. Richardson, in Advances in Protein Chemistry, Vol. 34 (Eds.: C. B. Anfinsen, J. T. Edsall, F. M. Richards), Academic Press, New York, 1981.
5. G. Nemethy, M. P. Printz, Macromolecules 1972, 6, 755.
6. R. L. Kayushina, B. K. Vainstein, Sov. Phys. Crystallogr. 1966, 10, 698.
7. R. Balasubramanian, A. V. Lakshminarayanan, M. N. Sabesan, G. Tegoni, K. Venkatesan, G. N. Ramachandran, Int. J. Pept. Protein Res. 1971, 3, 25.
8. D. F. DeTar, N. P. Luthra, J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 1232.
9. C. A. G. Haasnoot, F. A. A. M. De Leeuw, H. P. M. De Leeuw, C. Altona, Biopolymers 1981, 20, 1211.
10. I. D. Reva, S. G. Stepanian, A. M. Plokhotnichenko, E. D. Radchenko, G. G. Sheina, Yu. P. Blagoi, J. Mol. Struct. 1994, 318, 1.
11. A. W. Herlinger, T. V. Long II, J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 6481.
12. M. Ramek, A.-M. Kelterer, S. Nikolic, Int. J. Quantum Chem. 1997, 65, 1033.
13. D. Cabrol, H. Brock, D. Vasilescu, Int. J. Quantum Chem. 1979, 6, 365.
14. A.-M. Sapse, L. Mallah-Levy, S. B. Daniels, B. W. Erickson, J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 3526.
15. A. G. Császár, A. Perczel, Progr. Biophys. Mol. Biol. 1999, 71, 243.
16. P. Tarakeshwar, S. Manogaran, J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1996, 365, 167.
17. S. G. Stepanian, I. D. Reva, E. D. Radchenko, L. Adamowicz, J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10664.
18. A. G. Császár, J. Am. Chem. Soc. 1992. 114, 9568.
19. C.-H. Hu, M. Shen, H. F. Schaefer III, J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2923.
20. A. G. Császár, J. Mol. Struct. 1995, 346, 141.
21. A. G. Császár, J. Phys. Chem. 1996, 100, 3541.
22. J. E. Kilpatrick, K. S. Pitzer, R. Spitzer, J. Am. Chem. Soc. 1947, 69, 2483.
23. R. F. W. Bader, Atoms in Molecules. A Quantum Theory, Clarendon Press, Oxford, 1990.
24. P. Popelier, Atoms in Molecules. An Introduction, Prentice Hall, Harlow, England, 2000.
25. M. J. Frisch, J. A. Pople, J. E. Del Bene, J. Phys. Chem. 1985, 89, 3664.
26. a) R. Krishnan, J. S. Binkley, R. Seeger, J. A. Pople, J. Chem. Phys. 1980, 72, 650;
27. b) T. Clark, J. Chandrasekhar, G. W. Spitznagel, P. von R. Schleyer, J. Comput. Chem. 1983, 4, 294;
28. c) M. J. Frisch, J. A. Pople, J. S. Binkley, J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265.
29. T. H. Dunning, Jr., J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
30. R. A. Kendall, T. H. Dunning, Jr., R. J. Harrison, J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
31. A. G. Császár, W. D. Allen, J. Chem. Phys. 1996, 104, 2746.
32. G. Tarczay, A. G. Császár, W. Klopper, H. M. Quiney, Mol. Phys. 2001, 99, 1769.
33. A. G. Császár, W. D. Allen, H. F. Schaefer III, J. Chem. Phys. 1998, 108, 9751.
34. C. C. J. Roothaan, Rev. Mod. Phys. 1951, 23, 69; C. C. J. Roothaan, Rev. Mod. Phys. 1960, 32, 179.
35. C. C. J. Roothaan, Rev. Mod. Phys. 1951, 23, 69; C. C. J. Roothaan, Rev. Mod. Phys. 1960, 32, 179.
36. P. Pulay, Mol. Phys. 1969, 17, 197.
37. W. J. Hehre, L. Radom, P. von R. Schleyer, J. A. Pople, Ab Initio Molecular Orbital Theory, Wiley-Interscience, New York, 1986.
38. a) C. Møller, M. S. Plesset, Phys. Rev. 1934, 46, 618;
39. b) R. Krishnan, M. J. Frisch, J. A. Pople, J. Chem. Phys. 1980, 72, 4244.
40. a) J. Cízek, J. Chem. Phys. 1966, 45, 4256;
41. b) J. Cízek, J. Paldus, Physica Scripta 1980, 21, 251.
42. R. J. Bartlett, C. E. Dykstra, J. Paldus in Advanced Theories and Computational Approaches to the Electronic Structure of Molecules (Ed.: C. E. Dykstra), Reidel, Dordrecht, 1984, p. 127.
43. K. Raghavachari, G. W. Trucks, J. A. Pople, M. Head-Gordon, Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 479.
44. a) P. A. M. Dirac, Proc. Cambridge Philos. Soc. 1930, 26, 376;
45. b) A. D. Becke, Phys. Rev. B 1988, 38, 3098;
46. c) A. D. Becke, J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648;
47. d) C. Lee, W. Yang, R. G. Parr, Phys. Rev. B 1988, 37, 785;
48. e) S. H. Vosko, L. Wilk, M. Nusair, Can. J. Phys. 1980, 58, 1200.
49. T. J. Lee, P. R. Taylor, Int. J. Quantum Chem. Symp. 1989, 23, 199.
50. W. D. Allen, A. G. Császár, J. Chem. Phys. 1993, 98, 2983.
51. J. A. Pople, R. Krishnan, H. B. Schlegel, J. S. Binkley, Int. J. Quantum Chem. Symp. 1979, 13, 225.
52. B. G. Johnson, M. J. Frisch J. Chem. Phys. 1994, 100, 7429.
53. A. L. L. East, W. D. Allen, A. G. Császár in Structures and Conformations of Non-Rigid Molecules (Eds.: J. Laane, M. Dakkouri, B. van der Veken, H. Oberhammer). Kluwer, Dordrecht, 1993, p. 343.
54. R. D. Cowan, D. C. Griffin, J. Opt. Soc. Am. 1976, 66, 1010.
55. J. F. Stanton, J. Gauss, J. D. Watts, W. J. Lauderdale, R. J. Bartlett, Int. J. Quant. Chem. Symp. 1992, 26, 879.
56. Gaussian98, Revision B.2, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, Jr., R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, Ö. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, A. G. Baboul, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komáromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, M. Head-Gordon, E. S. Replogle, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1998.
57. a) R. Ahlrichs, M. Bar, M. Haser, H. Horn, C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165;
58. b) Turbomole User's Manual, version 5, 2000.
59. L. Hedberg, I. M. Mills, J. Mol. Spectrosc. 2000, 203, 82.
60. U. Kock, P. L. A. Popelier, J. Phys. Chem. 1995, 99, 9747.
61. L. F. Pacios, P. C. Gómez, J. Comput. Chem. 2001, 22, 702.
62. F. W. Biegler-Konig, R. F. W. Bader, T. H. Tang, J. Comput. Chem. 1982, 3, 317.
63. R. F. W. Bader, AIMPAC95 program package, McMaster University, Hamilton, Ontario, Canada, 1998.
64. M. Räsänen, A. Aspiala, L. Homanen, J. Murto, J. Mol. Struct. 1982, 96, 81.
65. G. Pfafferott, H. Oberhammer, J. E. Boggs, W. Caminati, J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 2305.
66. L. Carballeira, I. Pérez-Juste, J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1998, 1339.
67. S. J. Han, Y. K. Kang, J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1996, 369, 157.
68. D. Cremer, J. A. Pople, J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 1354.
69. H. J. Geise, C. Altona, C. Romers, Tetrahedron Lett. 1967, 15, 1383.
70. J. D. Dunitz, Tetrahedron 1972, 28, 5459.
71. C. Altona, M. Sundaralingam, J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205.
72. M. Tomimoto, N. Go, J. Phys. Chem. 1995, 99, 563.
73. W. Westhof, M. Sundaralingam, J. Am. Chem. Soc. 1983, 105. 970.
74. I. Hudáky, H. A. Baldoni, A. Perczel, J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2002, 582, 233.
75. M. Ramek, A.-M. Kelterer, B. J. Teppen, L. Schäfer, J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1995, 352, 59.
76. W. Caminati, H. Oberhammer, G. Pfafferott, R. R. Filgueira, C. H. Gomez, J. Mol. Spectrosc. 1984, 106, 217.
77. A. Perczel, J. G. Ángyán, M. Kajtár, W. Viviani, J. L. Rivail, J. F. Marcoccia, I. G. Csizmadia, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6256.
78. A. Perczel, A. G. Császár, J. Comput. Chem. 2000, 21, 882.
79. a) M. R. Peterson, I. G. Csizmadia, Progr. Theor. Org. Chem. 1982, 3, 10;
80. b) P. G. Mezey, Potential Energy Hypersurfaces, Elsevier, 1987;
81. c) A. Perczel, J. G. Ángyán, M. Kajtár, W. Viviani, J. L. Rivail, J. F. Marcoccia, I. G. Csizmadia, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6256.
82. D. Feller, J. Chem. Phys. 1992, 96, 6104.
83. A. G. Császár, G. Tarczay, M. L. Leininger, O. L. Polyansky, J. Tennyson, W. D. Allen in Spectroscopy from Space (Eds.: J. Demaison, K. Sarka, E. A. Cohen), Kluwer, Dordrecht, 2001, pp. 317.
84. A. G. Császár, G. Fogarasi, J. Chem. Phys. 1988, 89, 7646.
85. a) P. Pulay, F. Török, Acta Chim. Hung. 1965, 44, 287;
86. b) G. Keresztury, G. Jalsovszky, J. Mol. Struct. 1971, 10, 304.
87. P. Pulay, G. Fogarasi, G. Pongor, J. E. Boggs, A. Vargha, J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 7037.
88. W. D. Allen, A. G. Császár, D. A. Horner, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 6834.
89. a) S. Wolfram, Mathematica: A System for Doing Mathematics by Computer, 2nd ed., Addison-Wesley, Redwood City, 1991;
90. b) Mathematica v2.2.3, Wolfram Research, Inc., 1994.
91. A. G. Császár, N. C. Handy, J. Chem. Phys. 1995, 102, 3962.